Список биологических баз данных

Список биологических баз данных

• AAindex [1] − База данных индексов, мутационных матриц и парных контактных потенциалов аминокислот
• AgeLine − База данных с подробными описаниями публикаций о пожилых людях и старении
• ArrayExpress [2] − Данные высокопродуктивных экспериментов функциональной геномики
• Base [3] − Сервис поиска научных публикаций
• Bgee [4] − База данных для получения и сравнения паттернов генной экспрессии у многих видов животных
• BioGRID [5] − База данных белок-белковых, генетических и химический взаимодействий
• Biomodels [6] − Ресурс с опубликованными математическими моделями, описывающими биологические процессы
• BioStudies [7] − Описания биологических исследований, ссылки на данные эти исследований в других базах данных EMBL-EBI
• BOLD [8] − Платформа, посвященная баркодам ДНК
• BRENDA [9] − База данных с молекулярной и биохимической информацией об энзимах
• CAS [10] − База данных химических веществ
• CATH [11] − База данных белковых доменов
• CCDC [12] − База данных кристаллических структур малых молекул
• Cellosaurus [13] − База знаний по линиям клеточного развития
• ClinicalTrials [14] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях
• ClinVar [15] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека
• COG [16] − База данных кластеров ортологичных генов
• ConsensusPathDB [17] − База данных, бинарных и сложные белок-белковых, генетических, метаболических, сигнальных, генных регуляторных сетей взаимодействия, а также взаимодействий лекарство-мишень и биохимических путей
• COSMIC [18] − База данных соматически приобретенных мутаций, обнаруженных в злокачественных опухолях человека
• CSDB [19] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными
• CTD [20] − Сайт с научными данными, описывающими связи между химикалиями/лекарствами, генами/белками, болезнями, такоснами, фенотипами, GO-аннотациями, путями и модулями взаимодействия
• Database_of_Macromolecular_Movements [21] − База данных движений, происходящих в белках и других макромолекулах
• DbGaP [22] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей
• DbSNP [23] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP)
• DbVar [24] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций
• DDBJ [25] − Коллекция последовательностей нуклеотидов
• DIP [26] − Каталог экспериментально определенных взаимодействий между белками
• DiProDB [27] − База данных, собирающая и анализирующая термодинамические, структурные и другие свойства динуклеотидов
• DisProt [28] − Коллекция внутренне неструктурированных белков
• DrugBank [29] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях
• Dryad [30] − Открытый репозиторий исследовательских данных
• EGA [31] − Сервис для хранения и публикации всех типов персональных генетических и фенотипических данных, получаемых в биомедицинских исследовательских проектах
• ELibrary [32] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке
• EMAGE [33] − База данных экспрессии генов в мышином эмбрионе
• Embase [34] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе
• EMBL-EBI [35] − Универсальный поисковик по названиям белков и другим терминам
• EMDB [36] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур
• ENA [37] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей
• ENCODE [38] − Геномные и транскриптомные аннотации
• Ensembl [39] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов
• Entrez [40] − База данных, предоставляющая доступ к нуклеотидным и аминокислотным последовательностям, геноцентричной и геномной информации, данным по трехмерным структурам и т.д.
• EPD [41] − База данных по эукариотическим РНК-полимераза-II промотерам с экспериментально определенными точек старта транскрипции
• Europe_PMC [42] − Репозиторий, предоставляющий доступ к научным статьям, книгам, патентам и клиническим руководствам
• ExoCarta [43] − Вручную курируемая база данных об экзосомальных белках, РНК и липидах
• Expasy [44] − Портал для биологических баз данных и инструментов
• Expression_Atlas [45] − База данных генов и белковой экспресии
• ExRNA_Atlas [46] − Репозиторий малых РНК последовательностей и полученных с помощью qPCR внеклеточных РНК профилей для жидкостей организма человека и мыши
• FINDbase [47] − База данных частот генетических вариаций по всей человеческой популяции
• GEO [48] − Репозиторий функциональных данных геномики с профилями экспрессии
• GenBank [49] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов
• GeneWiki [50] − Подпроект в рамках Википедии, описывающий отношения и функции всех человеческих генов
• GigaDB [51] − Репозиторий долговременного доступа к массивным многоразмерным датасетам исследований из области life science и биомеда
• Google_Scholar [52] − Поисковик по научным статьям
• Harvard_PGP [53] − Публикация полных геномов и связанных медицинских данных волонтеров
• HGNC [54] − База данных стандартных имен человеческих генов
• HMDP [55] − База данных мелких метаболитов человеческого организма
• HOCOMOCO [56] − Коллекция моделей связывания с транскрипционными факторами для человека и мыши, полученная через крупномасштабный ChIP-Seq анализ
• HRT_Atlas [57] − Вею инструмент для поиска клеткоспецифичных генов/транскриптов, подходящих для экспериментальной qPCR нормализации
• HCUP − Самая крупная коллекция больничных данных в США
• HumanCyc [58] − База данных по метаболическим путям в человеческом орагнизме, а также по энзимам, метаболитам и реакциям
• Human_Protein_Atlas [59] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам
• H-Invitational [60] − База данных аннотаций человеческих генов и транскриптов
• ICGC [61] − Наборы данных по онкогеномике
• IHEC [62] − База данных референсных эпигеномов
• IntAct [63] − База данных взаимодействий молекул
• InterPro [64] − Семейства, домены и сайты белков
• IPI [65] − Индекс-номера и референс-наборы белков
• JASPAR [66] − Коллекция сайтов посадки транскрипционных факторов
• Jena_Library [67] − Библиотека трехмерных структур биополимеров
• Kalium [68] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов
• KEGG [69] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ
• Lens [70] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей
• LipidBank [71] − База данных по липидам
• MANET [72] − База данных, которая картирует эволюционные отношения протеиновых структур на биологические сети
• Medline [73] − Библиографическая база данных по life science и биомедицине
• MetaCore [74] − База данных биологических путей
• MetaCyc [75] − База данных экспериментально выявленных метаболических путях всех доменов живого мира
• MethBase [76] − База данных метилирования ДНК
• MetOSite [77] − База данных, посвященная сайтам сульфоксидирования метионина и их функциональным ролям в белках
• Minimotif_Miner − Программа и база данных для идентификации минимотивов в аминокислотных последовательностях белков
• MINT [78] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой
• MirBase [79] − Архив последовательностей микроРНК с аннотациями
• MMDB [80] − База данных по экспериментально обнаруженным структурам белков, РНК и ДНК, происходящих из каталога PDB
• MobiDB [81] − База данных аннотаций патологий и мобильности белков
• ModBase [82] − База данных по аннотированным сравнительным моделям белков
• NCBI_GeneBank [83] − База данных по фрагментам ДНК
• NCBI_Genome [84] − Геномная база данных
• NCBI_Protein [85] − Белковая база данных
• NCBI_Taxonomy_Browser [86] − База данных по таксономиям
• NCG [87] − База данных по раковым генам и по связанным с ними свойствам
• NDEx [88] − Открытый фреймворк по биологическим сетям взаимодействий
• Netpath [89] − База данных по сигнальным путям
• NeXtProt [90] − Платформа знаний по человеческим белкам
• NIF [91] − Репозиторий нейробиологических веб ресурсов, включающий в себя экспериментальные, клинические и трансляционные базы данных, атласы и генетические ресурсы
• NITRC [92] − Каталог нейроснимков
• OATD [93] − Поисковик по диссертациям
• OMIM [94] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств
• OpenDOAR [95] − База данных репозиториев научных работ
• Open_Genes [96] − База данных генов, с возможным влиянием на процессы старения
• OPM [97] − Инструмент для вычисления положений белков, встроенных в мембраны
• Orphadata [98] − Датасеты, относящиеся к редким заболеваниям и орфанным препаратам
• PANTHER [99] − База данных с семействами, эволюционными деревьями, подсемействами и функциями белков
• Pass2 [100] − База данных по выравниваниям суперсемейств белков
• PathwayStudio [101] − Приложение для анализа и визуализации механизмов заболеваний, генной экспрессии, данных протеомики и метаболомики
• PDB [102] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот
• PDBe [103] − Платформа для работы с макромолекулярными структурами
• PDBselect − Список репрезентативных аминокислотных последовательностей
• PDBWiki − Открытая к добавлению база данных аннотаций белковых структур
• Pharma_Intelligence − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии
• PHI-Base [104] − Курируемая информация о генах с экспериментально подтвержденным влиянием на связь патоген-хозяин
• Pfam [105] − Семейства белков с аннотациями и выравненными последовательностями
• PGP_Canada [106] − Полные секвенированные геномы волонтеров и публикация медицинских записей, канадский сервер
• PGP_UK [107] − Полные секвенированные геномы волонтеров и публикация медицинских записей, британский сервер
• PID − База данных клеточных сигнальных путей человека
• PIR [108] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка
• PRIDE [109] − Репозиторий протеомных данных, полученных с помощью массовой спектрометрии
• PRINTS [110] − База данных белковых фингерпринтов
• ProQuest [111] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными
• Prosite [112] − Белковые домены, семейства и функциональные сайты
• Proteopedia [113] − 3D энциклопедия белков
• PubChem [114] − База данных структуры и активности химических структур
• PubMed [115] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах
• QIAGEN_IPA − База данных путей и инструменты их визуализации
• RBPDB [116] − База данных РНК-связанных белковых особенностей
• RegulonDB [117] − База данных регуляторных сетей экспрессии генов E.coli
• Reactome [118] − База данных биологических путей
• Reaxys − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе
• RefSeq [119] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей
• Rhea [120] − База знаний химических и транспортных реакций, относящихся к биологии
• Riken_integrated_database_of_mammals [121] − База данных исследований, проводимых институтом Рикен
• Rfam [122] − База данных семейств некодирующих РНК
• SABIO-RK [123] − База данных, хранящая информацию о биохимических реакциях и их кинетических свойствах
• SCOP [124] − База данных, предоставляющая описания структурных и эволюционных взаимоотношений между белками известной структуры
• Scopus [125] − База данных абстрактов статей и рефератов
• Silva [126] − База данных по данным секвенирования рибосомальных РНК
• SIMAP − База данных сходств белков
• SNPedia [127] − Вики, посвященная фенотипическим и другим эффектам вариаций генов ДНК (однонуклеотидных полиморфизмовj
• SRA [128] − База данных высокопроизводительного секвенирования
• STRING [129] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий
• Superfamily [130] − Структурная и функциональная аннотация всех белков и геномов
• SwissLipids [131] − База данных по липидам
• SwissOrthology [132] − База данных ортологичных генов
• SWISS-MODEL [133] − Модели гомологов 3D белковых структур
• TCGA [134] − Данные исследований раковых клеток, полученные через выcокопроизводительные биологические методы
• TCIA [135] − База данных медицинских изображений для онкологических исследований
• Thesis.fr [136] − Посиковый движок для поиска диссертаций на французском языке
• TDR_Targets [137] − Анализ различных геномных и химических датасетов с цель идентификации лекарств и лекарственных мишеней
• TOPSAN − Вики, посвященная сбору и распространению информации о белковых трехмерных структурах
• TRANSFAC − Ручная база факторов транскипции эукариотов, их геномных сайтов связывания и профили связывания с ДНК
• UCSC_Genome_Browser [138] − Браузер человеческого генома
• UniProtKB [139] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков
• Web_of_Science [140] − База данных абстрактов статей
• WikiPathways [141] − Вики, посвященная биологическим путям
• 1000_Genomes_Project [142] − Каталог 1092 человеческих генов анонимусов