Биологические базы данных: различия между версиями

Материал из hpluswiki
Перейти к навигации Перейти к поиску
Нет описания правки
Строка 6: Строка 6:
* Япония: [[NBDC]]
* Япония: [[NBDC]]


== Типы баз данных ==
==Типы баз данных==
 
===Библиографические и реферативные базы данных===
* [[Base]] − Сервис поиска научных публикаций
* [[ELibrary]] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке
* [[Embase]] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе
* [[Google_Scholar]] − Поисковик по научным статьям
* [[Lens]] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей
* [[OATD]] − Поисковик по диссертациям
* [[OpenDOAR]] − База данных репозиториев научных работ
* [[ProQuest]] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными
* [[PubMed]] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах
* [[Scopus]] − База данных абстрактов статей и рефератов
* [[Web_of_Science]] − База данных абстрактов статей
 
===Базы данных последовательностей ДНК===
* [[DDBJ]] − Коллекция последовательностей нуклеотидов
* [[ENA]] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей
* [[GenBank]] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов
* [[RefSeq]] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей
 
===Базы данных последовательности белков===
* [[PIR]] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка
* [[UniProtKB]] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков
 
===Базы данных 3D структур===
* [[CCDC]] − База данных кристаллических структур малых молекул
* [[EMDB]] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур
* [[PDB]] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот
 
===Базы данных химических соединений===
* [[CAS]] − База данных химических веществ
* [[CSDB]] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными
* [[PubChem]] − База данных структуры и активности химических структур
* [[Reaxys]] − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе
 
===Базы данных геномов и аннотаций===
* [[Ensembl]] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов
* [[NCBI_Genome]] − Геномная база данных
* [[UCSC_Genome_Browser]] − Браузер человеческого генома
 
===Базы данных вариаций генома===
* [[ClinVar]] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека
* [[DbSNP]] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов ([[SNP]])
* [[DbVar]] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций
* [[OMIM]] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств
 
===Базы данных геном-фенотип===
* [[DbGaP]] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей
* [[ICGC]] − Наборы данных по онкогеномике
 
===Базы данных взаимодействий===
* [[DrugBank]] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях
* [[Kalium]] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов
* [[MINT]] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой
* [[STRING]] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий
 
===Базы данных сигнальных путей===
* [[KEGG]] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ
* [[Reactome]] − База данных биологических путей
* [[WikiPathways]] − Вики, посвященная биологическим путям
 
===Базы данных секвенирования===
* [[SRA]] − База данных высокопроизводительного секвенирования
 
===Базы данных заболеваний и меицинской информации===
* [[ClinicalTrials]] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях
* [[Pharma_Intelligence]] − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии
 
===Базы данных по экспрессии генов/гистологии===
* [[Expression_Atlas]] − База данных генов и белковой экспресии
* [[Human_Protein_Atlas]] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам
 
===Базы данных по таксономии===
* [[NCBI_Taxonomy_Browser]] − База данных по таксономиям
 
===Поисковые движки по биологическим базам данных===
* [[Expasy]] − Портал для биологических баз данных и инструментов


== Журналы, публикующие обзоры по ББД ==
== Журналы, публикующие обзоры по ББД ==

Версия от 23:14, 5 марта 2021

Биологические базы данных (ББД) − база данных, содержащие информацию, полученную в результате биологических экспериментов или клинических исследований. Зачастую включают данные по последовательностям или структурам биологических молекул.

Крупные центры биологических БД

Типы баз данных

Библиографические и реферативные базы данных

  • Base − Сервис поиска научных публикаций
  • ELibrary − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке
  • Embase − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе
  • Google_Scholar − Поисковик по научным статьям
  • Lens − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей
  • OATD − Поисковик по диссертациям
  • OpenDOAR − База данных репозиториев научных работ
  • ProQuest − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными
  • PubMed − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах
  • Scopus − База данных абстрактов статей и рефератов
  • Web_of_Science − База данных абстрактов статей

Базы данных последовательностей ДНК

  • DDBJ − Коллекция последовательностей нуклеотидов
  • ENA − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей
  • GenBank − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов
  • RefSeq − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей

Базы данных последовательности белков

  • PIR − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка
  • UniProtKB − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков

Базы данных 3D структур

  • CCDC − База данных кристаллических структур малых молекул
  • EMDB − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур
  • PDB − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот

Базы данных химических соединений

  • CAS − База данных химических веществ
  • CSDB − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными
  • PubChem − База данных структуры и активности химических структур
  • Reaxys − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе

Базы данных геномов и аннотаций

  • Ensembl − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов
  • NCBI_Genome − Геномная база данных
  • UCSC_Genome_Browser − Браузер человеческого генома

Базы данных вариаций генома

  • ClinVar − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека
  • DbSNP − База данных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP)
  • DbVar − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций
  • OMIM − Каталог человеческих генов и генетических расстройств

Базы данных геном-фенотип

  • DbGaP − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей
  • ICGC − Наборы данных по онкогеномике

Базы данных взаимодействий

  • DrugBank − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях
  • Kalium − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов
  • MINT − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой
  • STRING − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий

Базы данных сигнальных путей

  • KEGG − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ
  • Reactome − База данных биологических путей
  • WikiPathways − Вики, посвященная биологическим путям

Базы данных секвенирования

  • SRA − База данных высокопроизводительного секвенирования

Базы данных заболеваний и меицинской информации

  • ClinicalTrials − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях
  • Pharma_Intelligence − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии

Базы данных по экспрессии генов/гистологии

  • Expression_Atlas − База данных генов и белковой экспресии
  • Human_Protein_Atlas − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам

Базы данных по таксономии

Поисковые движки по биологическим базам данных

  • Expasy − Портал для биологических баз данных и инструментов

Журналы, публикующие обзоры по ББД

Ссылки

Источник — https://transhumanist.ru/index.php?title=Биологические_базы_данных&oldid=1878