1636
правок
Биологические базы данных: различия между версиями
→Типы баз данных
Denis.s (обсуждение | вклад) Нет описания правки |
Denis.s (обсуждение | вклад) |
||
| Строка 6: | Строка 6: | ||
* Япония: [[NBDC]] | * Япония: [[NBDC]] | ||
== Типы баз данных == | ==Типы баз данных== | ||
===Библиографические и реферативные базы данных=== | |||
* [[Base]] − Сервис поиска научных публикаций | |||
* [[ELibrary]] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке | |||
* [[Embase]] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе | |||
* [[Google_Scholar]] − Поисковик по научным статьям | |||
* [[Lens]] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей | |||
* [[OATD]] − Поисковик по диссертациям | |||
* [[OpenDOAR]] − База данных репозиториев научных работ | |||
* [[ProQuest]] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными | |||
* [[PubMed]] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах | |||
* [[Scopus]] − База данных абстрактов статей и рефератов | |||
* [[Web_of_Science]] − База данных абстрактов статей | |||
===Базы данных последовательностей ДНК=== | |||
* [[DDBJ]] − Коллекция последовательностей нуклеотидов | |||
* [[ENA]] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей | |||
* [[GenBank]] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов | |||
* [[RefSeq]] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей | |||
===Базы данных последовательности белков=== | |||
* [[PIR]] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка | |||
* [[UniProtKB]] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков | |||
===Базы данных 3D структур=== | |||
* [[CCDC]] − База данных кристаллических структур малых молекул | |||
* [[EMDB]] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур | |||
* [[PDB]] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот | |||
===Базы данных химических соединений=== | |||
* [[CAS]] − База данных химических веществ | |||
* [[CSDB]] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными | |||
* [[PubChem]] − База данных структуры и активности химических структур | |||
* [[Reaxys]] − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе | |||
===Базы данных геномов и аннотаций=== | |||
* [[Ensembl]] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов | |||
* [[NCBI_Genome]] − Геномная база данных | |||
* [[UCSC_Genome_Browser]] − Браузер человеческого генома | |||
===Базы данных вариаций генома=== | |||
* [[ClinVar]] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека | |||
* [[DbSNP]] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов ([[SNP]]) | |||
* [[DbVar]] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций | |||
* [[OMIM]] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств | |||
===Базы данных геном-фенотип=== | |||
* [[DbGaP]] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей | |||
* [[ICGC]] − Наборы данных по онкогеномике | |||
===Базы данных взаимодействий=== | |||
* [[DrugBank]] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях | |||
* [[Kalium]] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов | |||
* [[MINT]] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой | |||
* [[STRING]] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий | |||
===Базы данных сигнальных путей=== | |||
* [[KEGG]] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ | |||
* [[Reactome]] − База данных биологических путей | |||
* [[WikiPathways]] − Вики, посвященная биологическим путям | |||
===Базы данных секвенирования=== | |||
* [[SRA]] − База данных высокопроизводительного секвенирования | |||
===Базы данных заболеваний и меицинской информации=== | |||
* [[ClinicalTrials]] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях | |||
* [[Pharma_Intelligence]] − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии | |||
===Базы данных по экспрессии генов/гистологии=== | |||
* [[Expression_Atlas]] − База данных генов и белковой экспресии | |||
* [[Human_Protein_Atlas]] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам | |||
===Базы данных по таксономии=== | |||
* [[NCBI_Taxonomy_Browser]] − База данных по таксономиям | |||
===Поисковые движки по биологическим базам данных=== | |||
* [[Expasy]] − Портал для биологических баз данных и инструментов | |||
== Журналы, публикующие обзоры по ББД == | == Журналы, публикующие обзоры по ББД == | ||