Биологические базы данных (ББД) − база данных, содержащие информацию, полученную в результате биологических экспериментов или клинических исследований. Зачастую включают данные по последовательностям или структурам биологических молекул.

Крупные центры биологических БД

Типы баз данных

Библиографические и реферативные базы данных

  • Base − Сервис поиска научных публикаций
  • ELibrary − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке
  • Embase − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе
  • Google_Scholar − Поисковик по научным статьям
  • Lens − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей
  • OATD − Поисковик по диссертациям
  • OpenDOAR − База данных репозиториев научных работ
  • ProQuest − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными
  • PubMed − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах
  • Scopus − База данных абстрактов статей и рефератов
  • Web_of_Science − База данных абстрактов статей

Базы данных последовательностей ДНК

  • DDBJ − Коллекция последовательностей нуклеотидов
  • ENA − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей
  • GenBank − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов
  • RefSeq − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей

Базы данных последовательности белков

  • PIR − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка
  • UniProtKB − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков

Базы данных 3D структур

  • CCDC − База данных кристаллических структур малых молекул
  • EMDB − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур
  • PDB − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот

Базы данных химических соединений

  • CAS − База данных химических веществ
  • CSDB − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными
  • PubChem − База данных структуры и активности химических структур
  • Reaxys − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе

Базы данных геномов и аннотаций

  • Ensembl − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов
  • NCBI_Genome − Геномная база данных
  • UCSC_Genome_Browser − Браузер человеческого генома

Базы данных вариаций генома

  • ClinVar − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека
  • DbSNP − База данных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP)
  • DbVar − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций
  • OMIM − Каталог человеческих генов и генетических расстройств

Базы данных геном-фенотип

  • DbGaP − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей
  • ICGC − Наборы данных по онкогеномике

Базы данных взаимодействий

  • DrugBank − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях
  • Kalium − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов
  • MINT − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой
  • STRING − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий

Базы данных сигнальных путей

  • KEGG − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ
  • Reactome − База данных биологических путей
  • WikiPathways − Вики, посвященная биологическим путям

Базы данных секвенирования

  • SRA − База данных высокопроизводительного секвенирования

Базы данных заболеваний и меицинской информации

  • ClinicalTrials − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях
  • Pharma_Intelligence − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии

Базы данных по экспрессии генов/гистологии

  • Expression_Atlas − База данных генов и белковой экспресии
  • Human_Protein_Atlas − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам

Базы данных по таксономии

Поисковые движки по биологическим базам данных

  • Expasy − Портал для биологических баз данных и инструментов

Журналы, публикующие обзоры по ББД

Ссылки