Биологические базы данных: различия между версиями

8900 байт добавлено , 5 марта 2021

→‎Поисковые движки по биологическим базам данных

Denis.s

Бюрократы, Администраторы интерфейса, Администраторы, Редакторы

1636

правок

@@ Строка 5: / Строка 5: @@
 * Европа: [[EMBL-EBI]]
 * Япония: [[NBDC]]
+==Типы баз данных==
+===Библиографические и реферативные базы данных===
+* [[Base]] [http://base-search.net] − Сервис поиска научных публикаций
+* [[ELibrary]] [http://elibrary.ru] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке
+* [[Embase]] [http://elsevier.com/solutions/embase-biomedical-research] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе
+* [[Google_Scholar]] [http://scholar.google.com] − Поисковик по научным статьям
+* [[Lens]] [http://lens.org/lens/biological_search] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей
+* [[OATD]] [http://oatd.org] − Поисковик по диссертациям
+* [[OpenDOAR]] [http://v2.sherpa.ac.uk/opendoar/search.html] − База данных репозиториев научных работ
+* [[ProQuest]] [http://proquest.com] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными
+* [[PubMed]] [http://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах
+* [[Scopus]] [http://scopus.com] − База данных абстрактов статей и рефератов
+* [[Web_of_Science]] [http://sclarivate.com/webofsciencegroup/solutions/web-of-science] − База данных абстрактов статей
+===Базы данных последовательностей ДНК===
+* [[DDBJ]] [http://ddbj.nig.ac.jp] − Коллекция последовательностей нуклеотидов
+* [[ENA]] [http://ebi.ac.uk/ena/browser] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей
+* [[GenBank]] [http://ncbi.nlm.nih.gov] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов
+* [[RefSeq]] [http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей
+===Базы данных последовательности белков===
+* [[PIR]] [http://proteininformationresource.org] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка
+* [[UniProtKB]] [http://uniprot.org] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков
+===Базы данных 3D структур===
+* [[CCDC]] [http://ccdc.cam.ac.uk] − База данных кристаллических структур малых молекул
+* [[EMDB]] [http://ebi.ac.uk/pdbe/emdb] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур
+* [[PDB]] [http://rcsb.org] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот
+===Базы данных химических соединений===
+* [[CAS]] [http://cas.org] − База данных химических веществ
+* [[CSDB]] [http://csdb.glycoscience.ru/database] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными
+* [[PubChem]] [http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov] − База данных структуры и активности химических структур
+* [[Reaxys]] − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе
+===Базы данных геномов и аннотаций===
+* [[Ensembl]] [http://ensembl.org] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов
+* [[NCBI_Genome]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/genome] − Геномная база данных
+* [[UCSC_Genome_Browser]] [http://genome.ucsc.edu] − Браузер человеческого генома
+===Базы данных вариаций генома===
+* [[ClinVar]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/clinvar] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека
+* [[DbSNP]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/snp] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов ([[SNP]])
+* [[DbVar]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/dbvar] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций
+* [[OMIM]] [http://omim.org] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств
+===Базы данных геном-фенотип===
+* [[DbGaP]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/gap] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей
+* [[ICGC]] [http://dcc.icgc.org] − Наборы данных по онкогеномике
+===Базы данных взаимодействий===
+* [[DrugBank]] [http://go.drugbank.com] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях
+* [[Kalium]] [http://kaliumdb.org] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов
+* [[MINT]] [http://mint.bio.uniroma2.it] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой
+* [[STRING]] [http://string-db.org] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий
+===Базы данных сигнальных путей===
+* [[KEGG]] [http://kegg.jp] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ
+* [[Reactome]] [http://reactome.org] − База данных биологических путей
+* [[WikiPathways]] [http://wikipathways.org] − Вики, посвященная биологическим путям
+===Базы данных секвенирования===
+* [[SRA]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/sra] − База данных высокопроизводительного секвенирования
+===Базы данных заболеваний и меицинской информации===
+* [[ClinicalTrials]] [http://clinicaltrials.gov] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях
+* [[Pharma_Intelligence]] − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии
+===Базы данных по экспрессии генов/гистологии===
+* [[Expression_Atlas]] [http://ebi.ac.uk/gxa/home] − База данных генов и белковой экспресии
+* [[Human_Protein_Atlas]] [http://proteinatlas.org] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам
+===Базы данных по таксономии===
+* [[NCBI_Taxonomy_Browser]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi] − База данных по таксономиям
+===Поисковые движки по биологическим базам данных===
+* [[Expasy]] [http://expasy.org] − Портал для биологических баз данных и инструментов
+<br>
+* '''[[Список биологических баз данных|Полный список биологических баз данных]]'''
 == Журналы, публикующие обзоры по ББД ==
@@ Строка 11: / Строка 92: @@
 == Ссылки ==
-* [youtube.com/watch?v=a1Cyu7xwiVg Лекция про ББД в курсе "Введение в биоинформатику", МГУ]
+* [https://youtube.com/watch?v=a1Cyu7xwiVg Лекция про ББД в курсе "Введение в биоинформатику", МГУ]
+[[Список биологических баз данных|Полный список биологических баз данных]]

Биологические базы данных: различия между версиями

Биологические базы данных (править)

Версия от 23:40, 5 марта 2021