Биологические базы данных
Биологические базы данных (ББД) − база данных, содержащие информацию, полученную в результате биологических экспериментов или клинических исследований. Зачастую включают данные по последовательностям или структурам биологических молекул.
Крупные центры биологических БД
Типы баз данных
Библиографические и реферативные базы данных
- Base [1] − Сервис поиска научных публикаций
- ELibrary [2] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке
- Embase [3] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе
- Google_Scholar [4] − Поисковик по научным статьям
- Lens [5] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей
- OATD [6] − Поисковик по диссертациям
- OpenDOAR [7] − База данных репозиториев научных работ
- ProQuest [8] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными
- PubMed [9] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах
- Scopus [10] − База данных абстрактов статей и рефератов
- Web_of_Science [11] − База данных абстрактов статей
Базы данных последовательностей ДНК
- DDBJ [12] − Коллекция последовательностей нуклеотидов
- ENA [13] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей
- GenBank [14] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов
- RefSeq [15] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей
Базы данных последовательности белков
- PIR [16] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка
- UniProtKB [17] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков
Базы данных 3D структур
- CCDC [18] − База данных кристаллических структур малых молекул
- EMDB [19] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур
- PDB [20] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот
Базы данных химических соединений
- CAS [21] − База данных химических веществ
- CSDB [22] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными
- PubChem [23] − База данных структуры и активности химических структур
- Reaxys − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе
Базы данных геномов и аннотаций
- Ensembl [24] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов
- NCBI_Genome [25] − Геномная база данных
- UCSC_Genome_Browser [26] − Браузер человеческого генома
Базы данных вариаций генома
- ClinVar [27] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека
- DbSNP [28] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP)
- DbVar [29] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций
- OMIM [30] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств
Базы данных геном-фенотип
- DbGaP [31] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей
- ICGC [32] − Наборы данных по онкогеномике
Базы данных взаимодействий
- DrugBank [33] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях
- Kalium [34] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов
- MINT [35] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой
- STRING [36] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий
Базы данных сигнальных путей
- KEGG [37] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ
- Reactome [38] − База данных биологических путей
- WikiPathways [39] − Вики, посвященная биологическим путям
Базы данных секвенирования
Базы данных заболеваний и меицинской информации
- ClinicalTrials [41] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях
- Pharma_Intelligence − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии
Базы данных по экспрессии генов/гистологии
- Expression_Atlas [42] − База данных генов и белковой экспресии
- Human_Protein_Atlas [43] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам
Базы данных по таксономии
- NCBI_Taxonomy_Browser [44] − База данных по таксономиям