1636
правок
Denis.s (обсуждение | вклад) Нет описания правки |
Denis.s (обсуждение | вклад) |
||
(не показано 5 промежуточных версий этого же участника) | |||
Строка 6: | Строка 6: | ||
* Япония: [[NBDC]] | * Япония: [[NBDC]] | ||
== Типы баз данных == | ==Типы баз данных== | ||
===Библиографические и реферативные базы данных=== | |||
* [[Base]] [http://base-search.net] − Сервис поиска научных публикаций | |||
* [[ELibrary]] [http://elibrary.ru] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке | |||
* [[Embase]] [http://elsevier.com/solutions/embase-biomedical-research] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе | |||
* [[Google_Scholar]] [http://scholar.google.com] − Поисковик по научным статьям | |||
* [[Lens]] [http://lens.org/lens/biological_search] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей | |||
* [[OATD]] [http://oatd.org] − Поисковик по диссертациям | |||
* [[OpenDOAR]] [http://v2.sherpa.ac.uk/opendoar/search.html] − База данных репозиториев научных работ | |||
* [[ProQuest]] [http://proquest.com] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными | |||
* [[PubMed]] [http://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах | |||
* [[Scopus]] [http://scopus.com] − База данных абстрактов статей и рефератов | |||
* [[Web_of_Science]] [http://sclarivate.com/webofsciencegroup/solutions/web-of-science] − База данных абстрактов статей | |||
===Базы данных последовательностей ДНК=== | |||
* [[DDBJ]] [http://ddbj.nig.ac.jp] − Коллекция последовательностей нуклеотидов | |||
* [[ENA]] [http://ebi.ac.uk/ena/browser] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей | |||
* [[GenBank]] [http://ncbi.nlm.nih.gov] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов | |||
* [[RefSeq]] [http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей | |||
===Базы данных последовательности белков=== | |||
* [[PIR]] [http://proteininformationresource.org] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка | |||
* [[UniProtKB]] [http://uniprot.org] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков | |||
===Базы данных 3D структур=== | |||
* [[CCDC]] [http://ccdc.cam.ac.uk] − База данных кристаллических структур малых молекул | |||
* [[EMDB]] [http://ebi.ac.uk/pdbe/emdb] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур | |||
* [[PDB]] [http://rcsb.org] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот | |||
===Базы данных химических соединений=== | |||
* [[CAS]] [http://cas.org] − База данных химических веществ | |||
* [[CSDB]] [http://csdb.glycoscience.ru/database] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными | |||
* [[PubChem]] [http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov] − База данных структуры и активности химических структур | |||
* [[Reaxys]] − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе | |||
===Базы данных геномов и аннотаций=== | |||
* [[Ensembl]] [http://ensembl.org] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов | |||
* [[NCBI_Genome]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/genome] − Геномная база данных | |||
* [[UCSC_Genome_Browser]] [http://genome.ucsc.edu] − Браузер человеческого генома | |||
===Базы данных вариаций генома=== | |||
* [[ClinVar]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/clinvar] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека | |||
* [[DbSNP]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/snp] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов ([[SNP]]) | |||
* [[DbVar]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/dbvar] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций | |||
* [[OMIM]] [http://omim.org] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств | |||
===Базы данных геном-фенотип=== | |||
* [[DbGaP]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/gap] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей | |||
* [[ICGC]] [http://dcc.icgc.org] − Наборы данных по онкогеномике | |||
===Базы данных взаимодействий=== | |||
* [[DrugBank]] [http://go.drugbank.com] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях | |||
* [[Kalium]] [http://kaliumdb.org] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов | |||
* [[MINT]] [http://mint.bio.uniroma2.it] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой | |||
* [[STRING]] [http://string-db.org] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий | |||
===Базы данных сигнальных путей=== | |||
* [[KEGG]] [http://kegg.jp] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ | |||
* [[Reactome]] [http://reactome.org] − База данных биологических путей | |||
* [[WikiPathways]] [http://wikipathways.org] − Вики, посвященная биологическим путям | |||
===Базы данных секвенирования=== | |||
* [[SRA]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/sra] − База данных высокопроизводительного секвенирования | |||
===Базы данных заболеваний и меицинской информации=== | |||
* [[ClinicalTrials]] [http://clinicaltrials.gov] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях | |||
* [[Pharma_Intelligence]] − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии | |||
===Базы данных по экспрессии генов/гистологии=== | |||
* [[Expression_Atlas]] [http://ebi.ac.uk/gxa/home] − База данных генов и белковой экспресии | |||
* [[Human_Protein_Atlas]] [http://proteinatlas.org] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам | |||
===Базы данных по таксономии=== | |||
* [[NCBI_Taxonomy_Browser]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi] − База данных по таксономиям | |||
===Поисковые движки по биологическим базам данных=== | |||
* [[Expasy]] [http://expasy.org] − Портал для биологических баз данных и инструментов | |||
<br> | |||
* '''[[Список биологических баз данных|Полный список биологических баз данных]]''' | |||
== Журналы, публикующие обзоры по ББД == | == Журналы, публикующие обзоры по ББД == | ||
Строка 14: | Строка 93: | ||
== Ссылки == | == Ссылки == | ||
* [https://youtube.com/watch?v=a1Cyu7xwiVg Лекция про ББД в курсе "Введение в биоинформатику", МГУ] | * [https://youtube.com/watch?v=a1Cyu7xwiVg Лекция про ББД в курсе "Введение в биоинформатику", МГУ] | ||
[[Список биологических баз данных|Полный список биологических баз данных]] |