Работа с базой данных PubMed - История изменений

Denis.s: /* Страница публикации с конкретным pmid */

2021-03-21T12:58:18Z

Страница публикации с конкретным pmid

← Предыдущая версия		Версия от 15:58, 21 марта 2021
Строка 8:		Строка 8:

	==Страница публикации с конкретным pmid==		==Страница публикации с конкретным pmid==
	https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/[pmid]		<nowiki>https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/[pmid]</nowiki>

	==Получение [[medline]] записи по pmid==		==Получение [[medline]] записи по pmid==

Denis.s: /* Получение medline записи по pmid */

2021-03-21T12:57:57Z

Получение medline записи по pmid

← Предыдущая версия		Версия от 15:57, 21 марта 2021
Строка 11:		Строка 11:

	==Получение [[medline]] записи по pmid==		==Получение [[medline]] записи по pmid==
	https://api.ncbi.nlm.nih.gov/lit/ctxp/v1/pubmed/?format=medline&id=[pmid]		<nowiki>https://api.ncbi.nlm.nih.gov/lit/ctxp/v1/pubmed/?format=medline&id=[pmid]</nowiki>

	==Получение pmid статей по запросу==		==Получение pmid статей по запросу==

Denis.s в 12:57, 21 марта 2021

2021-03-21T12:57:36Z

← Предыдущая версия		Версия от 15:57, 21 марта 2021
Строка 7:		Строка 7:
	<syntaxhighlight lang="Bash">md5sum -c pubmed21n*.xml.gz.md5 2>/dev/null \| grep FAILED \| wc -l</syntaxhighlight>		<syntaxhighlight lang="Bash">md5sum -c pubmed21n*.xml.gz.md5 2>/dev/null \| grep FAILED \| wc -l</syntaxhighlight>

	==Получение id статей по запросу==		==Страница публикации с конкретным pmid==
			https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/[pmid]

			==Получение [[medline]] записи по pmid==
			https://api.ncbi.nlm.nih.gov/lit/ctxp/v1/pubmed/?format=medline&id=[pmid]

			==Получение pmid статей по запросу==

	Для получения списка айдишников статей по ключевому слову можно использовать get-запрос:		Для получения списка айдишников статей по ключевому слову можно использовать get-запрос:

Denis.s: /* Полный дамп пабмеда */

2021-03-19T15:05:31Z

Полный дамп пабмеда

← Предыдущая версия		Версия от 18:05, 19 марта 2021
Строка 5:		Строка 5:
	<syntaxhighlight lang="Bash">md5sum -c pubmed21n*.xml.gz.md5</syntaxhighlight>		<syntaxhighlight lang="Bash">md5sum -c pubmed21n*.xml.gz.md5</syntaxhighlight>
	показать количество побитых файлов:		показать количество побитых файлов:
	<syntaxhighlight lang="Bash">md5sum -c pubmed21n*.xml.gz.md5 \| grep FAILED \| wc -l</syntaxhighlight>		<syntaxhighlight lang="Bash">md5sum -c pubmed21n*.xml.gz.md5 2>/dev/null \| grep FAILED \| wc -l</syntaxhighlight>

	==Получение id статей по запросу==		==Получение id статей по запросу==

Denis.s в 08:21, 19 марта 2021

2021-03-19T08:21:51Z

← Предыдущая версия		Версия от 11:21, 19 марта 2021
Строка 47:		Строка 47:
	Соответственно, список id статей: <code><res>.esearchresult.idlist</code>		Соответственно, список id статей: <code><res>.esearchresult.idlist</code>

	==Параметры запроса==		===Параметры запроса===
	* '''db''' − какую базу данных запрашиваем. Возможные значения: <code>pmc, pubmed</code>. Разница между PMC и PubMed в том, что на PMC статьи с полнотекстовым доступом, а на PubMed не всегда. Зато на PubMed больший охват статей по абстрактам. Учитывая то, что полный текст интересующей статьи достать [https://sci-hub.do не так уж и трудно], установка ''db'' в значение ''pubmed'' выглядит более предпочтительной.		* '''db''' − какую базу данных запрашиваем. Возможные значения: <code>pmc, pubmed</code>. Разница между PMC и PubMed в том, что на PMC статьи с полнотекстовым доступом, а на PubMed не всегда. Зато на PubMed больший охват статей по абстрактам. Учитывая то, что полный текст интересующей статьи достать [https://sci-hub.do не так уж и трудно], установка ''db'' в значение ''pubmed'' выглядит более предпочтительной.
	* '''tool''' − PubMed просит указывать название инструментария или программы, которая работает с API. (Я указываю ''"odysseus"'' - по названию своей библиотеки, расширяющей Racket. -- [[Участник:Denis.s\|Denis.s]] ([[Обсуждение участника:Denis.s\|обсуждение]]))		* '''tool''' − PubMed просит указывать название инструментария или программы, которая работает с API. (Я указываю ''"odysseus"'' - по названию своей библиотеки, расширяющей Racket. -- [[Участник:Denis.s\|Denis.s]] ([[Обсуждение участника:Denis.s\|обсуждение]]))
Строка 55:		Строка 55:
	* '''term''' − собственно ключевое слово, по которому происходит отбор статей. Либо комбинация ключевых слов и частей записи, в которых они должны встретиться. Например <code>(aging[Abstract] AND aging[MeSH Terms]) OR (longevity[Abstract] AND longevity[MeSH Terms])</code>		* '''term''' − собственно ключевое слово, по которому происходит отбор статей. Либо комбинация ключевых слов и частей записи, в которых они должны встретиться. Например <code>(aging[Abstract] AND aging[MeSH Terms]) OR (longevity[Abstract] AND longevity[MeSH Terms])</code>

	==Тьюториалы==		===Тьюториалы===
	* [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/ ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499 − Подробная статья про параметры GET запросов]		* [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/ ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499 − Подробная статья про параметры GET запросов]

Denis.s: /* Полный дамп пабмеда */

2021-03-19T08:16:30Z

Полный дамп пабмеда

← Предыдущая версия		Версия от 11:16, 19 марта 2021
Строка 4:		Строка 4:
	Файлы большие, могут биться при закачке. Поэтому рекомендуется после загрузки проверить контрольные суммы, скачав с сервера файлы .md5. В линуксе проверку по всему массиву файлов можно сделать например так:		Файлы большие, могут биться при закачке. Поэтому рекомендуется после загрузки проверить контрольные суммы, скачав с сервера файлы .md5. В линуксе проверку по всему массиву файлов можно сделать например так:
	<syntaxhighlight lang="Bash">md5sum -c pubmed21n*.xml.gz.md5</syntaxhighlight>		<syntaxhighlight lang="Bash">md5sum -c pubmed21n*.xml.gz.md5</syntaxhighlight>
			показать количество побитых файлов:
			<syntaxhighlight lang="Bash">md5sum -c pubmed21n*.xml.gz.md5 \| grep FAILED \| wc -l</syntaxhighlight>

	==Получение id статей по запросу==		==Получение id статей по запросу==

Denis.s: /* Полный дамп пабмеда */

2021-03-19T08:14:13Z

Полный дамп пабмеда

← Предыдущая версия		Версия от 11:14, 19 марта 2021
Строка 3:		Строка 3:

	Файлы большие, могут биться при закачке. Поэтому рекомендуется после загрузки проверить контрольные суммы, скачав с сервера файлы .md5. В линуксе проверку по всему массиву файлов можно сделать например так:		Файлы большие, могут биться при закачке. Поэтому рекомендуется после загрузки проверить контрольные суммы, скачав с сервера файлы .md5. В линуксе проверку по всему массиву файлов можно сделать например так:
	<syntaxhighlight lang="Bash">if md5sum -c pubmed21n*.xml.gz.md5</syntaxhighlight>		<syntaxhighlight lang="Bash">md5sum -c pubmed21n*.xml.gz.md5</syntaxhighlight>

	==Получение id статей по запросу==		==Получение id статей по запросу==

Denis.s: /* Полный дамп пабмеда */

2021-03-19T08:13:57Z

Полный дамп пабмеда

← Предыдущая версия		Версия от 11:13, 19 марта 2021
Строка 3:		Строка 3:

	Файлы большие, могут биться при закачке. Поэтому рекомендуется после загрузки проверить контрольные суммы, скачав с сервера файлы .md5. В линуксе проверку по всему массиву файлов можно сделать например так:		Файлы большие, могут биться при закачке. Поэтому рекомендуется после загрузки проверить контрольные суммы, скачав с сервера файлы .md5. В линуксе проверку по всему массиву файлов можно сделать например так:
	<syntaxhighlight lang="~~bash~~">md5sum -c pubmed21n*.xml.gz.md5</syntaxhighlight>		<syntaxhighlight lang="Bash">if md5sum -c pubmed21n*.xml.gz.md5</syntaxhighlight>

	==Получение id статей по запросу==		==Получение id статей по запросу==

Denis.s в 08:12, 19 марта 2021

2021-03-19T08:12:37Z

← Предыдущая версия		Версия от 11:12, 19 марта 2021
Строка 1:		Строка 1:
			== Полный дамп пабмеда ==
			* ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/baseline − фтп архив для свободного скачивания по анонимному логину. В архиве около 50 Гб сжатых файлов вида <code>pubmed<year_when_dumped>n<index>xml.gz</code> содержат около 31 миллиона [[MEDLINE (формат данных)\|medline]] записей.

			Файлы большие, могут биться при закачке. Поэтому рекомендуется после загрузки проверить контрольные суммы, скачав с сервера файлы .md5. В линуксе проверку по всему массиву файлов можно сделать например так:
			<syntaxhighlight lang="bash">md5sum -c pubmed21n*.xml.gz.md5</syntaxhighlight>

			==Получение id статей по запросу==

	Для получения списка айдишников статей по ключевому слову можно использовать get-запрос:		Для получения списка айдишников статей по ключевому слову можно использовать get-запрос:

Denis.s: Denis.s переименовал страницу Получение id статей на PubMed в Работа с базой данных PubMed

2021-03-19T08:02:04Z

Denis.s переименовал страницу Получение id статей на PubMed в Работа с базой данных PubMed

← Предыдущая версия	Версия от 11:02, 19 марта 2021
(нет различий)