Редактирование:
Биологические базы данных
Перейти к навигации
Перейти к поиску
Внимание:
Вы не вошли в систему. Ваш IP-адрес будет общедоступен, если вы запишете какие-либо изменения. Если вы
войдёте
или
создадите учётную запись
, её имя будет использоваться вместо IP-адреса, наряду с другими преимуществами.
Анти-спам проверка.
Не
заполняйте это!
'''Биологические базы данных (ББД)''' − база данных, содержащие информацию, полученную в результате биологических экспериментов или клинических исследований. Зачастую включают данные по последовательностям или структурам биологических молекул. == Крупные центры биологических БД == * США: [[NCBI]], * Европа: [[EMBL-EBI]] * Япония: [[NBDC]] ==Типы баз данных== ===Библиографические и реферативные базы данных=== * [[Base]] [http://base-search.net] − Сервис поиска научных публикаций * [[ELibrary]] [http://elibrary.ru] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке * [[Embase]] [http://elsevier.com/solutions/embase-biomedical-research] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе * [[Google_Scholar]] [http://scholar.google.com] − Поисковик по научным статьям * [[Lens]] [http://lens.org/lens/biological_search] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей * [[OATD]] [http://oatd.org] − Поисковик по диссертациям * [[OpenDOAR]] [http://v2.sherpa.ac.uk/opendoar/search.html] − База данных репозиториев научных работ * [[ProQuest]] [http://proquest.com] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными * [[PubMed]] [http://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах * [[Scopus]] [http://scopus.com] − База данных абстрактов статей и рефератов * [[Web_of_Science]] [http://sclarivate.com/webofsciencegroup/solutions/web-of-science] − База данных абстрактов статей ===Базы данных последовательностей ДНК=== * [[DDBJ]] [http://ddbj.nig.ac.jp] − Коллекция последовательностей нуклеотидов * [[ENA]] [http://ebi.ac.uk/ena/browser] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей * [[GenBank]] [http://ncbi.nlm.nih.gov] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов * [[RefSeq]] [http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей ===Базы данных последовательности белков=== * [[PIR]] [http://proteininformationresource.org] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка * [[UniProtKB]] [http://uniprot.org] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков ===Базы данных 3D структур=== * [[CCDC]] [http://ccdc.cam.ac.uk] − База данных кристаллических структур малых молекул * [[EMDB]] [http://ebi.ac.uk/pdbe/emdb] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур * [[PDB]] [http://rcsb.org] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот ===Базы данных химических соединений=== * [[CAS]] [http://cas.org] − База данных химических веществ * [[CSDB]] [http://csdb.glycoscience.ru/database] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными * [[PubChem]] [http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov] − База данных структуры и активности химических структур * [[Reaxys]] − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе ===Базы данных геномов и аннотаций=== * [[Ensembl]] [http://ensembl.org] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов * [[NCBI_Genome]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/genome] − Геномная база данных * [[UCSC_Genome_Browser]] [http://genome.ucsc.edu] − Браузер человеческого генома ===Базы данных вариаций генома=== * [[ClinVar]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/clinvar] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека * [[DbSNP]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/snp] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов ([[SNP]]) * [[DbVar]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/dbvar] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций * [[OMIM]] [http://omim.org] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств ===Базы данных геном-фенотип=== * [[DbGaP]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/gap] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей * [[ICGC]] [http://dcc.icgc.org] − Наборы данных по онкогеномике ===Базы данных взаимодействий=== * [[DrugBank]] [http://go.drugbank.com] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях * [[Kalium]] [http://kaliumdb.org] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов * [[MINT]] [http://mint.bio.uniroma2.it] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой * [[STRING]] [http://string-db.org] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий ===Базы данных сигнальных путей=== * [[KEGG]] [http://kegg.jp] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ * [[Reactome]] [http://reactome.org] − База данных биологических путей * [[WikiPathways]] [http://wikipathways.org] − Вики, посвященная биологическим путям ===Базы данных секвенирования=== * [[SRA]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/sra] − База данных высокопроизводительного секвенирования ===Базы данных заболеваний и меицинской информации=== * [[ClinicalTrials]] [http://clinicaltrials.gov] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях * [[Pharma_Intelligence]] − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии ===Базы данных по экспрессии генов/гистологии=== * [[Expression_Atlas]] [http://ebi.ac.uk/gxa/home] − База данных генов и белковой экспресии * [[Human_Protein_Atlas]] [http://proteinatlas.org] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам ===Базы данных по таксономии=== * [[NCBI_Taxonomy_Browser]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi] − База данных по таксономиям ===Поисковые движки по биологическим базам данных=== * [[Expasy]] [http://expasy.org] − Портал для биологических баз данных и инструментов <br> * '''[[Список биологических баз данных|Полный список биологических баз данных]]''' == Журналы, публикующие обзоры по ББД == * [[Database]] * [[Nucleic Acid Research]] == Ссылки == * [https://youtube.com/watch?v=a1Cyu7xwiVg Лекция про ББД в курсе "Введение в биоинформатику", МГУ] [[Список биологических баз данных|Полный список биологических баз данных]]
Описание изменений:
Пожалуйста, учтите, что любой ваш вклад в проект «hpluswiki» может быть отредактирован или удалён другими участниками. Если вы не хотите, чтобы кто-либо изменял ваши тексты, не помещайте их сюда.
Вы также подтверждаете, что являетесь автором вносимых дополнений, или скопировали их из источника, допускающего свободное распространение и изменение своего содержимого (см.
Hpluswiki:Авторские права
).
НЕ РАЗМЕЩАЙТЕ БЕЗ РАЗРЕШЕНИЯ ОХРАНЯЕМЫЕ АВТОРСКИМ ПРАВОМ МАТЕРИАЛЫ!
Отменить
Справка по редактированию
(в новом окне)
Навигация
Персональные инструменты
Вы не представились системе
Обсуждение
Вклад
Создать учётную запись
Войти
Пространства имён
Статья
Обсуждение
русский
Просмотры
Читать
Править
История
Ещё
Навигация
Начало
Свежие правки
Случайная страница
Инструменты
Ссылки сюда
Связанные правки
Служебные страницы
Сведения о странице
Дополнительно
Как редактировать
Вики-разметка
Telegram
Вконтакте
backup