1636
правок
Работа с базой данных PubMed: различия между версиями
Перейти к навигации
Перейти к поиску
нет описания правки
Denis.s (обсуждение | вклад) Нет описания правки |
Denis.s (обсуждение | вклад) Нет описания правки |
||
| Строка 1: | Строка 1: | ||
Для получения списка айдишников статей по ключевому слову можно использовать get-запрос: | Для получения списка айдишников статей по ключевому слову можно использовать get-запрос: | ||
<pre><nowiki>https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db= | <pre><nowiki>https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&tool=[название вашего скрипта]&email=[контактный email]&format=json&term=[ключевое слово]</nowiki></pre> | ||
Результат будет примерно такой: | Результат будет примерно такой: | ||
| Строка 35: | Строка 35: | ||
Соответственно, список id статей: <code><res>.esearchresult.idlist</code> | Соответственно, список id статей: <code><res>.esearchresult.idlist</code> | ||
==Параметры запроса== | |||
* '''db''' − какую базу данных запрашиваем. Возможные значения: <code>pmc, pubmed</code>. Разница между PMC и PubMed в том, что на PMC статьи с полнотекстовым доступом, а на PubMed не всегда. Зато на PubMed больший охват статей по абстрактам. Учитывая то, что полный текст интересующей статьи, так или иначе достать не трудно, установка db в значение pubmed видится предпочтительной. | |||
* '''tool''' − PubMed просит указывать название инструментария или программы, которая работает с API. (Я указываю ''"odysseus"'' - по названию своей библиотеки, расширяющей Racket [[Участник:Denis.s|Denis.s]] ([[Обсуждение участника:Denis.s|обсуждение]])) | |||
* '''email''' − реальный почтовый ящик, тоже по просьбе PubMeda. Неизвестно насколько страшно указывать в этом параметре значение типа foobar@example.com и какие кары за это могут последовать | |||
* '''format''' − в каком формате выводить результат. По умолчанию выводится XML. (Я ставлю значение ''json'', потому что мне кажется, что json чуть легче парсить и "читать вручную" [[Участник:Denis.s|Denis.s]] ([[Обсуждение участника:Denis.s|обсуждение]])) | |||
* '''term''' − собственно ключевое слово, по которому происходит отбор статей. | |||