Обсуждение:Увеличение гемоглобина с возрастом: различия между версиями
Denis.s (обсуждение | вклад) (Новая страница: «Вопрос А.Алексееву: Смотрите, что нашла у Дениса Ширшова сегодня в его таблице по генам...») |
Denis.s (обсуждение | вклад) |
||
| (не показано 10 промежуточных версий этого же участника) | |||
| Строка 1: | Строка 1: | ||
Вопросы А.Алексееву по докладу [http://msu-web.tech/alex3/aging/metabolomics/impress.js/examples/classic-slides_my/#/step-1 Корреляционный анализ среднепопуляционных трендов метаболитов в крови человека при старении по данным NHANES] | |||
==Вопрос об увеличение концентрации гемоглобина с возрастом== | |||
Смотрите, что нашла у Дениса Ширшова сегодня в его таблице по генам из пабмеда связанных со старением {{abbr|[[ALAS1]] 1 5-aminolevulinate synthase, nonspecific, mitochondrial precursor (EC 2.3.1.37) (ALAS-H) (5-aminolevulinic acid synthase 1) (Delta-ALA synthase 1) (Delta-aminolevulinate synthase 1) [ALAS3] [ALASH] [OK/SW-cl.121]|ALAS1}} | |||
Скасса М.Э., Губерман А.С., Церути Дж.М., Канепа Э.Т. (2004). «Ядерный фактор 3 печени и ядерный фактор 1 регулируют экспрессию гена 5-аминолевулинатсинтазы и участвуют в репрессии инсулина» . J. Biol. Chem . 279 (27): 28082–92. DOI : 10.1074 / jbc.M401792200 . PMID 15123725 . | |||
Дуайер Б.Э., Смит М.А., Ричардсон С.Л. и др. (2009). «Снижение регуляции аминолевулинат-синтазы, фермента, ограничивающего скорость биосинтеза гема при болезни Альцгеймера» | Дельта-аминолевулинатсинтаза катализирует конденсацию глицина с сукцинил-КоА с образованием дельта-аминолевулиновой кислоты . Этот кодируемый ядром митохондриальный фермент является первым и ограничивающим скорость ферментом в пути биосинтеза гема у млекопитающих. Существует 2 тканеспецифичных изофермента: домашний фермент, кодируемый геном ALAS1, и тканеспецифический фермент эритроидного происхождения, кодируемый ALAS2. <ref>Скасса М.Э., Губерман А.С., Церути Дж.М., Канепа Э.Т. (2004). «Ядерный фактор 3 печени и ядерный фактор 1 регулируют экспрессию гена 5-аминолевулинатсинтазы и участвуют в репрессии инсулина» . J. Biol. Chem . 279 (27): 28082–92. DOI : 10.1074 / jbc.M401792200 . PMID 15123725.</ref> | ||
А теперь смотрите ваш график по гемоглобину на фейсбуке. Изменение скорости синтеза гема может быть одной из вероятностных причин | |||
Альцгеймер и репрессия инсулина указывают на возрастозависимый вариант экспрессии гена, участвующего в синтезе гема | Мыши, лишенные этого гена, демонстрируют эмбриональную летальность, что указывает на то, что ALAS важен для раннего эмбриогенеза. <ref>Дуайер Б.Э., Смит М.А., Ричардсон С.Л. и др. (2009). «Снижение регуляции аминолевулинат-синтазы, фермента, ограничивающего скорость биосинтеза гема при болезни Альцгеймера»</ref> | ||
А теперь смотрите ваш график по гемоглобину на фейсбуке. Изменение скорости синтеза гема может быть одной из вероятностных причин. Альцгеймер и репрессия инсулина указывают на возрастозависимый вариант экспрессии гена, участвующего в синтезе гема. Может быть еще и влияние HIF1A, фактора индуцирующего гипоксию, он тоже есть в таблице | |||
На графике гемоглобин увеличивается с возрастом? Интересно как считали концентрацию гемоглобина. С возрастом чаще развиваются железодефицитные анемии. | На графике гемоглобин увеличивается с возрастом? Интересно как считали концентрацию гемоглобина. С возрастом чаще развиваются железодефицитные анемии. | ||
Но может у них была другая какая то методика подсчета | Но может у них была другая какая то методика подсчета | ||
<references /> | |||
==Вопрос об увеличение концентрации гемоглобина с возрастом 2== | |||
К какому результату по гемоглобину привел анализ возрастной динамики метаболитов в вашей работе? Увеличивается ли гемоглобин с возрастом? | |||
Если удалось трактовать графики правильно, то концентрация гемоглобина с возрастом увеличивается. {{abbr|Про метод расчета концентраций спросить вторым темпом|Как это можно было бы увязать с фактом развития}} железодефицитных анемий с возрастом? | |||
Еще одним доводом к тому, что концентрация гемоглобина с возрастом должна снижаться, является снижение экспрессии гена ALAS1 <ref>Дуайер Б.Э., Смит М.А., Ричардсон С.Л. и др. (2009). «Снижение регуляции аминолевулинат-синтазы, фермента, ограничивающего скорость биосинтеза гема при болезни Альцгеймера»</ref>. При этом известно, что фермент, кодируемый данным геном является первым и ограничивающим скорость ферментом в пути биосинтеза гема у млекопитающих <ref>Скасса М.Э., Губерман А.С., Церути Дж.М., Канепа Э.Т. (2004). «Ядерный фактор 3 печени и ядерный фактор 1 регулируют экспрессию гена 5-аминолевулинатсинтазы и участвуют в репрессии инсулина» . J. Biol. Chem . 279 (27): 28082–92. DOI : 10.1074 / jbc.M401792200 . PMID 15123725.</ref> | |||
Дельта-аминолевулинатсинтаза ограничивает скорость биосинтеза гема, т.е. является ингибитором. Следовательно снижение экспрессии ALAS1 приводит к снижению концентрации ингибитора, а следовательно приводит к ускорению реакций биосинтеза гема и концентрация гемоглобина увеличивается (с возрастом). А не уменьшается. А как на графике? [[Участник:Denis.s|Denis.s]] ([[Обсуждение участника:Denis.s|обсуждение]]) | |||
<s>Что автор может сказать в свое оправдание?</s> | |||
==Предложение об упорядочивании графиков по метаболическим переходам== | |||
Интересной идеей представляется упорядочивание большого количества итоговых графиков по метаболическим переходам, содержащихся в работе. Например, можно попробовать сформировать на их основе метаболические сети по возрастным периодам с указанием основных биохимических путей в которых они участвуют. | |||
Как сам автор оценил бы перспективы работы в данном направлении? | |||
Текущая версия от 18:18, 8 мая 2021
Вопросы А.Алексееву по докладу Корреляционный анализ среднепопуляционных трендов метаболитов в крови человека при старении по данным NHANES
Вопрос об увеличение концентрации гемоглобина с возрастом[править]
Смотрите, что нашла у Дениса Ширшова сегодня в его таблице по генам из пабмеда связанных со старением ALAS1
Дельта-аминолевулинатсинтаза катализирует конденсацию глицина с сукцинил-КоА с образованием дельта-аминолевулиновой кислоты . Этот кодируемый ядром митохондриальный фермент является первым и ограничивающим скорость ферментом в пути биосинтеза гема у млекопитающих. Существует 2 тканеспецифичных изофермента: домашний фермент, кодируемый геном ALAS1, и тканеспецифический фермент эритроидного происхождения, кодируемый ALAS2. [1]
Мыши, лишенные этого гена, демонстрируют эмбриональную летальность, что указывает на то, что ALAS важен для раннего эмбриогенеза. [2]
А теперь смотрите ваш график по гемоглобину на фейсбуке. Изменение скорости синтеза гема может быть одной из вероятностных причин. Альцгеймер и репрессия инсулина указывают на возрастозависимый вариант экспрессии гена, участвующего в синтезе гема. Может быть еще и влияние HIF1A, фактора индуцирующего гипоксию, он тоже есть в таблице
На графике гемоглобин увеличивается с возрастом? Интересно как считали концентрацию гемоглобина. С возрастом чаще развиваются железодефицитные анемии. Но может у них была другая какая то методика подсчета
- ↑ Скасса М.Э., Губерман А.С., Церути Дж.М., Канепа Э.Т. (2004). «Ядерный фактор 3 печени и ядерный фактор 1 регулируют экспрессию гена 5-аминолевулинатсинтазы и участвуют в репрессии инсулина» . J. Biol. Chem . 279 (27): 28082–92. DOI : 10.1074 / jbc.M401792200 . PMID 15123725.
- ↑ Дуайер Б.Э., Смит М.А., Ричардсон С.Л. и др. (2009). «Снижение регуляции аминолевулинат-синтазы, фермента, ограничивающего скорость биосинтеза гема при болезни Альцгеймера»
Вопрос об увеличение концентрации гемоглобина с возрастом 2[править]
К какому результату по гемоглобину привел анализ возрастной динамики метаболитов в вашей работе? Увеличивается ли гемоглобин с возрастом?
Если удалось трактовать графики правильно, то концентрация гемоглобина с возрастом увеличивается. Как это можно было бы увязать с фактом развития железодефицитных анемий с возрастом?
Еще одним доводом к тому, что концентрация гемоглобина с возрастом должна снижаться, является снижение экспрессии гена ALAS1 [1]. При этом известно, что фермент, кодируемый данным геном является первым и ограничивающим скорость ферментом в пути биосинтеза гема у млекопитающих [2]
Дельта-аминолевулинатсинтаза ограничивает скорость биосинтеза гема, т.е. является ингибитором. Следовательно снижение экспрессии ALAS1 приводит к снижению концентрации ингибитора, а следовательно приводит к ускорению реакций биосинтеза гема и концентрация гемоглобина увеличивается (с возрастом). А не уменьшается. А как на графике? Denis.s (обсуждение)
Что автор может сказать в свое оправдание?
Предложение об упорядочивании графиков по метаболическим переходам[править]
Интересной идеей представляется упорядочивание большого количества итоговых графиков по метаболическим переходам, содержащихся в работе. Например, можно попробовать сформировать на их основе метаболические сети по возрастным периодам с указанием основных биохимических путей в которых они участвуют.
Как сам автор оценил бы перспективы работы в данном направлении?
- ↑ Дуайер Б.Э., Смит М.А., Ричардсон С.Л. и др. (2009). «Снижение регуляции аминолевулинат-синтазы, фермента, ограничивающего скорость биосинтеза гема при болезни Альцгеймера»
- ↑ Скасса М.Э., Губерман А.С., Церути Дж.М., Канепа Э.Т. (2004). «Ядерный фактор 3 печени и ядерный фактор 1 регулируют экспрессию гена 5-аминолевулинатсинтазы и участвуют в репрессии инсулина» . J. Biol. Chem . 279 (27): 28082–92. DOI : 10.1074 / jbc.M401792200 . PMID 15123725.