1636
правок
Преобразование Системной схемы старения человека в граф знаний: различия между версиями
Преобразование Системной схемы старения человека в граф знаний (править)
Версия от 23:09, 17 июля 2022
, 17 июля 2022нет описания правки
Denis.s (обсуждение | вклад) Нет описания правки |
Denis.s (обсуждение | вклад) Нет описания правки |
||
| Строка 37: | Строка 37: | ||
Таким образом подобная работа, помимо демонстрации принципов, может принести пользу сообществу исследователей старения и возможно послужит отправной точкой для роста в сторону подробного графа знаний процессов старения. | Таким образом подобная работа, помимо демонстрации принципов, может принести пользу сообществу исследователей старения и возможно послужит отправной точкой для роста в сторону подробного графа знаний процессов старения. | ||
=== Обработка данных, содержащихся в СССЧ | === Обработка данных, содержащихся в СССЧ === | ||
Конечно, программисту требуется не картинка, а то, что можно обработать программным кодом - цифровая последовательность чего-либо: символов, пикселов и т.д. Схема старения предусматривает сериализацию, то есть представление диаграммы в виде текстового кода. Веб-страница СССЧ представляет данные в формате JSON, их можно увидеть, открыв код страницы в браузере нажатием клавиш `Ctrl-U`. Однако я использовал сериализацию последней версии CCCЧ 67.3 в файлах формата CSV, любезно предоставленных мне Алексеем Алексеевым. | Конечно, программисту требуется не картинка, а то, что можно обработать программным кодом - цифровая последовательность чего-либо: символов, пикселов и т.д. Схема старения предусматривает сериализацию, то есть представление диаграммы в виде текстового кода. Веб-страница СССЧ представляет данные в формате JSON, их можно увидеть, открыв код страницы в браузере нажатием клавиш `Ctrl-U`. Однако я использовал сериализацию последней версии CCCЧ 67.3 в файлах формата CSV, любезно предоставленных мне Алексеем Алексеевым. | ||
| Строка 73: | Строка 73: | ||
`(build-hasd)` *– головная функция, которая производит все действия по созданию RDF/Turtle файла через вызов других функций. Создана специально для удобства вызова из REPL сессии.* | `(build-hasd)` *– головная функция, которая производит все действия по созданию RDF/Turtle файла через вызов других функций. Создана специально для удобства вызова из REPL сессии.* | ||
=== Расширение СССЧ | === Расширение СССЧ === | ||
В Схеме старения всем процессам присваивается определенный тип в зависимости от системы, в контексте которой процесс происходит. На диаграмме каждому такому типу соответствует свой цвет - им закрашиваются как вершины, так и линии, их соединяющие. Однако эта система показалась мне несколько "рыхлой", так как процесс должен иметь строго один тип. Но в некоторых случаях процесс можно одинаково отнести как, скажем, к нервной системе, так и к системе клетки. Мне показалось, что следует внести дополнительную классификацию, в рамках которой можно более однозначно типизировать узлы. | В Схеме старения всем процессам присваивается определенный тип в зависимости от системы, в контексте которой процесс происходит. На диаграмме каждому такому типу соответствует свой цвет - им закрашиваются как вершины, так и линии, их соединяющие. Однако эта система показалась мне несколько "рыхлой", так как процесс должен иметь строго один тип. Но в некоторых случаях процесс можно одинаково отнести как, скажем, к нервной системе, так и к системе клетки. Мне показалось, что следует внести дополнительную классификацию, в рамках которой можно более однозначно типизировать узлы. | ||
| Строка 89: | Строка 89: | ||
=== Пример работы с графом знаний | === Пример работы с графом знаний === | ||
==== WebProtege | ==== WebProtege ==== | ||
Получившийся файл Turtle, в котором хранится граф знаний Схемы старения можно загрузить в онлайн-редактор онтологий [WebProtege](https://webprotege.stanford.edu/#projects/513cd457-cf09-42e3-a3b6-3b4c1cdd1ad3/edit/Classes). | Получившийся файл Turtle, в котором хранится граф знаний Схемы старения можно загрузить в онлайн-редактор онтологий [WebProtege](https://webprotege.stanford.edu/#projects/513cd457-cf09-42e3-a3b6-3b4c1cdd1ad3/edit/Classes). | ||
| Строка 101: | Строка 101: | ||
*Рис. 6. Онлайн редактор онтологий Webprotege. Слева панель со списком экземпляров (изначально узлов диаграммы - патологических процессов), справа - визуализация части схемы, начинающейся с процесса 'Кальцификация миоцитов'. Все остальные связи между узлами, кроме причинно-следственной (followsTo) отфильтрованы для ясности визуализации.* | *Рис. 6. Онлайн редактор онтологий Webprotege. Слева панель со списком экземпляров (изначально узлов диаграммы - патологических процессов), справа - визуализация части схемы, начинающейся с процесса 'Кальцификация миоцитов'. Все остальные связи между узлами, кроме причинно-следственной (followsTo) отфильтрованы для ясности визуализации.* | ||
==== GraphDB | ==== GraphDB ==== | ||
К сожалению, Webprotege не позволяет делать запросы к графу знаний. Для этого следует воспользоваться другим бесплатным приложением, [ | К сожалению, Webprotege не позволяет делать запросы к графу знаний. Для этого следует воспользоваться другим бесплатным приложением, [https://www.ontotext.com/products/graphdb/graphdb-free/ GraphDB] | ||
<img src="граф_знаний_СССЧ/graphdb_3.png" alt="Интерфейс GraphDB" width=700px /> | <img src="граф_знаний_СССЧ/graphdb_3.png" alt="Интерфейс GraphDB" width=700px /> | ||
| Строка 129: | Строка 129: | ||
*Рис. 9. Запрос с включением логически выведенных данных в результат. Переключение в этот режим происходит при клике на иконке с двойной стрелкой в правой части панели редактора SPARQL запроса* | *Рис. 9. Запрос с включением логически выведенных данных в результат. Переключение в этот режим происходит при клике на иконке с двойной стрелкой в правой части панели редактора SPARQL запроса* | ||
== Обсуждение | == Обсуждение == | ||
Какие варианты дальнейшего развития данной работы? Как стратегический ориентир я вижу создание графа знания процессов старения в целом. Возможно, имеет смысл продолжать двигаться в эту сторону небольшими шагами. Например интегрировать уже имеющийся граф знаний с другими диаграммами и таблицами, такими как | Какие варианты дальнейшего развития данной работы? Как стратегический ориентир я вижу создание графа знания процессов старения в целом. Возможно, имеет смысл продолжать двигаться в эту сторону небольшими шагами. Например интегрировать уже имеющийся граф знаний с другими диаграммами и таблицами, такими как | ||