Klebsiella planticola - История изменений

Experimentalist: /* Экспериментальная проверка безопасности */

2021-03-09T13:09:40Z

Экспериментальная проверка безопасности

← Предыдущая версия		Версия от 16:09, 9 марта 2021
Строка 14:		Строка 14:
	== Экспериментальная проверка безопасности ==		== Экспериментальная проверка безопасности ==

	~~Авторы взяли~~ набор стерильных банок, ~~добавили~~ почву~~, растения~~ и ~~удобрения в них~~.		В процессе работы над своим Ph. D тезисом, Майкл Холмс взял набор стерильных [https://en.wikipedia.org/wiki/Mason_jar банок Мэйсона], просеял почву и добавил стерилизованные семена пшеницы.

	* В треть банок ~~добавили~~ чистую воду.		* В треть банок он добавил чистую воду.
	* В другую треть - якобы не ГМО-организмы, которые всё равно назвали klebsiella-planticola (Вики ~~знает~~ [https://en.wikipedia.org/wiki/Raoultella_planticola raoultella planticola] и [https://en.wikipedia.org/wiki/Klebsiella_pneumoniae klebsiella pneumoniae]).		* В другую треть - якобы не ГМО-организмы, которые всё равно назвали klebsiella-planticola (Вики моментально нашла только [https://en.wikipedia.org/wiki/Raoultella_planticola raoultella planticola] и [https://en.wikipedia.org/wiki/Klebsiella_pneumoniae klebsiella pneumoniae]).
	* В последнюю треть банок ~~добавили~~ воду с ГМО-бактериями: [https://en.wikipedia.org/wiki/Raoultella_planticola raoultella planticola] с частями ДНК от [https://en.wikipedia.org/wiki/Zymomonas_mobilis zymomonas mobilis].		* В последнюю треть банок он добавил воду с ГМО-бактериями: [https://en.wikipedia.org/wiki/Raoultella_planticola raoultella planticola] с частями ДНК от [https://en.wikipedia.org/wiki/Zymomonas_mobilis zymomonas mobilis].

	Модификация давала бактерии возможность производить энзим, [https://en.wikipedia.org/wiki/Pyruvate_decarboxylase пируват-декарбоксилазу]. Идея была в том, что этот энзим, вместе с другим, [https://ru.wikipedia.org/wiki/Алкогольдегидрогеназа алкогольдегидрогеназой], позволит бактериям производить этанол, тот самый вид спирта, который делает алкоголь - алкоголем.		Модификация давала бактерии возможность производить энзим, [https://en.wikipedia.org/wiki/Pyruvate_decarboxylase пируват-декарбоксилазу]. Идея была в том, что этот энзим, вместе с другим, [https://ru.wikipedia.org/wiki/Алкогольдегидрогеназа алкогольдегидрогеназой], позволит бактериям производить этанол, тот самый вид спирта, который делает алкоголь - алкоголем.
Строка 28:		Строка 28:
	}}		}}

	В закрытой банке, где расли растения, концентрация этанола в воде росла, т.е. ГМО-штамм ~~«Klebsiella~~ planticola» вызвал отравления растений спиртом. Насколько мне это известно, дополнительное исследование по нейтрализации штамма бактерицидными веществами или по искусственному «таймеру самоуничтожения» проведено не было.		В закрытой банке, где расли растения, концентрация этанола в воде росла, т.е. ГМО-штамм «klebsiella planticola» вызвал отравления растений спиртом. Насколько мне это известно, дополнительное исследование по нейтрализации штамма бактерицидными веществами или по искусственному «таймеру самоуничтожения» проведено не было.

	Доктор [https://en.wikipedia.org/wiki/Elaine_Ingham Elaine Ingham] (микробиолог, исследователь микробиологии почвы) заявила, что ~~глобальное~~ применение и распространение бактерии может вызвать '''глобальное вымирание растений'''. Сначала это привлекло внимание учёных по всему миру. Учёные проверили результаты, они не подтвердились, результаты проверки отправили доктору [https://en.wikipedia.org/wiki/Elaine_Ingham Elaine Ingham], она ~~сообщила о том~~, что могла ошибаться и здесь всё могло бы остановиться.		Доктор [https://en.wikipedia.org/wiki/Elaine_Ingham Elaine Ingham] (микробиолог, исследователь микробиологии почвы) заявила, что применение и распространение бактерии может вызвать '''глобальное вымирание растений'''. Сначала это привлекло внимание учёных по всему миру. Учёные проверили результаты, они не подтвердились, результаты проверки отправили доктору [https://en.wikipedia.org/wiki/Elaine_Ingham Elaine Ingham], она признала, что могла ошибаться и здесь всё могло бы остановиться. Могло бы…

	~~Потом слухи~~ дошли до противников ГМО и жёлтой прессы и ~~раздуваются до сих пор~~. '''Глобальное вымирание растений''' звучит до жути страшно, когда вы не думаете о проверке экспериментальных результатов, том, где бактерия может выжить ~~и где~~ не ~~может и множестве других факторов~~.		Слухи дошли до противников ГМО и жёлтой прессы и их продолжают раздувать. '''Глобальное вымирание растений''' звучит до жути страшно, когда вы не думаете о проверке экспериментальных результатов, и том, где бактерия в принципе может выжить.<ref>Это если забыть о том, что результаты этого эксперимента не повторились у тех, кто его проверял.</ref>

	== Выводы ==		== Выводы ==

Experimentalist в 13:04, 9 марта 2021

2021-03-09T13:04:40Z

← Предыдущая версия		Версия от 16:04, 9 марта 2021
Строка 6:		Строка 6:
	{{цитата\|автор=[https://en.wikipedia.org/wiki/Elaine_Ingham Elaine Ingham], [http://www.saynotogmos.org/klebsiella.html Ecological Balance and Biological Integrity]\|…Я не пытаюсь сказать, что все генетически измененные организмы — ужасы технологии. Вместо этого, я говорю, что мы должны тестировать каждый отдельный генетически изменённый организм и удостовериться, что он точно не создаёт результатов, которые мы не предсказали заранее.}}		{{цитата\|автор=[https://en.wikipedia.org/wiki/Elaine_Ingham Elaine Ingham], [http://www.saynotogmos.org/klebsiella.html Ecological Balance and Biological Integrity]\|…Я не пытаюсь сказать, что все генетически измененные организмы — ужасы технологии. Вместо этого, я говорю, что мы должны тестировать каждый отдельный генетически изменённый организм и удостовериться, что он точно не создаёт результатов, которые мы не предсказали заранее.}}

	Сама история бактерии обросла ~~кучей~~ слухов: те, кто боятся ГМО, стараются приукрасить её и изначально она уже была приукрашена. Однако, говорить об '''очевидных''' опасностях это не мешает.		Сама история бактерии обросла множеством слухов: те, кто боятся ГМО, стараются приукрасить её и изначально она уже была приукрашена. Однако, говорить об '''очевидных''' опасностях это не мешает.

	== Идея для генно-модифицированного организма ==		== Идея для генно-модифицированного организма ==

Experimentalist: /* Условия проведения эксперимента */

2021-03-09T13:02:37Z

Условия проведения эксперимента

← Предыдущая версия		Версия от 16:02, 9 марта 2021
Строка 54:		Строка 54:

	=== Условия проведения эксперимента ===		=== Условия проведения эксперимента ===
	~~Илейн~~ заявляет о том, что стерильные [https://en.wikipedia.org/wiki/Mason_jar банки Мэйсона] держали в лабораторном инкубаторе. Я догадываюсь по тексту, что это значит «'''одном'''» лабораторном инкубаторе. ''С какого количества банок и инкубаторов три выборки растений можно считать репрезентативными''? Этот вопрос было бы интересно поднять публично.
			Elaine Ingham заявляет о том, что стерильные [https://en.wikipedia.org/wiki/Mason_jar банки Мэйсона] держали в лабораторном инкубаторе. Я догадываюсь по тексту, что это значит «'''одном'''» лабораторном инкубаторе. ''С какого количества банок и инкубаторов три выборки растений можно считать репрезентативными''? Этот вопрос было бы интересно поднять публично.

	Разумно ли проводить исследования для воздействия бактерий '''только''' в закрытых банках, где нет обмена воздухом с атмосферой? На поле есть почва и спирт может испаряться. Кроме того, это может порождать другие факторы. ''Это бы тоже хорошо было обсудить.''		Разумно ли проводить исследования для воздействия бактерий '''только''' в закрытых банках, где нет обмена воздухом с атмосферой? На поле есть почва и спирт может испаряться. Кроме того, это может порождать другие факторы. ''Это бы тоже хорошо было обсудить.''

Experimentalist: /* Редактура */

2021-03-09T13:02:01Z

Редактура

← Предыдущая версия		Версия от 16:02, 9 марта 2021
Строка 48:		Строка 48:

	Как вообще описать проверку, которую выполнила Elaine? При количестве этанола вокруг более 5%, raoultella planticola погибает, согласно Википедии. Но результаты из статьи про гибель растений — в ppm / [https://en.wikipedia.org/wiki/Parts-per_notation parts per million]. (Reddit: [https://www.reddit.com/r/chemistry/comments/9v9ulr/ethanol_ppm_to_alcohol/ Ethanol PPM to alcohol%]). "The engineered bacterium makes about 17 parts per million alcohol. What is the level of alcohol that is toxic to roots? About one part per million. The engineered bacterium makes the plants drunk, and kills them."		Как вообще описать проверку, которую выполнила Elaine? При количестве этанола вокруг более 5%, raoultella planticola погибает, согласно Википедии. Но результаты из статьи про гибель растений — в ppm / [https://en.wikipedia.org/wiki/Parts-per_notation parts per million]. (Reddit: [https://www.reddit.com/r/chemistry/comments/9v9ulr/ethanol_ppm_to_alcohol/ Ethanol PPM to alcohol%]). "The engineered bacterium makes about 17 parts per million alcohol. What is the level of alcohol that is toxic to roots? About one part per million. The engineered bacterium makes the plants drunk, and kills them."

			=== Заметка ===

			В некоторых упомянутых работах по теме упоминается L Ingram / Lonnie O Ingram, не путать с Ingham!

	=== Условия проведения эксперимента ===		=== Условия проведения эксперимента ===

Experimentalist: /* Экспериментальная проверка безопасности */

2021-03-09T12:51:00Z

Экспериментальная проверка безопасности

← Предыдущая версия		Версия от 15:51, 9 марта 2021
Строка 17:		Строка 17:

	* В треть банок добавили чистую воду.		* В треть банок добавили чистую воду.
	* В другую треть - якобы не ГМО-организмы, которые всё равно назвали ~~Klebsiella~~-planticola (Вики знает [https://en.wikipedia.org/wiki/Raoultella_planticola raoultella planticola] и [https://en.wikipedia.org/wiki/Klebsiella_pneumoniae klebsiella pneumoniae]).		* В другую треть - якобы не ГМО-организмы, которые всё равно назвали klebsiella-planticola (Вики знает [https://en.wikipedia.org/wiki/Raoultella_planticola raoultella planticola] и [https://en.wikipedia.org/wiki/Klebsiella_pneumoniae klebsiella pneumoniae]).
	* В последнюю треть банок добавили воду с ГМО-бактериями: [https://en.wikipedia.org/wiki/Raoultella_planticola raoultella planticola] с частями ДНК от [https://en.wikipedia.org/wiki/Zymomonas_mobilis zymomonas mobilis].		* В последнюю треть банок добавили воду с ГМО-бактериями: [https://en.wikipedia.org/wiki/Raoultella_planticola raoultella planticola] с частями ДНК от [https://en.wikipedia.org/wiki/Zymomonas_mobilis zymomonas mobilis].

Experimentalist: /* Есть ли продолжение? */

2021-03-09T12:50:17Z

Есть ли продолжение?

← Предыдущая версия		Версия от 15:50, 9 марта 2021
Строка 58:		Строка 58:
	Результаты проверки не подтвердились. Были ли попытки продолжить эксперименты и улучшить штамм, или всё остановилось из-за большей частью недостатка финансов? Работа «Engineering pyruvate decarboxylase-mediated ethanol production in the thermophilic host Geobacillus thermoglucosidasius» кажется ближе всего по смыслу.		Результаты проверки не подтвердились. Были ли попытки продолжить эксперименты и улучшить штамм, или всё остановилось из-за большей частью недостатка финансов? Работа «Engineering pyruvate decarboxylase-mediated ethanol production in the thermophilic host Geobacillus thermoglucosidasius» кажется ближе всего по смыслу.

	* Tolan JS, Finn RK. Fermentation of d-Xylose to Ethanol by Genetically Modified Klebsiella planticola. Appl Environ Microbiol. 1987 Sep;53(9):2039-44. doi: 10.1128/AEM.53.9.2039-2044.1987. PMID: 16347427; PMCID: PMC204054.		* Tolan JS, Finn RK. Fermentation of d-Xylose to Ethanol by Genetically Modified Klebsiella planticola. Appl Environ Microbiol. '''1987''' Sep;53(9):2039-44. doi: 10.1128/AEM.53.9.2039-2044.1987. PMID: 16347427; PMCID: PMC204054.
	* Feldmann, S., Sprenger, G.A. & Sahm, H. Ethanol production from xylose with a pyruvate-formate-lyase mutant of Klebsiella planticola carrying a pyruvate-decarboxylase gene from Zymomonas mobilis . Appl Microbiol Biotechnol 31, 152–157 (1989). https://doi.org/10.1007/BF00262454		* Feldmann, S., Sprenger, G.A. & Sahm, H. Ethanol production from xylose with a pyruvate-formate-lyase mutant of Klebsiella planticola carrying a pyruvate-decarboxylase gene from Zymomonas mobilis . Appl Microbiol Biotechnol 31, 152–157 ('''1989'''). https://doi.org/10.1007/BF00262454
	* Ohta K, Beall DS, Mejia JP, Shanmugam KT, Ingram LO. Metabolic engineering of Klebsiella oxytoca M5A1 for ethanol production from xylose and glucose. Appl Environ Microbiol. 1991 Oct;57(10):2810-5. doi: 10.1128/AEM.57.10.2810-2815.1991. PMID: 1746941; PMCID: PMC183879.		* Ohta K, Beall DS, Mejia JP, Shanmugam KT, Ingram LO. Metabolic engineering of Klebsiella oxytoca M5A1 for ethanol production from xylose and glucose. Appl Environ Microbiol. '''1991''' Oct;57(10):2810-5. doi: 10.1128/AEM.57.10.2810-2815.1991. PMID: 1746941; PMCID: PMC183879.
	* Lisbeth Olsson, Bärbel Hahn-Hägerdal, Fermentative performance of bacteria and yeasts in lignocellulose hydrolysates, Process Biochemistry, 1993		* Lisbeth Olsson, Bärbel Hahn-Hägerdal, Fermentative performance of bacteria and yeasts in lignocellulose hydrolysates, Process Biochemistry, '''1993'''
	* D S Beall, L O Ingram, Genetic engineering of soft-rot bacteria for ethanol production from lignocellulose, Journal of Industrial Microbiology, Volume 11, Issue 3, 1 May 1993, Pages 151–155, https://doi.org/10.1007/BF01583716		* D S Beall, L O Ingram, Genetic engineering of soft-rot bacteria for ethanol production from lignocellulose, Journal of Industrial Microbiology, Volume 11, Issue 3, 1 May '''1993''', Pages 151–155, https://doi.org/10.1007/BF01583716
	* Zyl, Leonardo & Taylor, M & Eley, Kirstin & Tuffin, Marla & Cowan, Donald. ('''2013'''). Engineering pyruvate decarboxylase-mediated ethanol production in the thermophilic host Geobacillus thermoglucosidasius. Applied microbiology and biotechnology. 98. 10.1007/s00253-013-5380-1.		* Zyl, Leonardo & Taylor, M & Eley, Kirstin & Tuffin, Marla & Cowan, Donald. ('''2013'''). Engineering pyruvate decarboxylase-mediated ethanol production in the thermophilic host Geobacillus thermoglucosidasius. Applied microbiology and biotechnology. 98. 10.1007/s00253-013-5380-1.

Experimentalist: /* Есть ли продолжение? */

2021-03-09T12:49:41Z

Есть ли продолжение?

← Предыдущая версия		Версия от 15:49, 9 марта 2021
Строка 58:		Строка 58:
	Результаты проверки не подтвердились. Были ли попытки продолжить эксперименты и улучшить штамм, или всё остановилось из-за большей частью недостатка финансов? Работа «Engineering pyruvate decarboxylase-mediated ethanol production in the thermophilic host Geobacillus thermoglucosidasius» кажется ближе всего по смыслу.		Результаты проверки не подтвердились. Были ли попытки продолжить эксперименты и улучшить штамм, или всё остановилось из-за большей частью недостатка финансов? Работа «Engineering pyruvate decarboxylase-mediated ethanol production in the thermophilic host Geobacillus thermoglucosidasius» кажется ближе всего по смыслу.

	Tolan JS, Finn RK. Fermentation of d-Xylose to Ethanol by Genetically Modified Klebsiella planticola. Appl Environ Microbiol. 1987 Sep;53(9):2039-44. doi: 10.1128/AEM.53.9.2039-2044.1987. PMID: 16347427; PMCID: PMC204054.		* Tolan JS, Finn RK. Fermentation of d-Xylose to Ethanol by Genetically Modified Klebsiella planticola. Appl Environ Microbiol. 1987 Sep;53(9):2039-44. doi: 10.1128/AEM.53.9.2039-2044.1987. PMID: 16347427; PMCID: PMC204054.
			* Feldmann, S., Sprenger, G.A. & Sahm, H. Ethanol production from xylose with a pyruvate-formate-lyase mutant of Klebsiella planticola carrying a pyruvate-decarboxylase gene from Zymomonas mobilis . Appl Microbiol Biotechnol 31, 152–157 (1989). https://doi.org/10.1007/BF00262454
	Feldmann, S., Sprenger, G.A. & Sahm, H. Ethanol production from xylose with a pyruvate-formate-lyase mutant of Klebsiella planticola carrying a pyruvate-decarboxylase gene from Zymomonas mobilis . Appl Microbiol Biotechnol 31, 152–157 (1989). https://doi.org/10.1007/BF00262454		* Ohta K, Beall DS, Mejia JP, Shanmugam KT, Ingram LO. Metabolic engineering of Klebsiella oxytoca M5A1 for ethanol production from xylose and glucose. Appl Environ Microbiol. 1991 Oct;57(10):2810-5. doi: 10.1128/AEM.57.10.2810-2815.1991. PMID: 1746941; PMCID: PMC183879.
			* Lisbeth Olsson, Bärbel Hahn-Hägerdal, Fermentative performance of bacteria and yeasts in lignocellulose hydrolysates, Process Biochemistry, 1993
	Ohta K, Beall DS, Mejia JP, Shanmugam KT, Ingram LO. Metabolic engineering of Klebsiella oxytoca M5A1 for ethanol production from xylose and glucose. Appl Environ Microbiol. 1991 Oct;57(10):2810-5. doi: 10.1128/AEM.57.10.2810-2815.1991. PMID: 1746941; PMCID: PMC183879.		* D S Beall, L O Ingram, Genetic engineering of soft-rot bacteria for ethanol production from lignocellulose, Journal of Industrial Microbiology, Volume 11, Issue 3, 1 May 1993, Pages 151–155, https://doi.org/10.1007/BF01583716
			* Zyl, Leonardo & Taylor, M & Eley, Kirstin & Tuffin, Marla & Cowan, Donald. ('''2013'''). Engineering pyruvate decarboxylase-mediated ethanol production in the thermophilic host Geobacillus thermoglucosidasius. Applied microbiology and biotechnology. 98. 10.1007/s00253-013-5380-1.
	Lisbeth Olsson, Bärbel Hahn-Hägerdal, Fermentative performance of bacteria and yeasts in lignocellulose hydrolysates, Process Biochemistry, 1993

	D S Beall, L O Ingram, Genetic engineering of soft-rot bacteria for ethanol production from lignocellulose, Journal of Industrial Microbiology, Volume 11, Issue 3, 1 May 1993, Pages 151–155, https://doi.org/10.1007/BF01583716

	Zyl, Leonardo & Taylor, M & Eley, Kirstin & Tuffin, Marla & Cowan, Donald. ('''2013'''). Engineering pyruvate decarboxylase-mediated ethanol production in the thermophilic host Geobacillus thermoglucosidasius. Applied microbiology and biotechnology. 98. 10.1007/s00253-013-5380-1.

	=== PhD thesis ===		=== PhD thesis ===

Experimentalist: /* Есть ли продолжение? */

2021-03-09T12:48:30Z

Есть ли продолжение?

← Предыдущая версия		Версия от 15:48, 9 марта 2021
Строка 69:		Строка 69:

	Zyl, Leonardo & Taylor, M & Eley, Kirstin & Tuffin, Marla & Cowan, Donald. ('''2013'''). Engineering pyruvate decarboxylase-mediated ethanol production in the thermophilic host Geobacillus thermoglucosidasius. Applied microbiology and biotechnology. 98. 10.1007/s00253-013-5380-1.		Zyl, Leonardo & Taylor, M & Eley, Kirstin & Tuffin, Marla & Cowan, Donald. ('''2013'''). Engineering pyruvate decarboxylase-mediated ethanol production in the thermophilic host Geobacillus thermoglucosidasius. Applied microbiology and biotechnology. 98. 10.1007/s00253-013-5380-1.

			=== PhD thesis ===

			Michael T. Holmes написал работу, которую принимала Elaine Ingram: «[https://core.ac.uk/reader/10194500 Ecological Assessment After the Addition of Genetically Engineered Klebsiella planticola SDF20 Into Soil]». Теперь я чуть меньше понимаю, проводила ли Elaine Ingram сам тест, или извинялась потом за претендента на доктора философии.

	=== Технология модификации ===		=== Технология модификации ===

Experimentalist: /* Есть ли продолжение? */

2021-03-09T12:44:37Z

Есть ли продолжение?

← Предыдущая версия		Версия от 15:44, 9 марта 2021
Строка 56:		Строка 56:
	=== Есть ли продолжение? ===		=== Есть ли продолжение? ===

	Результаты проверки не подтвердились. Были ли попытки продолжить эксперименты и улучшить штамм, или всё остановилось из-за большей частью недостатка финансов?		Результаты проверки не подтвердились. Были ли попытки продолжить эксперименты и улучшить штамм, или всё остановилось из-за большей частью недостатка финансов? Работа «Engineering pyruvate decarboxylase-mediated ethanol production in the thermophilic host Geobacillus thermoglucosidasius» кажется ближе всего по смыслу.

	Tolan JS, Finn RK. Fermentation of d-Xylose to Ethanol by Genetically Modified Klebsiella planticola. Appl Environ Microbiol. 1987 Sep;53(9):2039-44. doi: 10.1128/AEM.53.9.2039-2044.1987. PMID: 16347427; PMCID: PMC204054.		Tolan JS, Finn RK. Fermentation of d-Xylose to Ethanol by Genetically Modified Klebsiella planticola. Appl Environ Microbiol. 1987 Sep;53(9):2039-44. doi: 10.1128/AEM.53.9.2039-2044.1987. PMID: 16347427; PMCID: PMC204054.

Experimentalist: /* Есть ли продолжение? */

2021-03-09T12:40:37Z

Есть ли продолжение?

@@ Строка 55: / Строка 55: @@
 === Есть ли продолжение? ===
 Результаты проверки не подтвердились. Были ли попытки продолжить эксперименты и улучшить штамм, или всё остановилось из-за большей частью недостатка финансов?
 === Технология модификации ===