Как парсить PubMed: различия между версиями

Текущая версия от 10:56, 16 марта 2021

PubMed (Пабмед) − библиографическая база данных научных публикаций, в основном биологической и медицинской направленности. Более широко трактуется как совокупность всех библиографических баз данных NCBI (Национального Центра Биотехнологической Информации), куда, наряду с собственно PubMed, входят такие базы данных как PubChem, Gene, PMC и другие.

Самая биомедицинская мякотка концентрируется в базе данных под названием «Medline». В ней ищут интерфейсы вышеназванных тематических баз данных.

Почему есть Medline и есть куча других баз данных? Потому что

У каждой тематической базы данных есть свой специфический интерфейс, заточенный под ее предметную область
Наряду с Medline они также сёкают по дополнительным каталогам, которые содержат инфу по статьям, не попавшим в Medline (неопубликованные, не биомед тематики и т.д. ^[1]).

У кого сколько
PubMed	более 30 млн. записей
Medline	более 26 млн. записей
PubMed Central (PMC)	более 5.2 млн. записей

Адреса[править]

Entrez[править]

Пабмед использует поисковый движок под названием Entrez.

Парсинг[править]

Автоматический поиск происходит через обычные HTTP GET запросы. Для более чем 2 запросов в секунду требуется ключ.

Получение информации о публикации происходит в два этапа.

Вначале получают список идентификаторов статей (PMID), удовлетворяющих критериям поиска (совпадение с ключевыми словами в указанных частях). Подробнее: Получение id статей на PubMed
По известной id статьи отправляют второй запрос на выдачу информации об этой статье. В ответ, сервер присылает данные в формате Medline

Ссылки[править]

↑ https://www.nlm.nih.gov/bsd/difference.html

[1] ttps://www.nlm.nih.gov/bsd/difference.html

[1]

@@ Строка 1: / Строка 1: @@
-'''PubMed (Пабмед)''' − библиографическая база данных научных публикаций, в основном биологической и медицинской направленности. Более широко трактуется как совокупность всех библиографических баз данных NCBI (Национального Центра Биотех Информации), куда, наряду с собственно PubMed, входят такие базы данных как PubChem, Gene, PMC и другие.
+'''PubMed (Пабмед)''' − библиографическая база данных научных публикаций, в основном биологической и медицинской направленности. Более широко трактуется как совокупность всех библиографических баз данных NCBI (Национального Центра Биотехнологической Информации), куда, наряду с собственно PubMed, входят такие базы данных как PubChem, Gene, PMC и другие.
-Самая биомедиинская мякотка концентрируется в базе данных под названием «Medline». В ней ищут интерфейсы вышеназванных тематических баз данных.
+Самая биомедицинская мякотка концентрируется в базе данных под названием «Medline». В ней ищут интерфейсы вышеназванных тематических баз данных.
 Почему есть Medline и есть куча других баз данных? Потому что
-* У каждой тематической базы данных есть свой специфический интерфейс заточенный под предметную область
+* У каждой тематической базы данных есть свой специфический интерфейс, заточенный под ее предметную область
-* Наряду с Medline они {{abbr|сёкают|норвежский русский aka рюссеношк: от норвежского å søke, искать. Удобнее произносить, нежели "производят поиск", либо неуклюжее "ищут"}} по дополнительным каталогам, которые содержат инфу по статьям, по тем или иным причинам не попавшим в Medline (неопубликованные, не биомед тематики и т.д. <cite>https://www.nlm.nih.gov/bsd/difference.html</cite>).
+* Наряду с Medline они также {{abbr|норвежский русский aka рюссеношк: от норвежского å søke, искать. Удобное слово|сёкают}} по дополнительным каталогам, которые содержат инфу по статьям, не попавшим в Medline (неопубликованные, не биомед тематики и т.д. <ref>https://www.nlm.nih.gov/bsd/difference.html</ref>).
-Но на самом деле, база данных то одна, и называется она «Medline». А PubMed, PubChem и иже с ними являются заточенными под предметную область интерфейсами поиска. Так-то оно.
+{|class="wikitable"
+!colspan="2"|У кого сколько
+|-
+|PubMed||более 30 млн. записей
+|-
+|Medline||более 26 млн. записей
+|-
+|PubMed Central (PMC)||более 5.2 млн. записей
+|}
-Пабмед использует поисковый движок под названием Entrez.
+==Адреса==
 * [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ pubmed.ncbi.nlm.nih.gov − Пабмед аз из]
-* [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/advanced/ Расширенный поиск]
+* [https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/advanced/ Расширенный поиск Пабмеда]
-* [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Еще более расширенный поиск]
+* [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Еще более расширенный поиск NCBI]
+==Entrez==
+Пабмед использует поисковый движок под названием Entrez.
-==Поиск публикаций==
+==Парсинг==
-===Поиск вручную===
+Автоматический поиск происходит через обычные HTTP GET запросы. Для более чем 2 запросов в секунду требуется ключ.
-Искать статьи на Пабмеде можно вручную, через [https://www.ncbi.nlm.nih.gov поисковую строку на сайте NCBI]
-===Автоматизированный поиск===
+Получение информации о публикации происходит в два этапа.
+# Вначале получают список идентификаторов статей (PMID), удовлетворяющих критериям поиска (совпадение с ключевыми словами в указанных частях). Подробнее: [[Получение id статей на PubMed]]
+# По известной id статьи отправляют второй запрос на выдачу информации об этой статье. В ответ, сервер присылает данные в [[MEDLINE_(формат_данных)|формате Medline]]
+==Ссылки==
 <references />