Как парсить PubMed: различия между версиями
Перейти к навигации
Перейти к поиску
Denis.s (обсуждение | вклад) |
Denis.s (обсуждение | вклад) |
||
| (не показаны 3 промежуточные версии этого же участника) | |||
| Строка 1: | Строка 1: | ||
'''PubMed (Пабмед)''' − библиографическая база данных научных публикаций, в основном биологической и медицинской направленности. Более широко трактуется как совокупность всех библиографических баз данных NCBI (Национального Центра | '''PubMed (Пабмед)''' − библиографическая база данных научных публикаций, в основном биологической и медицинской направленности. Более широко трактуется как совокупность всех библиографических баз данных NCBI (Национального Центра Биотехнологической Информации), куда, наряду с собственно PubMed, входят такие базы данных как PubChem, Gene, PMC и другие. | ||
Самая | Самая биомедицинская мякотка концентрируется в базе данных под названием «Medline». В ней ищут интерфейсы вышеназванных тематических баз данных. | ||
Почему есть Medline и есть куча других баз данных? Потому что | Почему есть Medline и есть куча других баз данных? Потому что | ||
* У каждой тематической базы данных есть свой специфический интерфейс заточенный под предметную область | * У каждой тематической базы данных есть свой специфический интерфейс, заточенный под ее предметную область | ||
* Наряду с Medline они {{abbr|норвежский русский aka рюссеношк: от норвежского å søke, искать. Удобное слово|сёкают}} по дополнительным каталогам, которые содержат инфу по статьям, | * Наряду с Medline они также {{abbr|норвежский русский aka рюссеношк: от норвежского å søke, искать. Удобное слово|сёкают}} по дополнительным каталогам, которые содержат инфу по статьям, не попавшим в Medline (неопубликованные, не биомед тематики и т.д. <ref>https://www.nlm.nih.gov/bsd/difference.html</ref>). | ||
{|class="wikitable" | {|class="wikitable" | ||
| Строка 28: | Строка 28: | ||
==Парсинг== | ==Парсинг== | ||
Автоматический поиск происходит через обычные GET запросы. Для более чем 2 запросов в секунду требуется ключ. | Автоматический поиск происходит через обычные HTTP GET запросы. Для более чем 2 запросов в секунду требуется ключ. | ||
Получение информации о публикации происходит в два этапа. | Получение информации о публикации происходит в два этапа. | ||
# Вначале получают список | # Вначале получают список идентификаторов статей (PMID), удовлетворяющих критериям поиска (совпадение с ключевыми словами в указанных частях). Подробнее: [[Получение id статей на PubMed]] | ||
# По известной id статьи отправляют второй запрос на выдачу информации об этой статье. В ответ, сервер присылает данные в [[MEDLINE_(формат_данных)|формате Medline]] | # По известной id статьи отправляют второй запрос на выдачу информации об этой статье. В ответ, сервер присылает данные в [[MEDLINE_(формат_данных)|формате Medline]] | ||
==Ссылки== | ==Ссылки== | ||
<references /> | <references /> | ||
Текущая версия от 10:56, 16 марта 2021
PubMed (Пабмед) − библиографическая база данных научных публикаций, в основном биологической и медицинской направленности. Более широко трактуется как совокупность всех библиографических баз данных NCBI (Национального Центра Биотехнологической Информации), куда, наряду с собственно PubMed, входят такие базы данных как PubChem, Gene, PMC и другие.
Самая биомедицинская мякотка концентрируется в базе данных под названием «Medline». В ней ищут интерфейсы вышеназванных тематических баз данных.
Почему есть Medline и есть куча других баз данных? Потому что
- У каждой тематической базы данных есть свой специфический интерфейс, заточенный под ее предметную область
- Наряду с Medline они также сёкают по дополнительным каталогам, которые содержат инфу по статьям, не попавшим в Medline (неопубликованные, не биомед тематики и т.д. [1]).
| У кого сколько | |
|---|---|
| PubMed | более 30 млн. записей |
| Medline | более 26 млн. записей |
| PubMed Central (PMC) | более 5.2 млн. записей |
Адреса[править]
Entrez[править]
Пабмед использует поисковый движок под названием Entrez.
Парсинг[править]
Автоматический поиск происходит через обычные HTTP GET запросы. Для более чем 2 запросов в секунду требуется ключ.
Получение информации о публикации происходит в два этапа.
- Вначале получают список идентификаторов статей (PMID), удовлетворяющих критериям поиска (совпадение с ключевыми словами в указанных частях). Подробнее: Получение id статей на PubMed
- По известной id статьи отправляют второй запрос на выдачу информации об этой статье. В ответ, сервер присылает данные в формате Medline