Denis.s: Новая страница: «==Список биологических баз данных== * AAindex [http://genome.jp/aaindex] − База данных индексов, мутаци...»

2021-03-05T20:41:10Z

Новая страница: «==Список биологических баз данных== * AAindex [http://genome.jp/aaindex] − База данных индексов, мутаци...»

Новая страница

==Список биологических баз данных==
* [[AAindex]] [http://genome.jp/aaindex] − База данных индексов, мутационных матриц и парных контактных потенциалов аминокислот
* [[AgeLine]] − База данных с подробными описаниями публикаций о пожилых людях и старении
* [[ArrayExpress]] [http://ebi.ac.uk/arrayexpress/browse.html] − Данные высокопродуктивных экспериментов функциональной геномики
* [[Base]] [http://base-search.net] − Сервис поиска научных публикаций
* [[Bgee]] [http://bgee.org] − База данных для получения и сравнения паттернов генной экспрессии у многих видов животных
* [[BioGRID]] [http://thebiogrid.org] − База данных белок-белковых, генетических и химический взаимодействий
* [[Biomodels]] [http://ebi.ac.uk/biomodels] − Ресурс с опубликованными математическими моделями, описывающими биологические процессы
* [[BioStudies]] [http://ebi.ac.uk/biostudies/studies] − Описания биологических исследований, ссылки на данные эти исследований в других базах данных EMBL-EBI
* [[BOLD]] [http://barcodinglife.org] − Платформа, посвященная баркодам ДНК
* [[BRENDA]] [http://brenda-enzymes.org] − База данных с молекулярной и биохимической информацией об энзимах
* [[CAS]] [http://cas.org] − База данных химических веществ
* [[CATH]] [http://cathdb.info] − База данных белковых доменов
* [[CCDC]] [http://ccdc.cam.ac.uk] − База данных кристаллических структур малых молекул
* [[Cellosaurus]] [http://web.expasy.org/cellosaurus] − База знаний по линиям клеточного развития
* [[ClinicalTrials]] [http://clinicaltrials.gov] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях
* [[ClinVar]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/clinvar] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека
* [[COG]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/research/cog] − База данных кластеров ортологичных генов
* [[ConsensusPathDB]] [http://consensuspathdb.org] − База данных, бинарных и сложные белок-белковых, генетических, метаболических, сигнальных, генных регуляторных сетей взаимодействия, а также взаимодействий лекарство-мишень и биохимических путей
* [[COSMIC]] [http://cancer.sanger.ac.uk] − База данных соматически приобретенных мутаций, обнаруженных в злокачественных опухолях человека
* [[CSDB]] [http://csdb.glycoscience.ru/database] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными
* [[CTD]] [http://ctdbase.org] − Сайт с научными данными, описывающими связи между химикалиями/лекарствами, генами/белками, болезнями, такоснами, фенотипами, GO-аннотациями, путями и модулями взаимодействия
* [[Database_of_Macromolecular_Movements]] [http://molmovdb.org] − База данных движений, происходящих в белках и других макромолекулах
* [[DbGaP]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/gap] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей
* [[DbSNP]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/snp] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов ([[SNP]])
* [[DbVar]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/dbvar] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций
* [[DDBJ]] [http://ddbj.nig.ac.jp] − Коллекция последовательностей нуклеотидов
* [[DIP]] [http://dip.doe-mbi.ucla.edu] − Каталог экспериментально определенных взаимодействий между белками
* [[DiProDB]] [http://diprodb.fli-leibniz.de] − База данных, собирающая и анализирующая термодинамические, структурные и другие свойства динуклеотидов
* [[DisProt]] [http://disprot.org] − Коллекция внутренне неструктурированных белков
* [[DrugBank]] [http://go.drugbank.com] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях
* [[Dryad]] [http://datadryad.org] − Открытый репозиторий исследовательских данных
* [[EGA]] [http://ega-archive.org/datasets] − Сервис для хранения и публикации всех типов персональных генетических и фенотипических данных, получаемых в биомедицинских исследовательских проектах
* [[ELibrary]] [http://elibrary.ru] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке
* [[EMAGE]] [http://emouseatlas.org/emage] − База данных экспрессии генов в мышином эмбрионе
* [[Embase]] [http://elsevier.com/solutions/embase-biomedical-research] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе
* [[EMBL-EBI]] [http://ebi.ac.uk] − Универсальный поисковик по названиям белков и другим терминам
* [[EMDB]] [http://ebi.ac.uk/pdbe/emdb] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур
* [[ENA]] [http://ebi.ac.uk/ena/browser] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей
* [[ENCODE]] [http://encodeproject.org] − Геномные и транскриптомные аннотации
* [[Ensembl]] [http://ensembl.org] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов
* [[Entrez]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/search/] − База данных, предоставляющая доступ к нуклеотидным и аминокислотным последовательностям, геноцентричной и геномной информации, данным по трехмерным структурам и т.д.
* [[EPD]] [http://epd.epfl.ch] − База данных по эукариотическим РНК-полимераза-II промотерам с экспериментально определенными точек старта транскрипции
* [[Europe_PMC]] [http://europepmc.org] − Репозиторий, предоставляющий доступ к научным статьям, книгам, патентам и клиническим руководствам
* [[ExoCarta]] [http://exocarta.org] − Вручную курируемая база данных об экзосомальных белках, РНК и липидах
* [[Expasy]] [http://expasy.org] − Портал для биологических баз данных и инструментов
* [[Expression_Atlas]] [http://ebi.ac.uk/gxa/home] − База данных генов и белковой экспресии
* [[ExRNA_Atlas]] [http://exrna-atlas.org] − Репозиторий малых РНК последовательностей и полученных с помощью [[qPCR]] внеклеточных РНК профилей для жидкостей организма человека и мыши
* [[FINDbase]] [http://findbase.org] − База данных частот генетических вариаций по всей человеческой популяции
* [[GEO]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/geo] − Репозиторий функциональных данных геномики с профилями экспрессии
* [[GenBank]] [http://ncbi.nlm.nih.gov] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов
* [[GeneWiki]] [http://en.wikipedia.org/wiki/Gene_Wiki] − Подпроект в рамках Википедии, описывающий отношения и функции всех человеческих генов
* [[GigaDB]] [http://gigadb.org] − Репозиторий долговременного доступа к массивным многоразмерным датасетам исследований из области life science и биомеда
* [[Google_Scholar]] [http://scholar.google.com] − Поисковик по научным статьям
* [[Harvard_PGP]] [http://my.pgp-hms.org/public_genetic_data] − Публикация полных геномов и связанных медицинских данных волонтеров
* [[HGNC]] [http://genenames.org] − База данных стандартных имен человеческих генов
* [[HMDP]] [http://hmdb.ca] − База данных мелких метаболитов человеческого организма
* [[HOCOMOCO]] [http://hocomoco11.autosome.ru] − Коллекция моделей связывания с транскрипционными факторами для человека и мыши, полученная через крупномасштабный [[ChIP-Seq анализ]]
* [[HRT_Atlas]] [http://housekeeping.unicamp.br] − Вею инструмент для поиска клеткоспецифичных генов/транскриптов, подходящих для экспериментальной qPCR нормализации
* [[HCUP]] − Самая крупная коллекция больничных данных в США
* [[HumanCyc]] [http://biocyc.org/HUMAN/organism-summary?object=HUMAN] − База данных по метаболическим путям в человеческом орагнизме, а также по энзимам, метаболитам и реакциям
* [[Human_Protein_Atlas]] [http://proteinatlas.org] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам
* [[H-Invitational]] [http://h-invitational.jp] − База данных аннотаций человеческих генов и транскриптов
* [[ICGC]] [http://dcc.icgc.org] − Наборы данных по онкогеномике
* [[IHEC]] [http://epigenomesportal.ca/ihec] − База данных референсных эпигеномов
* [[IntAct]] [http://ebi.ac.uk/intact] − База данных взаимодействий молекул
* [[InterPro]] [http://ebi.ac.uk/interpro] − Семейства, домены и сайты белков
* [[IPI]] [http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/IPI] − Индекс-номера и референс-наборы белков
* [[JASPAR]] [http://jaspar.genereg.net] − Коллекция сайтов посадки транскрипционных факторов
* [[Jena_Library]] [http://jenalib.leibniz-fli.de] − Библиотека трехмерных структур биополимеров
* [[Kalium]] [http://kaliumdb.org] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов
* [[KEGG]] [http://kegg.jp] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ
* [[Lens]] [http://lens.org/lens/biological_search] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей
* [[LipidBank]] [http://lipidbank.jp] − База данных по липидам
* [[MANET]] [http://manet.illinois.edu] − База данных, которая картирует эволюционные отношения протеиновых структур на биологические сети
* [[Medline]] [http://nlm.nih.gov/medline] − Библиографическая база данных по life science и биомедицине
* [[MetaCore]] [http://portal.genego.com] − База данных биологических путей
* [[MetaCyc]] [http://metacyc.org] − База данных экспериментально выявленных метаболических путях всех доменов живого мира
* [[MethBase]] [http://smithlabresearch.org/software/methbase] − База данных метилирования ДНК
* [[MetOSite]] [http://metosite.uma.es] − База данных, посвященная сайтам сульфоксидирования метионина и их функциональным ролям в белках
* [[Minimotif_Miner]] − Программа и база данных для идентификации минимотивов в аминокислотных последовательностях белков
* [[MINT]] [http://mint.bio.uniroma2.it] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой
* [[MirBase]] [http://mirbase.org] − Архив последовательностей микроРНК с аннотациями
* [[MMDB]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/Structure/MMDB/docs/mmdb_search.html] − База данных по экспериментально обнаруженным структурам белков, РНК и ДНК, происходящих из каталога [[PDB]]
* [[MobiDB]] [http://mobidb.bio.unipd.it] − База данных аннотаций патологий и мобильности белков
* [[ModBase]] [http://modbase.compbio.ucsf.edu/modbase-cgi/index.cgi] − База данных по аннотированным сравнительным моделям белков
* [[NCBI_GeneBank]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide] − База данных по фрагментам ДНК
* [[NCBI_Genome]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/genome] − Геномная база данных
* [[NCBI_Protein]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/protein] − Белковая база данных
* [[NCBI_Taxonomy_Browser]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi] − База данных по таксономиям
* [[NCG]] [http://ncg.kcl.ac.uk] − База данных по раковым генам и по связанным с ними свойствам
* [[NDEx]] [http://ndexbio.org] − Открытый фреймворк по биологическим сетям взаимодействий
* [[Netpath]] [http://netpath.org/browse] − База данных по сигнальным путям
* [[NeXtProt]] [http://nextprot.org] − Платформа знаний по человеческим белкам
* [[NIF]] [http://neuinfo.org] − Репозиторий нейробиологических веб ресурсов, включающий в себя экспериментальные, клинические и трансляционные базы данных, атласы и генетические ресурсы
* [[NITRC]] [http://nitrc.org] − Каталог нейроснимков
* [[OATD]] [http://oatd.org] − Поисковик по диссертациям
* [[OMIM]] [http://omim.org] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств
* [[OpenDOAR]] [http://v2.sherpa.ac.uk/opendoar/search.html] − База данных репозиториев научных работ
* [[Open_Genes]] [http://open-genes.com] − База данных генов, с возможным влиянием на процессы старения
* [[OPM]] [http://opm.phar.umich.edu/ppm_server] − Инструмент для вычисления положений белков, встроенных в мембраны
* [[Orphadata]] [http://orphadata.org] − Датасеты, относящиеся к редким заболеваниям и орфанным препаратам
* [[PANTHER]] [http://pantherdb.org] − База данных с семействами, эволюционными деревьями, подсемействами и функциями белков
* [[Pass2]] [http://caps.ncbs.res.in/pass2] − База данных по выравниваниям суперсемейств белков
* [[PathwayStudio]] [http://pathwaystudio.com] − Приложение для анализа и визуализации механизмов заболеваний, генной экспрессии, данных протеомики и метаболомики
* [[PDB]] [http://rcsb.org] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот
* [[PDBe]] [http://ebi.ac.uk/pdbe] − Платформа для работы с макромолекулярными структурами
* [[PDBselect]] − Список репрезентативных аминокислотных последовательностей
* [[PDBWiki]] − Открытая к добавлению база данных аннотаций белковых структур
* [[Pharma_Intelligence]] − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии
* [[PHI-Base]] [http://phi-base.org/searchFacet.htm] − Курируемая информация о генах с экспериментально подтвержденным влиянием на связь патоген-хозяин
* [[Pfam]] [http://pfam.xfam.org] − Семейства белков с аннотациями и выравненными последовательностями
* [[PGP_Canada]] [http://personalgenomes.ca/data] − Полные секвенированные геномы волонтеров и публикация медицинских записей, канадский сервер
* [[PGP_UK]] [http://personalgenomes.org.uk/data] − Полные секвенированные геномы волонтеров и публикация медицинских записей, британский сервер
* [[PID]] − База данных клеточных сигнальных путей человека
* [[PIR]] [http://proteininformationresource.org] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка
* [[PRIDE]] [http://ebi.ac.uk/pride/archive] − Репозиторий протеомных данных, полученных с помощью массовой спектрометрии
* [[PRINTS]] [http://130.88.97.239/PRINTS] − База данных белковых [[фингерпринт]]ов
* [[ProQuest]] [http://proquest.com] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными
* [[Prosite]] [http://prosite.expasy.org] − Белковые домены, семейства и функциональные сайты
* [[Proteopedia]] [http://proteopedia.org] − 3D энциклопедия белков
* [[PubChem]] [http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov] − База данных структуры и активности химических структур
* [[PubMed]] [http://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах
* [[QIAGEN_IPA]] − База данных путей и инструменты их визуализации
* [[RBPDB]] [http://rbpdb.ccbr.utoronto.ca] − База данных РНК-связанных белковых особенностей
* [[RegulonDB]] [http://regulondb.ccg.unam.mx] − База данных регуляторных сетей экспрессии генов E.coli
* [[Reactome]] [http://reactome.org] − База данных биологических путей
* [[Reaxys]] − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе
* [[RefSeq]] [http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей
* [[Rhea]] [http://rhea-db.org] − База знаний химических и транспортных реакций, относящихся к биологии
* [[Riken_integrated_database_of_mammals]] [http://metadb.riken.jp/metadb/download/SciNetS_ria254i] − База данных исследований, проводимых институтом [[Рикен]]
* [[Rfam]] [http://rfam.org/search] − База данных семейств некодирующих РНК
* [[SABIO-RK]] [http://sabio.h-its.org] − База данных, хранящая информацию о биохимических реакциях и их кинетических свойствах
* [[SCOP]] [http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk] − База данных, предоставляющая описания структурных и эволюционных взаимоотношений между белками известной структуры
* [[Scopus]] [http://scopus.com] − База данных абстрактов статей и рефератов
* [[Silva]] [http://arb-silva.de] − База данных по данным секвенирования рибосомальных РНК
* [[SIMAP]] − База данных сходств белков
* [[SNPedia]] [http://snpedia.com] − Вики, посвященная фенотипическим и другим эффектам вариаций генов ДНК (однонуклеотидных полиморфизмовj
* [[SRA]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/sra] − База данных высокопроизводительного секвенирования
* [[STRING]] [http://string-db.org] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий
* [[Superfamily]] [http://supfam.org] − Структурная и функциональная аннотация всех белков и геномов
* [[SwissLipids]] [http://swisslipids.org] − База данных по липидам
* [[SwissOrthology]] [http://swissorthology.ch/service/search] − База данных ортологичных генов
* [[SWISS-MODEL]] [http://swissmodel.expasy.org] − Модели гомологов 3D белковых структур
* [[TCGA]] [http://portal.gdc.cancer.gov] − Данные исследований раковых клеток, полученные через выcокопроизводительные биологические методы
* [[TCIA]] [http://cancerimagingarchive.net/collections] − База данных медицинских изображений для онкологических исследований
* [[Thesis.fr]] [http://thesis.fr] − Посиковый движок для поиска диссертаций на французском языке
* [[TDR_Targets]] [http://tdrtargets.org] − Анализ различных геномных и химических датасетов с цель идентификации лекарств и лекарственных мишеней
* [[TOPSAN]] − Вики, посвященная сбору и распространению информации о белковых трехмерных структурах
* [[TRANSFAC]] − Ручная база факторов транскипции эукариотов, их геномных сайтов связывания и профили связывания с ДНК
* [[UCSC_Genome_Browser]] [http://genome.ucsc.edu] − Браузер человеческого генома
* [[UniProtKB]] [http://uniprot.org] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков
* [[Web_of_Science]] [http://sclarivate.com/webofsciencegroup/solutions/web-of-science] − База данных абстрактов статей
* [[WikiPathways]] [http://wikipathways.org] − Вики, посвященная биологическим путям
* [[1000_Genomes_Project]] [http://internationalgenome.org/data] − Каталог 1092 человеческих генов анонимусов

Список биологических баз данных - История изменений

Denis.s: Новая страница: «==Список биологических баз данных== * AAindex [http://genome.jp/aaindex] − База данных индексов, мутаци...»