1636
правок
Проект: парсинг UniProt: различия между версиями
нет описания правки
(Новая страница: «UniProt — база знаний о протеинах. Она связывает сами протеины с последовательностями гено...») |
Denis.s (обсуждение | вклад) Нет описания правки |
||
| (не показано 7 промежуточных версий 2 участников) | |||
| Строка 1: | Строка 1: | ||
UniProt — база знаний о протеинах. Она связывает сами протеины с последовательностями генов, кодирующими их. | [https://www.uniprot.org/ UniProt] — база знаний о протеинах. Она связывает сами протеины с последовательностями генов, кодирующими их. | ||
Она сохранена в одном маленьком текстовом файле и я решил, что пример парсинга этого файла на Python может быть полезен. | Она сохранена в одном маленьком текстовом файле и я решил, что пример парсинга этого файла на Python может быть полезен. | ||
Структурно, файл состоит из описания, заголовка таблицы, контента и лицензии. Мы отделяем от файла всё лишнее, потому, что так его можно читать построчно. | Структурно, файл состоит из описания, заголовка таблицы, контента и лицензии. Мы отделяем от файла всё лишнее, потому, что так его можно читать построчно. | ||
{{ | |||
Запрос экспертизы | |||
| text=Я не очень хорошо понимаю, почему в заголовке базы [https://www.uniprot.org/ UniProt] говорят только о первой хромосоме. | |||
| qualification=Биолог | |||
}} | |||
== Пример экспорта в JSON == | <nowiki>− Не помню откуда я вышел на файлы, но для каждой хромосомы существует свой отдельный файл вида https://www.uniprot.org/docs/humchr<nn>.txt, где <nn> ::= [0-9]{2} | [xy]</nowiki> [[Участник:Denis.s|Denis.s]] ([[Обсуждение участника:Denis.s|обсуждение]]) | ||
== Selenium == | |||
=== Пример экспорта в JSON === | |||
<syntaxhighlight lang="python" line> | <syntaxhighlight lang="python" line> | ||
| Строка 45: | Строка 53: | ||
</syntaxhighlight> | </syntaxhighlight> | ||
== Пример экспорта в CSV == | === Пример экспорта в CSV === | ||
Tab-delimited. | Tab-delimited. | ||
| Строка 94: | Строка 102: | ||
main() | main() | ||
</syntaxhighlight> | </syntaxhighlight> | ||
== [[Racket]] == | |||
=== Сохранение отпарсенного в [[Tabtree]] === | |||
== Заметка о лицензии == | == Заметка о лицензии == | ||
| Строка 101: | Строка 112: | ||
=== Creative commons === | === Creative commons === | ||
Вот сам текст лицензии из файла UniProt. "Copyrighted by the UniProt Consortium, see https://www.uniprot.org/terms. Distributed under the Creative Commons Attribution (CC BY 4.0) License" | Вот сам текст лицензии из файла UniProt. "Copyrighted by the UniProt Consortium, see https://www.uniprot.org/terms. Distributed under the Creative Commons Attribution (CC BY 4.0) License" | ||
[https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ Текст и описание] лицензии на сайте Creative Commons. | |||
[[Категория:Скрипты]] | |||