Биологические базы данных
Биологические базы данных (ББД) − база данных, содержащие информацию, полученную в результате биологических экспериментов или клинических исследований. Зачастую включают данные по последовательностям или структурам биологических молекул.
Крупные центры биологических БД
Типы баз данных
Библиографические и реферативные базы данных
- Base [base-search.net] − Сервис поиска научных публикаций
- ELibrary [elibrary.ru] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке
- Embase [elsevier.com/solutions/embase-biomedical-research] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе
- Google_Scholar [scholar.google.com] − Поисковик по научным статьям
- Lens [lens.org/lens/biological_search] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей
- OATD [oatd.org] − Поисковик по диссертациям
- OpenDOAR [v2.sherpa.ac.uk/opendoar/search.html] − База данных репозиториев научных работ
- ProQuest [proquest.com] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными
- PubMed [pubmed.ncbi.nlm.nih.gov] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах
- Scopus [scopus.com] − База данных абстрактов статей и рефератов
- Web_of_Science [sclarivate.com/webofsciencegroup/solutions/web-of-science] − База данных абстрактов статей
Базы данных последовательностей ДНК
- DDBJ [ddbj.nig.ac.jp] − Коллекция последовательностей нуклеотидов
- ENA [ebi.ac.uk/ena/browser] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей
- GenBank [ncbi.nlm.nih.gov] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов
- RefSeq [ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей
Базы данных последовательности белков
- PIR [proteininformationresource.org] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка
- UniProtKB [uniprot.org] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков
Базы данных 3D структур
- CCDC [ccdc.cam.ac.uk] − База данных кристаллических структур малых молекул
- EMDB [ebi.ac.uk/pdbe/emdb] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур
- PDB [rcsb.org] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот
Базы данных химических соединений
- CAS [cas.org] − База данных химических веществ
- CSDB [csdb.glycoscience.ru/database] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными
- PubChem [pubchem.ncbi.nlm.nih.gov] − База данных структуры и активности химических структур
- Reaxys − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе
Базы данных геномов и аннотаций
- Ensembl [ensembl.org] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов
- NCBI_Genome [ncbi.nlm.nih.gov/genome] − Геномная база данных
- UCSC_Genome_Browser [genome.ucsc.edu] − Браузер человеческого генома
Базы данных вариаций генома
- ClinVar [ncbi.nlm.nih.gov/clinvar] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека
- DbSNP [ncbi.nlm.nih.gov/snp] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP)
- DbVar [ncbi.nlm.nih.gov/dbvar] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций
- OMIM [omim.org] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств
Базы данных геном-фенотип
- DbGaP [ncbi.nlm.nih.gov/gap] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей
- ICGC [dcc.icgc.org] − Наборы данных по онкогеномике
Базы данных взаимодействий
- DrugBank [go.drugbank.com] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях
- Kalium [kaliumdb.org] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов
- MINT [mint.bio.uniroma2.it] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой
- STRING [string-db.org] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий
Базы данных сигнальных путей
- KEGG [kegg.jp] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ
- Reactome [reactome.org] − База данных биологических путей
- WikiPathways [wikipathways.org] − Вики, посвященная биологическим путям
Базы данных секвенирования
- SRA [ncbi.nlm.nih.gov/sra] − База данных высокопроизводительного секвенирования
Базы данных заболеваний и меицинской информации
- ClinicalTrials [clinicaltrials.gov] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях
- Pharma_Intelligence − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии
Базы данных по экспрессии генов/гистологии
- Expression_Atlas [ebi.ac.uk/gxa/home] − База данных генов и белковой экспресии
- Human_Protein_Atlas [proteinatlas.org] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам
Базы данных по таксономии
- NCBI_Taxonomy_Browser [ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi] − База данных по таксономиям
Поисковые движки по биологическим базам данных
- Expasy [expasy.org] − Портал для биологических баз данных и инструментов