Преобразование Системной схемы старения человека в граф знаний - История изменений

Denis.s: /* Пример работы с графом знаний */

2022-07-17T21:02:00Z

Пример работы с графом знаний

← Предыдущая версия		Версия от 00:02, 18 июля 2022
Строка 80:		Строка 80:
	==== WebProtege ====		==== WebProtege ====

	Получившийся файл Turtle, в котором хранится граф знаний Схемы старения можно загрузить в онлайн-редактор онтологий [[WebProtege]].		Получившийся файл Turtle, в котором хранится граф знаний Схемы старения можно загрузить в онлайн-редактор онтологий [[WebProtege]] ([https://webprotege.stanford.edu/#projects/513cd457-cf09-42e3-a3b6-3b4c1cdd1ad3/edit/Classes Граф знаний в WebProtege])
	[https://webprotege.stanford.edu/#projects/513cd457-cf09-42e3-a3b6-3b4c1cdd1ad3/edit/Classes Граф знаний в WebProtege]

	Данный редактор способен отображать списки элементов графа и классы онтологии, и даже показывать графически части графа знаний, как видно ниже на скриншоте.		Данный редактор способен отображать списки элементов графа и классы онтологии, и даже показывать графически части графа знаний, как видно ниже на скриншоте.

Denis.s: /* WebProtege */

2022-07-17T21:01:36Z

WebProtege

← Предыдущая версия		Версия от 00:01, 18 июля 2022
Строка 80:		Строка 80:
	==== WebProtege ====		==== WebProtege ====

	Получившийся файл Turtle, в котором хранится граф знаний Схемы старения можно загрузить в онлайн-редактор онтологий [WebProtege](https://webprotege.stanford.edu/#projects/513cd457-cf09-42e3-a3b6-3b4c1cdd1ad3/edit/Classes).		Получившийся файл Turtle, в котором хранится граф знаний Схемы старения можно загрузить в онлайн-редактор онтологий [[WebProtege]].
			[https://webprotege.stanford.edu/#projects/513cd457-cf09-42e3-a3b6-3b4c1cdd1ad3/edit/Classes Граф знаний в WebProtege]

	Данный редактор способен отображать списки элементов графа и классы онтологии, и даже показывать графически части графа знаний, как видно ниже на скриншоте.		Данный редактор способен отображать списки элементов графа и классы онтологии, и даже показывать графически части графа знаний, как видно ниже на скриншоте.

Denis.s: /* Расширение СССЧ */

2022-07-17T21:00:09Z

Расширение СССЧ

← Предыдущая версия		Версия от 00:00, 18 июля 2022
Строка 71:		Строка 71:

	* классификация по системам организма		* классификация по системам организма
	* классификация по отношению к девяти ключевым процессам старения согласно [~~статье Дарьи Халтуриной и соавторов](~~https://doi.org/10.1016/j.mad.2020.111230)		* классификация по отношению к девяти ключевым процессам старения согласно [https://doi.org/10.1016/j.mad.2020.111230 статье Дарьи Халтуриной и соавторов]
	* классификация по уровню системы, на которой мы можем локализовать патологический процесс.		* классификация по уровню системы, на которой мы можем локализовать патологический процесс.

Denis.s: /* Обработка данных, содержащихся в СССЧ */

2022-07-17T20:59:49Z

Обработка данных, содержащихся в СССЧ

← Предыдущая версия		Версия от 23:59, 17 июля 2022
Строка 62:		Строка 62:
	Запуск кода чтения и преобразования CSV в Tabtree, а затем в RDF/Turtle производился просто из линукс-консоли c загруженной REPL-сессией Clojure проекта.		Запуск кода чтения и преобразования CSV в Tabtree, а затем в RDF/Turtle производился просто из линукс-консоли c загруженной REPL-сессией Clojure проекта.

	`(build-hasd)` – головная функция, которая производит все действия по созданию RDF/Turtle файла через вызов других функций. Создана специально для удобства вызова из REPL сессии.		'''(build-hasd)''' – головная функция, которая производит все действия по созданию RDF/Turtle файла через вызов других функций. Создана специально для удобства вызова из REPL сессии.

	=== Расширение СССЧ ===		=== Расширение СССЧ ===

Denis.s: /* Обработка данных, содержащихся в СССЧ */

2022-07-17T20:54:24Z

Обработка данных, содержащихся в СССЧ

← Предыдущая версия		Версия от 23:54, 17 июля 2022
Строка 50:		Строка 50:
	Итак, задача сводится к тому, чтобы преобразовать данные в формате CSV в формат RDF/Turtle, и дополнительное описав на OWL минимальную онтологию, соответствующую семантике узлов и связей на диаграмме.		Итак, задача сводится к тому, чтобы преобразовать данные в формате CSV в формат RDF/Turtle, и дополнительное описав на OWL минимальную онтологию, соответствующую семантике узлов и связей на диаграмме.

	Как язык программирования я использовал язык [~~Clojure](~~https://clojure.org/), кодирование производил в редакторе кода [~~Atom](~~https://atom.io/). Clojure удобен тем, что тесно интегрирован с экосистемой языка Java, на котором имеется богатая коллекция библиотек и приложений, работающих с RDF графами. Помимо этого, Clojure сам по себе является элегантным и эффективным языком, поддерживающим функциональную парадигму программирования, которая ускоряет время разработки и идеально подходит для задач преобразования данных.		Как язык программирования я использовал язык [https://clojure.org/ Clojure], кодирование производил в редакторе кода [https://atom.io/ Atom]. Clojure удобен тем, что тесно интегрирован с экосистемой языка Java, на котором имеется богатая коллекция библиотек и приложений, работающих с RDF графами. Помимо этого, Clojure сам по себе является элегантным и эффективным языком, поддерживающим функциональную парадигму программирования, которая ускоряет время разработки и идеально подходит для задач преобразования данных.

	Помимо непосредственно программирования, выяснилось, что хоть формат Turtle и легко читаем, кодировать на нем онтологию и редактировать части графа знаний не очень удобно. Поэтому я дополнительно использовал промежуточный формат Tabtree. Это мой собственный изобретенный формат для записи графов знаний. Он позволяет еще более компактно сериализовывать графы знаний и подобно программному коду разбивать их на части.		Помимо непосредственно программирования, выяснилось, что хоть формат Turtle и легко читаем, кодировать на нем онтологию и редактировать части графа знаний не очень удобно. Поэтому я дополнительно использовал промежуточный формат Tabtree. Это мой собственный изобретенный формат для записи графов знаний. Он позволяет еще более компактно сериализовывать графы знаний и подобно программному коду разбивать их на части.
Строка 58:		Строка 58:
	[[Файл:repl_1.png\|thumb\|300px\|right\|REPL (Read-Eval-Print Loop) - интерактивная среда программирования с полным доступом к разрабатываемому коду, его переменным и функциям]]		[[Файл:repl_1.png\|thumb\|300px\|right\|REPL (Read-Eval-Print Loop) - интерактивная среда программирования с полным доступом к разрабатываемому коду, его переменным и функциям]]

	Работа с форматом Tabtree проводилась в том же редакторе кода Atom, где мною специально под данный формат был создан [~~плагин для подсветки синтаксиса](~~https://github.com/prozion/language-tabtree), делающий работу с кодом онтологий и графов знаний еще более удобной.		Работа с форматом Tabtree проводилась в том же редакторе кода Atom, где мною специально под данный формат был создан [https://github.com/prozion/language-tabtree плагин для подсветки синтаксиса], делающий работу с кодом онтологий и графов знаний еще более удобной.

	Запуск кода чтения и преобразования CSV в Tabtree, а затем в RDF/Turtle производился просто из линукс-консоли c загруженной REPL-сессией Clojure проекта.		Запуск кода чтения и преобразования CSV в Tabtree, а затем в RDF/Turtle производился просто из линукс-консоли c загруженной REPL-сессией Clojure проекта.

Denis.s: /* Выбор исходной базы данных */

2022-07-17T20:53:32Z

Выбор исходной базы данных

← Предыдущая версия		Версия от 23:53, 17 июля 2022
Строка 26:		Строка 26:
	[[Файл:СССЧ_1.png\|thumb\|300px\|right\|Фрагмент Системной схемы старения человека. Узлы диаграммы и связи между узлами имеют разные типы, это показано различиями в их закраске. При клике мышкой на узле появляется всплывающее окно с более подробной информацией по выбранному узлу]]		[[Файл:СССЧ_1.png\|thumb\|300px\|right\|Фрагмент Системной схемы старения человека. Узлы диаграммы и связи между узлами имеют разные типы, это показано различиями в их закраске. При клике мышкой на узле появляется всплывающее окно с более подробной информацией по выбранному узлу]]

	В качестве компактного, но актуального источника фактов я выбрал [Системную схему старения человека (СССЧ)]~~(http://sciencevsaging.org/)~~. СССЧ представляет из себя диаграмму, где в графическом виде показано, как в организме человека связаны различные патологические процессы, ведущие к старению и смерти.		В качестве компактного, но актуального источника фактов я выбрал [http://sciencevsaging.org Системную схему старения человека (СССЧ)]. СССЧ представляет из себя диаграмму, где в графическом виде показано, как в организме человека связаны различные патологические процессы, ведущие к старению и смерти.

	В графической диаграмме, как таковой, уже содержится информация о сущностях и их взаимосвязях. Однако визуальное представление дополнительно к своим достоинствам имеет и ряд недостатков. Например, такую диаграмму не так легко редактировать, сохранять историю изменений и версии, а также разбивать работу над схемой на несколько веток. Еще сложнее соединять результаты независимой работы из разных веток, по аналогии с практиками, принятыми в разработке программного обеспечения. Расширение схемы, добавление на нее новых типов данных, таких как ссылки на соответствующие исследования, также требует большого количества работы		В графической диаграмме, как таковой, уже содержится информация о сущностях и их взаимосвязях. Однако визуальное представление дополнительно к своим достоинствам имеет и ряд недостатков. Например, такую диаграмму не так легко редактировать, сохранять историю изменений и версии, а также разбивать работу над схемой на несколько веток. Еще сложнее соединять результаты независимой работы из разных веток, по аналогии с практиками, принятыми в разработке программного обеспечения. Расширение схемы, добавление на нее новых типов данных, таких как ссылки на соответствующие исследования, также требует большого количества работы

Denis.s в 20:48, 17 июля 2022

2022-07-17T20:48:04Z

← Предыдущая версия		Версия от 23:48, 17 июля 2022
Строка 84:		Строка 84:
	Данный редактор способен отображать списки элементов графа и классы онтологии, и даже показывать графически части графа знаний, как видно ниже на скриншоте.		Данный редактор способен отображать списки элементов графа и классы онтологии, и даже показывать графически части графа знаний, как видно ниже на скриншоте.

	[[Файл:webprotege_1.png\|thumb\|~~500px~~\|right\|Онлайн редактор онтологий Webprotege. Слева панель со списком экземпляров (изначально узлов диаграммы - патологических процессов), справа - визуализация части схемы, начинающейся с процесса 'Кальцификация миоцитов'. Все остальные связи между узлами, кроме причинно-следственной (followsTo) отфильтрованы для ясности визуализации]]		[[Файл:webprotege_1.png\|thumb\|300px\|right\|Онлайн редактор онтологий Webprotege. Слева панель со списком экземпляров (изначально узлов диаграммы - патологических процессов), справа - визуализация части схемы, начинающейся с процесса 'Кальцификация миоцитов'. Все остальные связи между узлами, кроме причинно-следственной (followsTo) отфильтрованы для ясности визуализации]]

	==== GraphDB ====		==== GraphDB ====

Denis.s в 20:46, 17 июля 2022

2022-07-17T20:46:54Z

Внесённые изменения

Denis.s в 20:45, 17 июля 2022

2022-07-17T20:45:13Z

← Предыдущая версия		Версия от 23:45, 17 июля 2022
Строка 35:		Строка 35:

	=== Обработка данных, содержащихся в СССЧ ===		=== Обработка данных, содержащихся в СССЧ ===

			[[Файл:process_hasd.clj.png\|thumb\|500px\|right\|Пример кода на языке Clojure, конвертирующего исходный CSV файл в файл RDF графа знаний]]

	Конечно, программисту требуется не картинка, а то, что можно обработать программным кодом - цифровая последовательность чего-либо: символов, пикселов и т.д. Схема старения предусматривает сериализацию, то есть представление диаграммы в виде текстового кода. Веб-страница СССЧ представляет данные в формате JSON, их можно увидеть, открыв код страницы в браузере нажатием клавиш `Ctrl-U`. Однако я использовал сериализацию последней версии CCCЧ 67.3 в файлах формата CSV, любезно предоставленных мне Алексеем Алексеевым.		Конечно, программисту требуется не картинка, а то, что можно обработать программным кодом - цифровая последовательность чего-либо: символов, пикселов и т.д. Схема старения предусматривает сериализацию, то есть представление диаграммы в виде текстового кода. Веб-страница СССЧ представляет данные в формате JSON, их можно увидеть, открыв код страницы в браузере нажатием клавиш `Ctrl-U`. Однако я использовал сериализацию последней версии CCCЧ 67.3 в файлах формата CSV, любезно предоставленных мне Алексеем Алексеевым.
Строка 48:		Строка 50:
	Как язык программирования я использовал язык [Clojure](https://clojure.org/), кодирование производил в редакторе кода [Atom](https://atom.io/). Clojure удобен тем, что тесно интегрирован с экосистемой языка Java, на котором имеется богатая коллекция библиотек и приложений, работающих с RDF графами. Помимо этого, Clojure сам по себе является элегантным и эффективным языком, поддерживающим функциональную парадигму программирования, которая ускоряет время разработки и идеально подходит для задач преобразования данных.		Как язык программирования я использовал язык [Clojure](https://clojure.org/), кодирование производил в редакторе кода [Atom](https://atom.io/). Clojure удобен тем, что тесно интегрирован с экосистемой языка Java, на котором имеется богатая коллекция библиотек и приложений, работающих с RDF графами. Помимо этого, Clojure сам по себе является элегантным и эффективным языком, поддерживающим функциональную парадигму программирования, которая ускоряет время разработки и идеально подходит для задач преобразования данных.

	[[Файл:~~process_hasd.clj~~.png\|thumb\|500px\|right\|Пример кода ~~на языке Clojure, конвертирующего исходный CSV файл~~ в ~~файл RDF графа знаний~~]]		[[Файл:tabtree_1.png\|thumb\|500px\|right\|Пример кода Tabtree с подсветкой синтаксиса в редакторе Atom. Файл онтологии Схемы старения]]


	Помимо непосредственно программирования, выяснилось, что хоть формат Turtle и легко читаем, кодировать на нем онтологию и редактировать части графа знаний не очень удобно. Поэтому я дополнительно использовал промежуточный формат Tabtree. Это мой собственный изобретенный формат для записи графов знаний. Он позволяет еще более компактно сериализовывать графы знаний и подобно программному коду разбивать их на части.		Помимо непосредственно программирования, выяснилось, что хоть формат Turtle и легко читаем, кодировать на нем онтологию и редактировать части графа знаний не очень удобно. Поэтому я дополнительно использовал промежуточный формат Tabtree. Это мой собственный изобретенный формат для записи графов знаний. Он позволяет еще более компактно сериализовывать графы знаний и подобно программному коду разбивать их на части.
Строка 56:		Строка 57:

	Работа с форматом Tabtree проводилась в том же редакторе кода Atom, где мною специально под данный формат был создан [плагин для подсветки синтаксиса](https://github.com/prozion/language-tabtree), делающий работу с кодом онтологий и графов знаний еще более удобной.		Работа с форматом Tabtree проводилась в том же редакторе кода Atom, где мною специально под данный формат был создан [плагин для подсветки синтаксиса](https://github.com/prozion/language-tabtree), делающий работу с кодом онтологий и графов знаний еще более удобной.

	[[Файл:tabtree_1.png\|thumb\|500px\|right\|Пример кода Tabtree с подсветкой синтаксиса в редакторе Atom. Файл онтологии Схемы старения]]

	Запуск кода чтения и преобразования CSV в Tabtree, а затем в RDF/Turtle производился просто из линукс-консоли c загруженной REPL-сессией Clojure проекта.		Запуск кода чтения и преобразования CSV в Tabtree, а затем в RDF/Turtle производился просто из линукс-консоли c загруженной REPL-сессией Clojure проекта.
Строка 85:		Строка 84:
	Данный редактор способен отображать списки элементов графа и классы онтологии, и даже показывать графически части графа знаний, как видно ниже на скриншоте.		Данный редактор способен отображать списки элементов графа и классы онтологии, и даже показывать графически части графа знаний, как видно ниже на скриншоте.

	[[Файл:webprotege_1.png\|thumb\|~~700px~~\|right\|Онлайн редактор онтологий Webprotege. Слева панель со списком экземпляров (изначально узлов диаграммы - патологических процессов), справа - визуализация части схемы, начинающейся с процесса 'Кальцификация миоцитов'. Все остальные связи между узлами, кроме причинно-следственной (followsTo) отфильтрованы для ясности визуализации]]		[[Файл:webprotege_1.png\|thumb\|500px\|right\|Онлайн редактор онтологий Webprotege. Слева панель со списком экземпляров (изначально узлов диаграммы - патологических процессов), справа - визуализация части схемы, начинающейся с процесса 'Кальцификация миоцитов'. Все остальные связи между узлами, кроме причинно-следственной (followsTo) отфильтрованы для ясности визуализации]]

	==== GraphDB ====		==== GraphDB ====

Denis.s в 20:44, 17 июля 2022

2022-07-17T20:44:07Z

← Предыдущая версия		Версия от 23:44, 17 июля 2022
Строка 23:		Строка 23:

	=== Выбор исходной базы данных ===		=== Выбор исходной базы данных ===

			[[Файл:СССЧ_1.png\|thumb\|500px\|right\|Фрагмент Системной схемы старения человека. Узлы диаграммы и связи между узлами имеют разные типы, это показано различиями в их закраске. При клике мышкой на узле появляется всплывающее окно с более подробной информацией по выбранному узлу]]

	В качестве компактного, но актуального источника фактов я выбрал [Системную схему старения человека (СССЧ)](http://sciencevsaging.org/). СССЧ представляет из себя диаграмму, где в графическом виде показано, как в организме человека связаны различные патологические процессы, ведущие к старению и смерти.		В качестве компактного, но актуального источника фактов я выбрал [Системную схему старения человека (СССЧ)](http://sciencevsaging.org/). СССЧ представляет из себя диаграмму, где в графическом виде показано, как в организме человека связаны различные патологические процессы, ведущие к старению и смерти.

	[[Файл:СССЧ_1.png\|thumb\|600px\|left\|Фрагмент Системной схемы старения человека. Узлы диаграммы и связи между узлами имеют разные типы, это показано различиями в их закраске. При клике мышкой на узле появляется всплывающее окно с более подробной информацией по выбранному узлу]]

	В графической диаграмме, как таковой, уже содержится информация о сущностях и их взаимосвязях. Однако визуальное представление дополнительно к своим достоинствам имеет и ряд недостатков. Например, такую диаграмму не так легко редактировать, сохранять историю изменений и версии, а также разбивать работу над схемой на несколько веток. Еще сложнее соединять результаты независимой работы из разных веток, по аналогии с практиками, принятыми в разработке программного обеспечения. Расширение схемы, добавление на нее новых типов данных, таких как ссылки на соответствующие исследования, также требует большого количества работы		В графической диаграмме, как таковой, уже содержится информация о сущностях и их взаимосвязях. Однако визуальное представление дополнительно к своим достоинствам имеет и ряд недостатков. Например, такую диаграмму не так легко редактировать, сохранять историю изменений и версии, а также разбивать работу над схемой на несколько веток. Еще сложнее соединять результаты независимой работы из разных веток, по аналогии с практиками, принятыми в разработке программного обеспечения. Расширение схемы, добавление на нее новых типов данных, таких как ссылки на соответствующие исследования, также требует большого количества работы
Строка 57:		Строка 57:
	Работа с форматом Tabtree проводилась в том же редакторе кода Atom, где мною специально под данный формат был создан [плагин для подсветки синтаксиса](https://github.com/prozion/language-tabtree), делающий работу с кодом онтологий и графов знаний еще более удобной.		Работа с форматом Tabtree проводилась в том же редакторе кода Atom, где мною специально под данный формат был создан [плагин для подсветки синтаксиса](https://github.com/prozion/language-tabtree), делающий работу с кодом онтологий и графов знаний еще более удобной.

	[[Файл:tabtree_1.png\|thumb\|~~400px~~\|~~left~~\|Пример кода Tabtree с подсветкой синтаксиса в редакторе Atom. Файл онтологии Схемы старения]]		[[Файл:tabtree_1.png\|thumb\|500px\|right\|Пример кода Tabtree с подсветкой синтаксиса в редакторе Atom. Файл онтологии Схемы старения]]

	Запуск кода чтения и преобразования CSV в Tabtree, а затем в RDF/Turtle производился просто из линукс-консоли c загруженной REPL-сессией Clojure проекта.		Запуск кода чтения и преобразования CSV в Tabtree, а затем в RDF/Turtle производился просто из линукс-консоли c загруженной REPL-сессией Clojure проекта.
Строка 75:		Строка 75:
	* классификация по уровню системы, на которой мы можем локализовать патологический процесс.		* классификация по уровню системы, на которой мы можем локализовать патологический процесс.

	[[Файл:classification_by_pathology_level.png\|thumb\|~~600px~~\|~~left~~\|Классификация по уровню системы, как она задана в файле онтологии]]		[[Файл:classification_by_pathology_level.png\|thumb\|500px\|right\|Классификация по уровню системы, как она задана в файле онтологии]]

	=== Пример работы с графом знаний ===		=== Пример работы с графом знаний ===
Строка 91:		Строка 91:
	К сожалению, Webprotege не позволяет делать запросы к графу знаний. Для этого следует воспользоваться другим бесплатным приложением, [https://www.ontotext.com/products/graphdb/graphdb-free/ GraphDB]		К сожалению, Webprotege не позволяет делать запросы к графу знаний. Для этого следует воспользоваться другим бесплатным приложением, [https://www.ontotext.com/products/graphdb/graphdb-free/ GraphDB]

	[[Файл:graphdb_3.png\|thumb\|~~700px~~\|~~left~~\|Интерфейс GraphDB, доступный через браузер]]		[[Файл:graphdb_3.png\|thumb\|500px\|right\|Интерфейс GraphDB, доступный через браузер]]

	GraphDB устанавливается локально на компьютере и предоставляет доступ к своему пользовательскому интерфейсу через браузер, запуская локальный сервер (localhost). Но при необходимости командной работы, возможно настроить доступ к одному и тому же графу знаний через интернет. Я сделал это на своем арендуемом сервере VDS (Virtual Dedicated Server) на котором имеется операционная система Linux Ubuntu с возможностью установки любых приложений. Доступ к интефейсу работает по адресу https://demo.denis-shirshov.ru/graphdb. Там можно проверить изложенные далее примеры или составить собственные SPARQL запросы к графу знаний СССЧ.		GraphDB устанавливается локально на компьютере и предоставляет доступ к своему пользовательскому интерфейсу через браузер, запуская локальный сервер (localhost). Но при необходимости командной работы, возможно настроить доступ к одному и тому же графу знаний через интернет. Я сделал это на своем арендуемом сервере VDS (Virtual Dedicated Server) на котором имеется операционная система Linux Ubuntu с возможностью установки любых приложений. Доступ к интефейсу работает по адресу https://demo.denis-shirshov.ru/graphdb. Там можно проверить изложенные далее примеры или составить собственные SPARQL запросы к графу знаний СССЧ.
Строка 99:		Строка 99:
	Допустим, нужно найти все переходы, где начальный и конечный процессы принадлежат различным системам организма и при этом оба они происходят на тканевом уровне. Вот как это будет выглядеть в интерфейсе GraphDB		Допустим, нужно найти все переходы, где начальный и конечный процессы принадлежат различным системам организма и при этом оба они происходят на тканевом уровне. Вот как это будет выглядеть в интерфейсе GraphDB

	[[Файл:graphdb_1.png\|thumb\|~~700px~~\|right\|Интерфейс ввода SPARQL запросов в приложении GraphDB: Слева располагается панель редактора SPARQL с развитым функционалом редактирования и сохранения запросов, что существенно превосходит возможности "классики жанра" – окна редактирования SPARQL в редакторе онтологий Protege (десктопная версия). Справа находится панель с результатом запроса в виде таблицы. Колонки таблицы задаются в самом запросе]]		[[Файл:graphdb_1.png\|thumb\|500px\|right\|Интерфейс ввода SPARQL запросов в приложении GraphDB: Слева располагается панель редактора SPARQL с развитым функционалом редактирования и сохранения запросов, что существенно превосходит возможности "классики жанра" – окна редактирования SPARQL в редакторе онтологий Protege (десктопная версия). Справа находится панель с результатом запроса в виде таблицы. Колонки таблицы задаются в самом запросе]]

	Как видно, на данный запрос нашлось три перехода. Посмотрим теперь сколько переходов будет если мы потребуем не точного совпадения по тканевому уровню, а лишь ограничим локализацию тканевым уровнем. То есть также попадут процессы, соответствующие клеточному, ядерному и т.д. уровням, то есть уровням более локальным, нежели тканевой.		Как видно, на данный запрос нашлось три перехода. Посмотрим теперь сколько переходов будет если мы потребуем не точного совпадения по тканевому уровню, а лишь ограничим локализацию тканевым уровнем. То есть также попадут процессы, соответствующие клеточному, ядерному и т.д. уровням, то есть уровням более локальным, нежели тканевой.
Строка 107:		Строка 107:
	Благодаря логическому выводу, вместо трех мы получаем уже пять результатов:		Благодаря логическому выводу, вместо трех мы получаем уже пять результатов:

	[[Файл:graphdb_2.png\|thumb\|~~700px~~\|right\|Запрос с включением логически выведенных данных в результат. Переключение в этот режим происходит при клике на иконке с двойной стрелкой в правой части панели редактора SPARQL запрос]]<br />		[[Файл:graphdb_2.png\|thumb\|500px\|right\|Запрос с включением логически выведенных данных в результат. Переключение в этот режим происходит при клике на иконке с двойной стрелкой в правой части панели редактора SPARQL запрос]]<br />

	===Приложения для работы с графами знаний===		===Приложения для работы с графами знаний===