1636
правок
Преобразование Системной схемы старения человека в граф знаний: различия между версиями
Преобразование Системной схемы старения человека в граф знаний (править)
Версия от 23:45, 17 июля 2022
, 17 июля 2022нет описания правки
Denis.s (обсуждение | вклад) Нет описания правки |
Denis.s (обсуждение | вклад) Нет описания правки |
||
| Строка 35: | Строка 35: | ||
=== Обработка данных, содержащихся в СССЧ === | === Обработка данных, содержащихся в СССЧ === | ||
[[Файл:process_hasd.clj.png|thumb|500px|right|Пример кода на языке Clojure, конвертирующего исходный CSV файл в файл RDF графа знаний]] | |||
Конечно, программисту требуется не картинка, а то, что можно обработать программным кодом - цифровая последовательность чего-либо: символов, пикселов и т.д. Схема старения предусматривает сериализацию, то есть представление диаграммы в виде текстового кода. Веб-страница СССЧ представляет данные в формате JSON, их можно увидеть, открыв код страницы в браузере нажатием клавиш `Ctrl-U`. Однако я использовал сериализацию последней версии CCCЧ 67.3 в файлах формата CSV, любезно предоставленных мне Алексеем Алексеевым. | Конечно, программисту требуется не картинка, а то, что можно обработать программным кодом - цифровая последовательность чего-либо: символов, пикселов и т.д. Схема старения предусматривает сериализацию, то есть представление диаграммы в виде текстового кода. Веб-страница СССЧ представляет данные в формате JSON, их можно увидеть, открыв код страницы в браузере нажатием клавиш `Ctrl-U`. Однако я использовал сериализацию последней версии CCCЧ 67.3 в файлах формата CSV, любезно предоставленных мне Алексеем Алексеевым. | ||
| Строка 48: | Строка 50: | ||
Как язык программирования я использовал язык [Clojure](https://clojure.org/), кодирование производил в редакторе кода [Atom](https://atom.io/). Clojure удобен тем, что тесно интегрирован с экосистемой языка Java, на котором имеется богатая коллекция библиотек и приложений, работающих с RDF графами. Помимо этого, Clojure сам по себе является элегантным и эффективным языком, поддерживающим функциональную парадигму программирования, которая ускоряет время разработки и идеально подходит для задач преобразования данных. | Как язык программирования я использовал язык [Clojure](https://clojure.org/), кодирование производил в редакторе кода [Atom](https://atom.io/). Clojure удобен тем, что тесно интегрирован с экосистемой языка Java, на котором имеется богатая коллекция библиотек и приложений, работающих с RDF графами. Помимо этого, Clojure сам по себе является элегантным и эффективным языком, поддерживающим функциональную парадигму программирования, которая ускоряет время разработки и идеально подходит для задач преобразования данных. | ||
[[Файл: | [[Файл:tabtree_1.png|thumb|500px|right|Пример кода Tabtree с подсветкой синтаксиса в редакторе Atom. Файл онтологии Схемы старения]] | ||
Помимо непосредственно программирования, выяснилось, что хоть формат Turtle и легко читаем, кодировать на нем онтологию и редактировать части графа знаний не очень удобно. Поэтому я дополнительно использовал промежуточный формат Tabtree. Это мой собственный изобретенный формат для записи графов знаний. Он позволяет еще более компактно сериализовывать графы знаний и подобно программному коду разбивать их на части. | Помимо непосредственно программирования, выяснилось, что хоть формат Turtle и легко читаем, кодировать на нем онтологию и редактировать части графа знаний не очень удобно. Поэтому я дополнительно использовал промежуточный формат Tabtree. Это мой собственный изобретенный формат для записи графов знаний. Он позволяет еще более компактно сериализовывать графы знаний и подобно программному коду разбивать их на части. | ||
| Строка 56: | Строка 57: | ||
Работа с форматом Tabtree проводилась в том же редакторе кода Atom, где мною специально под данный формат был создан [плагин для подсветки синтаксиса](https://github.com/prozion/language-tabtree), делающий работу с кодом онтологий и графов знаний еще более удобной. | Работа с форматом Tabtree проводилась в том же редакторе кода Atom, где мною специально под данный формат был создан [плагин для подсветки синтаксиса](https://github.com/prozion/language-tabtree), делающий работу с кодом онтологий и графов знаний еще более удобной. | ||
Запуск кода чтения и преобразования CSV в Tabtree, а затем в RDF/Turtle производился просто из линукс-консоли c загруженной REPL-сессией Clojure проекта. | Запуск кода чтения и преобразования CSV в Tabtree, а затем в RDF/Turtle производился просто из линукс-консоли c загруженной REPL-сессией Clojure проекта. | ||
| Строка 85: | Строка 84: | ||
Данный редактор способен отображать списки элементов графа и классы онтологии, и даже показывать графически части графа знаний, как видно ниже на скриншоте. | Данный редактор способен отображать списки элементов графа и классы онтологии, и даже показывать графически части графа знаний, как видно ниже на скриншоте. | ||
[[Файл:webprotege_1.png|thumb| | [[Файл:webprotege_1.png|thumb|500px|right|Онлайн редактор онтологий Webprotege. Слева панель со списком экземпляров (изначально узлов диаграммы - патологических процессов), справа - визуализация части схемы, начинающейся с процесса 'Кальцификация миоцитов'. Все остальные связи между узлами, кроме причинно-следственной (followsTo) отфильтрованы для ясности визуализации]] | ||
==== GraphDB ==== | ==== GraphDB ==== | ||