Биологические базы данных: различия между версиями

Материал из hpluswiki
Перейти к навигации Перейти к поиску
Строка 9: Строка 9:


===Библиографические и реферативные базы данных===
===Библиографические и реферативные базы данных===
* [[Base]] [base-search.net] − Сервис поиска научных публикаций
* [[Base]] [http://base-search.net] − Сервис поиска научных публикаций
* [[ELibrary]] [elibrary.ru] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке
* [[ELibrary]] [http://elibrary.ru] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке
* [[Embase]] [elsevier.com/solutions/embase-biomedical-research] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе
* [[Embase]] [http://elsevier.com/solutions/embase-biomedical-research] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе
* [[Google_Scholar]] [scholar.google.com] − Поисковик по научным статьям
* [[Google_Scholar]] [http://scholar.google.com] − Поисковик по научным статьям
* [[Lens]] [lens.org/lens/biological_search] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей
* [[Lens]] [http://lens.org/lens/biological_search] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей
* [[OATD]] [oatd.org] − Поисковик по диссертациям
* [[OATD]] [http://oatd.org] − Поисковик по диссертациям
* [[OpenDOAR]] [v2.sherpa.ac.uk/opendoar/search.html] − База данных репозиториев научных работ
* [[OpenDOAR]] [http://v2.sherpa.ac.uk/opendoar/search.html] − База данных репозиториев научных работ
* [[ProQuest]] [proquest.com] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными
* [[ProQuest]] [http://proquest.com] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными
* [[PubMed]] [pubmed.ncbi.nlm.nih.gov] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах
* [[PubMed]] [http://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах
* [[Scopus]] [scopus.com] − База данных абстрактов статей и рефератов
* [[Scopus]] [http://scopus.com] − База данных абстрактов статей и рефератов
* [[Web_of_Science]] [sclarivate.com/webofsciencegroup/solutions/web-of-science] − База данных абстрактов статей
* [[Web_of_Science]] [http://sclarivate.com/webofsciencegroup/solutions/web-of-science] − База данных абстрактов статей


===Базы данных последовательностей ДНК===
===Базы данных последовательностей ДНК===
* [[DDBJ]] [ddbj.nig.ac.jp] − Коллекция последовательностей нуклеотидов
* [[DDBJ]] [http://ddbj.nig.ac.jp] − Коллекция последовательностей нуклеотидов
* [[ENA]] [ebi.ac.uk/ena/browser] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей
* [[ENA]] [http://ebi.ac.uk/ena/browser] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей
* [[GenBank]] [ncbi.nlm.nih.gov] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов
* [[GenBank]] [http://ncbi.nlm.nih.gov] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов
* [[RefSeq]] [ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей
* [[RefSeq]] [http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей


===Базы данных последовательности белков===
===Базы данных последовательности белков===
* [[PIR]] [proteininformationresource.org] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка
* [[PIR]] [http://proteininformationresource.org] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка
* [[UniProtKB]] [uniprot.org] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков
* [[UniProtKB]] [http://uniprot.org] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков


===Базы данных 3D структур===
===Базы данных 3D структур===
* [[CCDC]] [ccdc.cam.ac.uk] − База данных кристаллических структур малых молекул
* [[CCDC]] [http://ccdc.cam.ac.uk] − База данных кристаллических структур малых молекул
* [[EMDB]] [ebi.ac.uk/pdbe/emdb] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур
* [[EMDB]] [http://ebi.ac.uk/pdbe/emdb] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур
* [[PDB]] [rcsb.org] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот
* [[PDB]] [http://rcsb.org] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот


===Базы данных химических соединений===
===Базы данных химических соединений===
* [[CAS]] [cas.org] − База данных химических веществ
* [[CAS]] [http://cas.org] − База данных химических веществ
* [[CSDB]] [csdb.glycoscience.ru/database] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными
* [[CSDB]] [http://csdb.glycoscience.ru/database] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными
* [[PubChem]] [pubchem.ncbi.nlm.nih.gov] − База данных структуры и активности химических структур
* [[PubChem]] [http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov] − База данных структуры и активности химических структур
* [[Reaxys]] − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе
* [[Reaxys]] − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе


===Базы данных геномов и аннотаций===
===Базы данных геномов и аннотаций===
* [[Ensembl]] [ensembl.org] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов
* [[Ensembl]] [http://ensembl.org] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов
* [[NCBI_Genome]] [ncbi.nlm.nih.gov/genome] − Геномная база данных
* [[NCBI_Genome]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/genome] − Геномная база данных
* [[UCSC_Genome_Browser]] [genome.ucsc.edu] − Браузер человеческого генома
* [[UCSC_Genome_Browser]] [http://genome.ucsc.edu] − Браузер человеческого генома


===Базы данных вариаций генома===
===Базы данных вариаций генома===
* [[ClinVar]] [ncbi.nlm.nih.gov/clinvar] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека
* [[ClinVar]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/clinvar] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека
* [[DbSNP]] [ncbi.nlm.nih.gov/snp] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов ([[SNP]])
* [[DbSNP]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/snp] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов ([[SNP]])
* [[DbVar]] [ncbi.nlm.nih.gov/dbvar] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций
* [[DbVar]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/dbvar] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций
* [[OMIM]] [omim.org] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств
* [[OMIM]] [http://omim.org] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств


===Базы данных геном-фенотип===
===Базы данных геном-фенотип===
* [[DbGaP]] [ncbi.nlm.nih.gov/gap] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей
* [[DbGaP]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/gap] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей
* [[ICGC]] [dcc.icgc.org] − Наборы данных по онкогеномике
* [[ICGC]] [http://dcc.icgc.org] − Наборы данных по онкогеномике


===Базы данных взаимодействий===
===Базы данных взаимодействий===
* [[DrugBank]] [go.drugbank.com] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях
* [[DrugBank]] [http://go.drugbank.com] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях
* [[Kalium]] [kaliumdb.org] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов
* [[Kalium]] [http://kaliumdb.org] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов
* [[MINT]] [mint.bio.uniroma2.it] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой
* [[MINT]] [http://mint.bio.uniroma2.it] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой
* [[STRING]] [string-db.org] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий
* [[STRING]] [http://string-db.org] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий


===Базы данных сигнальных путей===
===Базы данных сигнальных путей===
* [[KEGG]] [kegg.jp] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ
* [[KEGG]] [http://kegg.jp] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ
* [[Reactome]] [reactome.org] − База данных биологических путей
* [[Reactome]] [http://reactome.org] − База данных биологических путей
* [[WikiPathways]] [wikipathways.org] − Вики, посвященная биологическим путям
* [[WikiPathways]] [http://wikipathways.org] − Вики, посвященная биологическим путям


===Базы данных секвенирования===
===Базы данных секвенирования===
* [[SRA]] [ncbi.nlm.nih.gov/sra] − База данных высокопроизводительного секвенирования
* [[SRA]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/sra] − База данных высокопроизводительного секвенирования


===Базы данных заболеваний и меицинской информации===
===Базы данных заболеваний и меицинской информации===
* [[ClinicalTrials]] [clinicaltrials.gov] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях
* [[ClinicalTrials]] [http://clinicaltrials.gov] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях
* [[Pharma_Intelligence]] − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии
* [[Pharma_Intelligence]] − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии


===Базы данных по экспрессии генов/гистологии===
===Базы данных по экспрессии генов/гистологии===
* [[Expression_Atlas]] [ebi.ac.uk/gxa/home] − База данных генов и белковой экспресии
* [[Expression_Atlas]] [http://ebi.ac.uk/gxa/home] − База данных генов и белковой экспресии
* [[Human_Protein_Atlas]] [proteinatlas.org] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам
* [[Human_Protein_Atlas]] [http://proteinatlas.org] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам


===Базы данных по таксономии===
===Базы данных по таксономии===
* [[NCBI_Taxonomy_Browser]] [ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi] − База данных по таксономиям
* [[NCBI_Taxonomy_Browser]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi] − База данных по таксономиям


===Поисковые движки по биологическим базам данных===
===Поисковые движки по биологическим базам данных===
* [[Expasy]] [expasy.org] − Портал для биологических баз данных и инструментов
* [[Expasy]] [http://expasy.org] − Портал для биологических баз данных и инструментов


== Журналы, публикующие обзоры по ББД ==
== Журналы, публикующие обзоры по ББД ==

Версия от 23:22, 5 марта 2021

Биологические базы данных (ББД) − база данных, содержащие информацию, полученную в результате биологических экспериментов или клинических исследований. Зачастую включают данные по последовательностям или структурам биологических молекул.

Крупные центры биологических БД

Типы баз данных

Библиографические и реферативные базы данных

  • Base [1] − Сервис поиска научных публикаций
  • ELibrary [2] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке
  • Embase [3] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе
  • Google_Scholar [4] − Поисковик по научным статьям
  • Lens [5] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей
  • OATD [6] − Поисковик по диссертациям
  • OpenDOAR [7] − База данных репозиториев научных работ
  • ProQuest [8] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными
  • PubMed [9] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах
  • Scopus [10] − База данных абстрактов статей и рефератов
  • Web_of_Science [11] − База данных абстрактов статей

Базы данных последовательностей ДНК

  • DDBJ [12] − Коллекция последовательностей нуклеотидов
  • ENA [13] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей
  • GenBank [14] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов
  • RefSeq [15] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей

Базы данных последовательности белков

  • PIR [16] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка
  • UniProtKB [17] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков

Базы данных 3D структур

  • CCDC [18] − База данных кристаллических структур малых молекул
  • EMDB [19] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур
  • PDB [20] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот

Базы данных химических соединений

  • CAS [21] − База данных химических веществ
  • CSDB [22] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными
  • PubChem [23] − База данных структуры и активности химических структур
  • Reaxys − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе

Базы данных геномов и аннотаций

  • Ensembl [24] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов
  • NCBI_Genome [25] − Геномная база данных
  • UCSC_Genome_Browser [26] − Браузер человеческого генома

Базы данных вариаций генома

  • ClinVar [27] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека
  • DbSNP [28] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP)
  • DbVar [29] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций
  • OMIM [30] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств

Базы данных геном-фенотип

  • DbGaP [31] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей
  • ICGC [32] − Наборы данных по онкогеномике

Базы данных взаимодействий

  • DrugBank [33] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях
  • Kalium [34] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов
  • MINT [35] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой
  • STRING [36] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий

Базы данных сигнальных путей

  • KEGG [37] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ
  • Reactome [38] − База данных биологических путей
  • WikiPathways [39] − Вики, посвященная биологическим путям

Базы данных секвенирования

  • SRA [40] − База данных высокопроизводительного секвенирования

Базы данных заболеваний и меицинской информации

  • ClinicalTrials [41] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях
  • Pharma_Intelligence − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии

Базы данных по экспрессии генов/гистологии

  • Expression_Atlas [42] − База данных генов и белковой экспресии
  • Human_Protein_Atlas [43] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам

Базы данных по таксономии

Поисковые движки по биологическим базам данных

  • Expasy [45] − Портал для биологических баз данных и инструментов

Журналы, публикующие обзоры по ББД

Ссылки