Биологические базы данных

Биологические базы данных (ББД) − база данных, содержащие информацию, полученную в результате биологических экспериментов или клинических исследований. Зачастую включают данные по последовательностям или структурам биологических молекул.

Крупные центры биологических БД

• США: NCBI,
• Европа: EMBL-EBI
• Япония: NBDC

Типы баз данных

Библиографические и реферативные базы данных

• Base [1] − Сервис поиска научных публикаций
• ELibrary [2] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке
• Embase [3] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе
• Google_Scholar [4] − Поисковик по научным статьям
• Lens [5] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей
• OATD [6] − Поисковик по диссертациям
• OpenDOAR [7] − База данных репозиториев научных работ
• ProQuest [8] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными
• PubMed [9] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах
• Scopus [10] − База данных абстрактов статей и рефератов
• Web_of_Science [11] − База данных абстрактов статей

Базы данных последовательностей ДНК

• DDBJ [12] − Коллекция последовательностей нуклеотидов
• ENA [13] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей
• GenBank [14] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов
• RefSeq [15] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей

Базы данных последовательности белков

• PIR [16] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка
• UniProtKB [17] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков

Базы данных 3D структур

• CCDC [18] − База данных кристаллических структур малых молекул
• EMDB [19] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур
• PDB [20] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот

Базы данных химических соединений

• CAS [21] − База данных химических веществ
• CSDB [22] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными
• PubChem [23] − База данных структуры и активности химических структур
• Reaxys − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе

Базы данных геномов и аннотаций

• Ensembl [24] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов
• NCBI_Genome [25] − Геномная база данных
• UCSC_Genome_Browser [26] − Браузер человеческого генома

Базы данных вариаций генома

• ClinVar [27] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека
• DbSNP [28] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP)
• DbVar [29] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций
• OMIM [30] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств

Базы данных геном-фенотип

• DbGaP [31] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей
• ICGC [32] − Наборы данных по онкогеномике

Базы данных взаимодействий

• DrugBank [33] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях
• Kalium [34] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов
• MINT [35] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой
• STRING [36] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий

Базы данных сигнальных путей

• KEGG [37] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ
• Reactome [38] − База данных биологических путей
• WikiPathways [39] − Вики, посвященная биологическим путям

Базы данных секвенирования

• SRA [40] − База данных высокопроизводительного секвенирования

Базы данных заболеваний и меицинской информации

• ClinicalTrials [41] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях
• Pharma_Intelligence − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии

Базы данных по экспрессии генов/гистологии

• Expression_Atlas [42] − База данных генов и белковой экспресии
• Human_Protein_Atlas [43] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам

Базы данных по таксономии

• NCBI_Taxonomy_Browser [44] − База данных по таксономиям

Поисковые движки по биологическим базам данных

• Expasy [45] − Портал для биологических баз данных и инструментов

• Полный список биологических баз данных

Журналы, публикующие обзоры по ББД

• Database
• Nucleic Acid Research

Ссылки

• Лекция про ББД в курсе "Введение в биоинформатику", МГУ

Полный список биологических баз данных