Биологические базы данных: различия между версиями
Перейти к навигации
Перейти к поиску
Denis.s (обсуждение | вклад) |
Denis.s (обсуждение | вклад) |
||
| (не показаны 4 промежуточные версии этого же участника) | |||
| Строка 9: | Строка 9: | ||
===Библиографические и реферативные базы данных=== | ===Библиографические и реферативные базы данных=== | ||
* [[Base]] − Сервис поиска научных публикаций | * [[Base]] [http://base-search.net] − Сервис поиска научных публикаций | ||
* [[ELibrary]] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке | * [[ELibrary]] [http://elibrary.ru] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке | ||
* [[Embase]] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе | * [[Embase]] [http://elsevier.com/solutions/embase-biomedical-research] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе | ||
* [[Google_Scholar]] − Поисковик по научным статьям | * [[Google_Scholar]] [http://scholar.google.com] − Поисковик по научным статьям | ||
* [[Lens]] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей | * [[Lens]] [http://lens.org/lens/biological_search] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей | ||
* [[OATD]] − Поисковик по диссертациям | * [[OATD]] [http://oatd.org] − Поисковик по диссертациям | ||
* [[OpenDOAR]] − База данных репозиториев научных работ | * [[OpenDOAR]] [http://v2.sherpa.ac.uk/opendoar/search.html] − База данных репозиториев научных работ | ||
* [[ProQuest]] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными | * [[ProQuest]] [http://proquest.com] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными | ||
* [[PubMed]] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах | * [[PubMed]] [http://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах | ||
* [[Scopus]] − База данных абстрактов статей и рефератов | * [[Scopus]] [http://scopus.com] − База данных абстрактов статей и рефератов | ||
* [[Web_of_Science]] − База данных абстрактов статей | * [[Web_of_Science]] [http://sclarivate.com/webofsciencegroup/solutions/web-of-science] − База данных абстрактов статей | ||
===Базы данных последовательностей ДНК=== | ===Базы данных последовательностей ДНК=== | ||
* [[DDBJ]] − Коллекция последовательностей нуклеотидов | * [[DDBJ]] [http://ddbj.nig.ac.jp] − Коллекция последовательностей нуклеотидов | ||
* [[ENA]] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей | * [[ENA]] [http://ebi.ac.uk/ena/browser] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей | ||
* [[GenBank]] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов | * [[GenBank]] [http://ncbi.nlm.nih.gov] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов | ||
* [[RefSeq]] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей | * [[RefSeq]] [http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей | ||
===Базы данных последовательности белков=== | ===Базы данных последовательности белков=== | ||
* [[PIR]] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка | * [[PIR]] [http://proteininformationresource.org] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка | ||
* [[UniProtKB]] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков | * [[UniProtKB]] [http://uniprot.org] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков | ||
===Базы данных 3D структур=== | ===Базы данных 3D структур=== | ||
* [[CCDC]] − База данных кристаллических структур малых молекул | * [[CCDC]] [http://ccdc.cam.ac.uk] − База данных кристаллических структур малых молекул | ||
* [[EMDB]] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур | * [[EMDB]] [http://ebi.ac.uk/pdbe/emdb] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур | ||
* [[PDB]] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот | * [[PDB]] [http://rcsb.org] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот | ||
===Базы данных химических соединений=== | ===Базы данных химических соединений=== | ||
* [[CAS]] − База данных химических веществ | * [[CAS]] [http://cas.org] − База данных химических веществ | ||
* [[CSDB]] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными | * [[CSDB]] [http://csdb.glycoscience.ru/database] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными | ||
* [[PubChem]] − База данных структуры и активности химических структур | * [[PubChem]] [http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov] − База данных структуры и активности химических структур | ||
* [[Reaxys]] − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе | * [[Reaxys]] − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе | ||
===Базы данных геномов и аннотаций=== | ===Базы данных геномов и аннотаций=== | ||
* [[Ensembl]] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов | * [[Ensembl]] [http://ensembl.org] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов | ||
* [[NCBI_Genome]] − Геномная база данных | * [[NCBI_Genome]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/genome] − Геномная база данных | ||
* [[UCSC_Genome_Browser]] − Браузер человеческого генома | * [[UCSC_Genome_Browser]] [http://genome.ucsc.edu] − Браузер человеческого генома | ||
===Базы данных вариаций генома=== | ===Базы данных вариаций генома=== | ||
* [[ClinVar]] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека | * [[ClinVar]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/clinvar] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека | ||
* [[DbSNP]] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов ([[SNP]]) | * [[DbSNP]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/snp] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов ([[SNP]]) | ||
* [[DbVar]] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций | * [[DbVar]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/dbvar] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций | ||
* [[OMIM]] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств | * [[OMIM]] [http://omim.org] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств | ||
===Базы данных геном-фенотип=== | ===Базы данных геном-фенотип=== | ||
* [[DbGaP]] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей | * [[DbGaP]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/gap] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей | ||
* [[ICGC]] − Наборы данных по онкогеномике | * [[ICGC]] [http://dcc.icgc.org] − Наборы данных по онкогеномике | ||
===Базы данных взаимодействий=== | ===Базы данных взаимодействий=== | ||
* [[DrugBank]] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях | * [[DrugBank]] [http://go.drugbank.com] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях | ||
* [[Kalium]] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов | * [[Kalium]] [http://kaliumdb.org] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов | ||
* [[MINT]] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой | * [[MINT]] [http://mint.bio.uniroma2.it] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой | ||
* [[STRING]] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий | * [[STRING]] [http://string-db.org] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий | ||
===Базы данных сигнальных путей=== | ===Базы данных сигнальных путей=== | ||
* [[KEGG]] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ | * [[KEGG]] [http://kegg.jp] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ | ||
* [[Reactome]] − База данных биологических путей | * [[Reactome]] [http://reactome.org] − База данных биологических путей | ||
* [[WikiPathways]] − Вики, посвященная биологическим путям | * [[WikiPathways]] [http://wikipathways.org] − Вики, посвященная биологическим путям | ||
===Базы данных секвенирования=== | ===Базы данных секвенирования=== | ||
* [[SRA]] − База данных высокопроизводительного секвенирования | * [[SRA]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/sra] − База данных высокопроизводительного секвенирования | ||
===Базы данных заболеваний и меицинской информации=== | ===Базы данных заболеваний и меицинской информации=== | ||
* [[ClinicalTrials]] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях | * [[ClinicalTrials]] [http://clinicaltrials.gov] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях | ||
* [[Pharma_Intelligence]] − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии | * [[Pharma_Intelligence]] − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии | ||
===Базы данных по экспрессии генов/гистологии=== | ===Базы данных по экспрессии генов/гистологии=== | ||
* [[Expression_Atlas]] − База данных генов и белковой экспресии | * [[Expression_Atlas]] [http://ebi.ac.uk/gxa/home] − База данных генов и белковой экспресии | ||
* [[Human_Protein_Atlas]] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам | * [[Human_Protein_Atlas]] [http://proteinatlas.org] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам | ||
===Базы данных по таксономии=== | ===Базы данных по таксономии=== | ||
* [[NCBI_Taxonomy_Browser]] − База данных по таксономиям | * [[NCBI_Taxonomy_Browser]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi] − База данных по таксономиям | ||
===Поисковые движки по биологическим базам данных=== | ===Поисковые движки по биологическим базам данных=== | ||
* [[Expasy]] − Портал для биологических баз данных и инструментов | * [[Expasy]] [http://expasy.org] − Портал для биологических баз данных и инструментов | ||
<br> | |||
* '''[[Список биологических баз данных|Полный список биологических баз данных]]''' | |||
== Журналы, публикующие обзоры по ББД == | == Журналы, публикующие обзоры по ББД == | ||
| Строка 91: | Строка 93: | ||
== Ссылки == | == Ссылки == | ||
* [https://youtube.com/watch?v=a1Cyu7xwiVg Лекция про ББД в курсе "Введение в биоинформатику", МГУ] | * [https://youtube.com/watch?v=a1Cyu7xwiVg Лекция про ББД в курсе "Введение в биоинформатику", МГУ] | ||
[[Список биологических баз данных|Полный список биологических баз данных]] | |||
Текущая версия от 23:40, 5 марта 2021
Биологические базы данных (ББД) − база данных, содержащие информацию, полученную в результате биологических экспериментов или клинических исследований. Зачастую включают данные по последовательностям или структурам биологических молекул.
Крупные центры биологических БД[править]
Типы баз данных[править]
Библиографические и реферативные базы данных[править]
- Base [1] − Сервис поиска научных публикаций
- ELibrary [2] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке
- Embase [3] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе
- Google_Scholar [4] − Поисковик по научным статьям
- Lens [5] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей
- OATD [6] − Поисковик по диссертациям
- OpenDOAR [7] − База данных репозиториев научных работ
- ProQuest [8] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными
- PubMed [9] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах
- Scopus [10] − База данных абстрактов статей и рефератов
- Web_of_Science [11] − База данных абстрактов статей
Базы данных последовательностей ДНК[править]
- DDBJ [12] − Коллекция последовательностей нуклеотидов
- ENA [13] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей
- GenBank [14] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов
- RefSeq [15] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей
Базы данных последовательности белков[править]
- PIR [16] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка
- UniProtKB [17] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков
Базы данных 3D структур[править]
- CCDC [18] − База данных кристаллических структур малых молекул
- EMDB [19] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур
- PDB [20] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот
Базы данных химических соединений[править]
- CAS [21] − База данных химических веществ
- CSDB [22] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными
- PubChem [23] − База данных структуры и активности химических структур
- Reaxys − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе
Базы данных геномов и аннотаций[править]
- Ensembl [24] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов
- NCBI_Genome [25] − Геномная база данных
- UCSC_Genome_Browser [26] − Браузер человеческого генома
Базы данных вариаций генома[править]
- ClinVar [27] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека
- DbSNP [28] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP)
- DbVar [29] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций
- OMIM [30] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств
Базы данных геном-фенотип[править]
- DbGaP [31] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей
- ICGC [32] − Наборы данных по онкогеномике
Базы данных взаимодействий[править]
- DrugBank [33] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях
- Kalium [34] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов
- MINT [35] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой
- STRING [36] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий
Базы данных сигнальных путей[править]
- KEGG [37] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ
- Reactome [38] − База данных биологических путей
- WikiPathways [39] − Вики, посвященная биологическим путям
Базы данных секвенирования[править]
Базы данных заболеваний и меицинской информации[править]
- ClinicalTrials [41] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях
- Pharma_Intelligence − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии
Базы данных по экспрессии генов/гистологии[править]
- Expression_Atlas [42] − База данных генов и белковой экспресии
- Human_Protein_Atlas [43] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам
Базы данных по таксономии[править]
- NCBI_Taxonomy_Browser [44] − База данных по таксономиям
Поисковые движки по биологическим базам данных[править]