1636
правок
Преобразование Системной схемы старения человека в граф знаний: различия между версиями
Преобразование Системной схемы старения человека в граф знаний (править)
Версия от 23:46, 17 июля 2022
, 17 июля 2022нет описания правки
Denis.s (обсуждение | вклад) Нет описания правки |
Denis.s (обсуждение | вклад) Нет описания правки |
||
| Строка 24: | Строка 24: | ||
=== Выбор исходной базы данных === | === Выбор исходной базы данных === | ||
[[Файл:СССЧ_1.png|thumb| | [[Файл:СССЧ_1.png|thumb|300px|right|Фрагмент Системной схемы старения человека. Узлы диаграммы и связи между узлами имеют разные типы, это показано различиями в их закраске. При клике мышкой на узле появляется всплывающее окно с более подробной информацией по выбранному узлу]] | ||
В качестве компактного, но актуального источника фактов я выбрал [Системную схему старения человека (СССЧ)](http://sciencevsaging.org/). СССЧ представляет из себя диаграмму, где в графическом виде показано, как в организме человека связаны различные патологические процессы, ведущие к старению и смерти. | В качестве компактного, но актуального источника фактов я выбрал [Системную схему старения человека (СССЧ)](http://sciencevsaging.org/). СССЧ представляет из себя диаграмму, где в графическом виде показано, как в организме человека связаны различные патологические процессы, ведущие к старению и смерти. | ||
| Строка 36: | Строка 36: | ||
=== Обработка данных, содержащихся в СССЧ === | === Обработка данных, содержащихся в СССЧ === | ||
[[Файл:process_hasd.clj.png|thumb| | [[Файл:process_hasd.clj.png|thumb|300px|right|Пример кода на языке Clojure, конвертирующего исходный CSV файл в файл RDF графа знаний]] | ||
Конечно, программисту требуется не картинка, а то, что можно обработать программным кодом - цифровая последовательность чего-либо: символов, пикселов и т.д. Схема старения предусматривает сериализацию, то есть представление диаграммы в виде текстового кода. Веб-страница СССЧ представляет данные в формате JSON, их можно увидеть, открыв код страницы в браузере нажатием клавиш `Ctrl-U`. Однако я использовал сериализацию последней версии CCCЧ 67.3 в файлах формата CSV, любезно предоставленных мне Алексеем Алексеевым. | Конечно, программисту требуется не картинка, а то, что можно обработать программным кодом - цифровая последовательность чего-либо: символов, пикселов и т.д. Схема старения предусматривает сериализацию, то есть представление диаграммы в виде текстового кода. Веб-страница СССЧ представляет данные в формате JSON, их можно увидеть, открыв код страницы в браузере нажатием клавиш `Ctrl-U`. Однако я использовал сериализацию последней версии CCCЧ 67.3 в файлах формата CSV, любезно предоставленных мне Алексеем Алексеевым. | ||
| Строка 45: | Строка 45: | ||
Язык онтологий OWL (Web Ontology Language) работает поверх RDF и позволяет описывать *семантику* - типы графовых вершин (объектов) и ребер (взаимосвязей объектов и типы их параметров), а также правила по которым исходный граф может расширяться, образуя новые связи и сущности. | Язык онтологий OWL (Web Ontology Language) работает поверх RDF и позволяет описывать *семантику* - типы графовых вершин (объектов) и ребер (взаимосвязей объектов и типы их параметров), а также правила по которым исходный граф может расширяться, образуя новые связи и сущности. | ||
[[Файл:tabtree_1.png|thumb|300px|right|Пример кода Tabtree с подсветкой синтаксиса в редакторе Atom. Файл онтологии Схемы старения]] | |||
Итак, задача сводится к тому, чтобы преобразовать данные в формате CSV в формат RDF/Turtle, и дополнительное описав на OWL минимальную онтологию, соответствующую семантике узлов и связей на диаграмме. | Итак, задача сводится к тому, чтобы преобразовать данные в формате CSV в формат RDF/Turtle, и дополнительное описав на OWL минимальную онтологию, соответствующую семантике узлов и связей на диаграмме. | ||
Как язык программирования я использовал язык [Clojure](https://clojure.org/), кодирование производил в редакторе кода [Atom](https://atom.io/). Clojure удобен тем, что тесно интегрирован с экосистемой языка Java, на котором имеется богатая коллекция библиотек и приложений, работающих с RDF графами. Помимо этого, Clojure сам по себе является элегантным и эффективным языком, поддерживающим функциональную парадигму программирования, которая ускоряет время разработки и идеально подходит для задач преобразования данных. | Как язык программирования я использовал язык [Clojure](https://clojure.org/), кодирование производил в редакторе кода [Atom](https://atom.io/). Clojure удобен тем, что тесно интегрирован с экосистемой языка Java, на котором имеется богатая коллекция библиотек и приложений, работающих с RDF графами. Помимо этого, Clojure сам по себе является элегантным и эффективным языком, поддерживающим функциональную парадигму программирования, которая ускоряет время разработки и идеально подходит для задач преобразования данных. | ||
Помимо непосредственно программирования, выяснилось, что хоть формат Turtle и легко читаем, кодировать на нем онтологию и редактировать части графа знаний не очень удобно. Поэтому я дополнительно использовал промежуточный формат Tabtree. Это мой собственный изобретенный формат для записи графов знаний. Он позволяет еще более компактно сериализовывать графы знаний и подобно программному коду разбивать их на части. | Помимо непосредственно программирования, выяснилось, что хоть формат Turtle и легко читаем, кодировать на нем онтологию и редактировать части графа знаний не очень удобно. Поэтому я дополнительно использовал промежуточный формат Tabtree. Это мой собственный изобретенный формат для записи графов знаний. Он позволяет еще более компактно сериализовывать графы знаний и подобно программному коду разбивать их на части. | ||
Вначале из нескольких CSV файлов генерировались соответствующие представления в Tabtree, в том же формате отдельно создавался файл онтологии, затем эти файлы собирались в один большой Tabtree, который, в свою очередь, конвертировался в один большой файл Turtle. | Вначале из нескольких CSV файлов генерировались соответствующие представления в Tabtree, в том же формате отдельно создавался файл онтологии, затем эти файлы собирались в один большой Tabtree, который, в свою очередь, конвертировался в один большой файл Turtle. | ||
[[Файл:repl_1.png|thumb|300px|right|REPL (Read-Eval-Print Loop) - интерактивная среда программирования с полным доступом к разрабатываемому коду, его переменным и функциям]] | |||
Работа с форматом Tabtree проводилась в том же редакторе кода Atom, где мною специально под данный формат был создан [плагин для подсветки синтаксиса](https://github.com/prozion/language-tabtree), делающий работу с кодом онтологий и графов знаний еще более удобной. | Работа с форматом Tabtree проводилась в том же редакторе кода Atom, где мною специально под данный формат был создан [плагин для подсветки синтаксиса](https://github.com/prozion/language-tabtree), делающий работу с кодом онтологий и графов знаний еще более удобной. | ||
Запуск кода чтения и преобразования CSV в Tabtree, а затем в RDF/Turtle производился просто из линукс-консоли c загруженной REPL-сессией Clojure проекта. | Запуск кода чтения и преобразования CSV в Tabtree, а затем в RDF/Turtle производился просто из линукс-консоли c загруженной REPL-сессией Clojure проекта. | ||
`(build-hasd)` *– головная функция, которая производит все действия по созданию RDF/Turtle файла через вызов других функций. Создана специально для удобства вызова из REPL сессии.* | `(build-hasd)` *– головная функция, которая производит все действия по созданию RDF/Turtle файла через вызов других функций. Создана специально для удобства вызова из REPL сессии.* | ||
| Строка 74: | Строка 74: | ||
* классификация по уровню системы, на которой мы можем локализовать патологический процесс. | * классификация по уровню системы, на которой мы можем локализовать патологический процесс. | ||
[[Файл:classification_by_pathology_level.png|thumb| | [[Файл:classification_by_pathology_level.png|thumb|300px|right|Классификация по уровню системы, как она задана в файле онтологии]] | ||
=== Пример работы с графом знаний === | === Пример работы с графом знаний === | ||
| Строка 90: | Строка 90: | ||
К сожалению, Webprotege не позволяет делать запросы к графу знаний. Для этого следует воспользоваться другим бесплатным приложением, [https://www.ontotext.com/products/graphdb/graphdb-free/ GraphDB] | К сожалению, Webprotege не позволяет делать запросы к графу знаний. Для этого следует воспользоваться другим бесплатным приложением, [https://www.ontotext.com/products/graphdb/graphdb-free/ GraphDB] | ||
[[Файл:graphdb_3.png|thumb| | [[Файл:graphdb_3.png|thumb|300px|right|Интерфейс GraphDB, доступный через браузер]] | ||
GraphDB устанавливается локально на компьютере и предоставляет доступ к своему пользовательскому интерфейсу через браузер, запуская локальный сервер (localhost). Но при необходимости командной работы, возможно настроить доступ к одному и тому же графу знаний через интернет. Я сделал это на своем арендуемом сервере VDS (Virtual Dedicated Server) на котором имеется операционная система Linux Ubuntu с возможностью установки любых приложений. Доступ к интефейсу работает по адресу https://demo.denis-shirshov.ru/graphdb. Там можно проверить изложенные далее примеры или составить собственные SPARQL запросы к графу знаний СССЧ. | GraphDB устанавливается локально на компьютере и предоставляет доступ к своему пользовательскому интерфейсу через браузер, запуская локальный сервер (localhost). Но при необходимости командной работы, возможно настроить доступ к одному и тому же графу знаний через интернет. Я сделал это на своем арендуемом сервере VDS (Virtual Dedicated Server) на котором имеется операционная система Linux Ubuntu с возможностью установки любых приложений. Доступ к интефейсу работает по адресу https://demo.denis-shirshov.ru/graphdb. Там можно проверить изложенные далее примеры или составить собственные SPARQL запросы к графу знаний СССЧ. | ||
| Строка 98: | Строка 98: | ||
Допустим, нужно найти все переходы, где начальный и конечный процессы принадлежат различным системам организма и при этом оба они происходят на тканевом уровне. Вот как это будет выглядеть в интерфейсе GraphDB | Допустим, нужно найти все переходы, где начальный и конечный процессы принадлежат различным системам организма и при этом оба они происходят на тканевом уровне. Вот как это будет выглядеть в интерфейсе GraphDB | ||
[[Файл:graphdb_1.png|thumb| | [[Файл:graphdb_1.png|thumb|300px|right|Интерфейс ввода SPARQL запросов в приложении GraphDB: Слева располагается панель редактора SPARQL с развитым функционалом редактирования и сохранения запросов, что существенно превосходит возможности "классики жанра" – окна редактирования SPARQL в редакторе онтологий Protege (десктопная версия). Справа находится панель с результатом запроса в виде таблицы. Колонки таблицы задаются в самом запросе]] | ||
Как видно, на данный запрос нашлось три перехода. Посмотрим теперь сколько переходов будет если мы потребуем не точного совпадения по тканевому уровню, а лишь ограничим локализацию тканевым уровнем. То есть также попадут процессы, соответствующие клеточному, ядерному и т.д. уровням, то есть уровням более локальным, нежели тканевой. | Как видно, на данный запрос нашлось три перехода. Посмотрим теперь сколько переходов будет если мы потребуем не точного совпадения по тканевому уровню, а лишь ограничим локализацию тканевым уровнем. То есть также попадут процессы, соответствующие клеточному, ядерному и т.д. уровням, то есть уровням более локальным, нежели тканевой. | ||
| Строка 106: | Строка 106: | ||
Благодаря логическому выводу, вместо трех мы получаем уже пять результатов: | Благодаря логическому выводу, вместо трех мы получаем уже пять результатов: | ||
[[Файл:graphdb_2.png|thumb| | [[Файл:graphdb_2.png|thumb|300px|right|Запрос с включением логически выведенных данных в результат. Переключение в этот режим происходит при клике на иконке с двойной стрелкой в правой части панели редактора SPARQL запрос]]<br /> | ||
===Приложения для работы с графами знаний=== | ===Приложения для работы с графами знаний=== | ||