Редактирование: Deus Ex (раздел)

=== Сюжет ===
{{Спойлер|DX}}В игре есть несколько точек принятия решений, влияющих на последующий сюжет. Основные из них, с вариантами при каждом выборе, описаны здесь.
Одна из операций NSF заканчивается крупным успехом — террористы отбивают несколько контейнеров с амброзией и при отступлении захватывают остров Свободы. [[Джей-Си Дентон|Джей-Си]] поручают захватить в плен их лидера и освободить захваченного ими спецагента UNATCO [[Гюнтер Германн|Гюнтера Германна]]. Дентон добирается до лидера, но тот не оказывает сопротивления и рассказывает свою версию происходящего — по его версии NSF распределяет вакцину обычным людям, а эпидемию распространило само правительство.
Следующим заданием Джей-Си становится уничтожение электроподстанции, захваченной террористами в Нью-Йорке, а на поиски амброзии отправляют его старшего брата — [[Пол Дентон|Пола Дентона]]. Совместно с другим спецагентом, [[Анна Наварре|Анной Наварре]], Джей-Си находит и уничтожает подстанцию в [[Адская кухня|Адской кухне]]. Вернувшись в штаб UNATCO, он узнаёт из разговора главы UNATCO [[Джозеф Мандерли|Джозефа Мандерли]] с директором [[FEMA]] [[Уолтон Саймонс|Уолтоном Саймонсом]] о проблемах на миссии своего брата. Новое задание Джей-Си — найти похищенные контейнеры с амброзией, которые террористы собираются увезти из Нью-Йорка. Он начинает поиски в заброшенных туннелях метро, и они приводят его в аэропорт Ла Гардиа. Ему приказывают убить владельца самолёта с вакциной — [[Хуан Лебедев|Хуана Лебедева]], русского террориста, связанного с NSF.
Но у самолёта Джей-Си встречает своего брата. Пол признаётся, что давно работает на NSF, что «Серая Смерть» действительно создана людьми, а UNATCO фактически контролирует правительство, управляя поставками амброзии. Он просит Джей-Си поговорить с Лебедевым, который тоже работает против UNATCO. Однако в этот момент до Лебедева добирается и Анна Наварре, которая приказывает Джей-Си убить его. Игрок может подчиниться ей; поговорить с Лебедевым, который подтвердит слова Пола (тогда Лебедева убьёт Анна) или убить Анну.
Джей-Си возвращается в штаб UNATCO. Мандерли предупреждает, что в каждого из Дентонов был встроен особый имплантат, «[[Кнопка смерти]]» (англ. Killswitch), который будет запущен в случае выхода агента из-под контроля и убьёт его в течение суток. «Кнопка смерти» Пола уже запущена, а Джей-Си отправляют в [[Гонконг]] с заданием устранить партнёра Пола — учёного [[Трейсер Тонг|Трейсера Тонга]]. Но пилот вертолёта оказывается союзником Пола и привозит его на квартиру того в «Адской кухне». Там Пол просит брата проникнуть на базу NSF в Нью-Йорке, занятую войсками UNATCO, и отправить оттуда сигнал об опасности другим отделениям NSF и их союзникам. Когда Джей-Си делает это, Уолтон Саймонс объявляет его террористом, как брата. Когда Джей-Си возвращается к Полу, квартиру того штурмуют войска UNATCO во главе с «людьми в чёрном». От того, станет ли игрок защищать Пола или сбежит, зависит, выживет ли Пол после этого. В обоих случаях Джей-Си берут в плен.
Джей-Си приходит в сознание в камере в странном бункере. По радио с ним связывается некто, называющий себя [[Дедал]]ом (англ. Daedalus), и помогает ему сбежать. Джей-Си исследует комплекс и узнаёт, что тот принадлежит организации под названием [[Маджестик-12]] (англ. Majestic 12) и занимается исследованиями существ, созданных с помощью генной инженерии. Дентон находит своего брата (находящегося в плену или мёртвого, в зависимости от действий игрока на прошлом уровне) и узнаёт, что Трейсер Тонг может отключить «Кнопку смерти». Он выбирается из комплекса, который оказывается одним из уровней штаб-квартиры UNATCO, убивает Мандерли(в зависимости от действий игрока)и Анну Наварре (если не убил её раньше) и улетает в Гонконг.
В Гонконге Джей-Си узнаёт, что Тонг — глава триады «[[Сияющий путь]]» (англ. Luminous Path), которая ведёт войну с другой триадой — «[[Красная Стрела]]» (англ. Red Arrow). Противостояние началось после убийства главы «Красной стрелы» и кражи у него прототипа новейшего нанотехнологического меча «[[Зуб Дракона]]» (англ. Dragon’s Tooth), в чём обвинили «Сияющий путь». Тонг подозревает в этой провокации [[Мэгги Чоу]], бывшую актрису, ушедшую в политику. В её резиденции Джей-Си находит меч и выясняет, что Чоу работает на Маджестик-12 и спровоцировала войну триад, чтобы ослабить их и позволить войскам Маджестик-12 захватить Гонконг. После возвращения меча триады заключают перемирие, Тонг отключает «Кнопку смерти» Джей-Си и просит его добыть технологию производства меча из здания корпорации [[ВерсаЛайф]] (англ. VersaLife). Там Джей-Си находит не только схемы производства меча, но и главный бункер Маджестик-12 и выясняет, что её главой является известный мультимиллиардер и филантроп [[Боб Пейдж]]. Дентон находит и уничтожает «[[Универсальный конструктор]]» (англ. Universal Constructor) — нанотехнологический механизм, который и производил вирус «Серой Смерти», а также копирует код вируса. Исследовав этот код, Тонг делает вывод, что вирус создан с помощью технологий [[Иллюминаты|иллюминатов]] и отправляет Джей-Си в Нью-Йорк на встречу с их представителем — [[Стентон Доуд|Стентоном Доудом]]. В то же время [[Алекс Якобсон]], связист UNATCO, оставшийся верным Джей-Си, сообщает, что по его данным Дедал — это [[Искусственный интеллект|искусственный интеллект]], разработанный для системы [[Эшелон-4]], но вышедший из-под контроля создателей; а Тонг предупреждает, что на охоту за Дентоном отправлен лучший боец UNATCO Гюнтер Германн.
Доуд сообщает, что «Серой Смерти» произведено уже достаточно, чтобы заразить целый континент, и что сейчас все её запасы погружены на корабль, прибывший в Нью-Йорк с целью массового заражения США. Джей-Си устраивает диверсию, в результате которой корабль тонет, после чего снова встречается с Доудом. Тот рассказывает, что изначально вирус разрабатывался в исследовательских целях, а Боб Пейдж — бывший иллюминат. Разочаровавшись в целях общества, Пейдж основал собственную военизированную группировку «Маджестик-12» и украл у иллюминатов некоторые разработки, включая код вируса. Доуд сообщает, что иллюминаты разрабатывают лекарство от вируса и отправляет Джей-Си в Париж к их лидеру — [[Морган Эверетт|Моргану Эверетту]].
В парижских катакомбах идут бои между Маджестик-12 и подпольной организацией «Силуэт». Там с Дентоном связывается другой ИИ, созданный Маджестик-12 — «[[Икар]]» (англ. Icarus) и угрожает ему. Джей-Си находит [[Николетт Дюклэр]] — одного из лучших агентов Силуэта, мать которой состояла в иллюминатах и была знакома с Эвереттом. В заброшенном поместье Дюклэр они находят подземный коммуникационный центр и вызывают Эверетта, который отправляет Джей-Си за дополнительными данными о вирусе на базу Маджестик-12 в бывшем соборе тамплиеров. Там его перехватывает Гюнтер Германн, после битвы с которым Дентон скачивает данные и отправляется в штаб-квартиру иллюминатов. Оттуда Эверетт отправляет его на базу ВВС США Ванденберг, группа исследователей которой, известная как [[X-51]], пытается создать свой Универсальный Конструктор.
[[База Ванденберг]] оказывается захвачена войсками Маджестик-12. Джей-Си освобождает её и встречается с лидером X-51 [[Гэри Савадж]]ем (англ. Gary Savage), которому для завершения собственного УК нужны схемы из лаборатории Маджестик-12, расположенной на дне океана. Он отправляет за ними свою дочь Тиффани, после чего помогает подключить Дедала к компьютерной сети Пейджа в надежде получить информацию о Маджестик-12 и планах Пейджа. Однако сеть оказывается под контролем Икара и два искусственных интеллекта воссоединяются, создав новый ИИ — [[Гелиос]] (англ. Helios), подконтрольный Пейджу. После этого Пейдж выходит на связь, сообщает, что Тиффани захвачена его войсками, и требует в обмен на её возвращение передать ему компоненты УК Саважа. В точке обмена Джей-Си спасает Тиффани (или же нет), после чего отправляется вместо неё на батискафе в океаническую лабораторию. Но перед этим неизвестный агент иллюминатов совершает в ней диверсию, после которой там воцаряется хаос с включенными системами уничтожения всего живого и экспериментальными существами, вырвавшимися на волю. Дентон находит и загружает схемы, после чего Пейдж угрожает уничтожить Ванденберг ядерной ракетой, а в комплекс прибывает сам Уолтон Саймонс, оснащённый новейшими аугментациями. Его можно убить, либо убежать. Во втором случае он встретится в Зоне 51 перед входом в бункер. После возвращения из лаборатории Саваж предлагает перенаправить ракету на Зону 51, где находится главная база Пейджа. Джей-Си проникает на захваченную Маджестик-12 ракетную базу и отправляет ракету, после чего сам отправляется в Зону 51.
В бункере под Зоной 51 раскрывается конечная цель Пейджа. Он создал маршрутизатор [[Аквинас]] (англ. Aquinas), позволяющий контролировать глобальную коммуникационную сеть. Он хочет перевести своё сознание в электронную форму и объединиться с Гелиосом, после чего посредством Аквинаса установить полный контроль над всем миром. В таком состоянии он сможет всё: узнавать о событиях в любой точке света, создавать любые объекты, даже новые формы жизни, с помощью сети Универсальных Конструкторов; станет бессмертным.
С Джей-Си связываются Морган Эверетт, Трейсер Тонг и сам Гелиос. Все они хотят остановить Пэйджа, но каждый предлагает своё решение проблемы. Эверетт предлагает передать Зону 51 под контроль Иллюминатов и дать им править миром невидимой рукой. Тонг просит разрушить Аквинас, уничтожив тем самым глобальную сеть и отбросив человечество в развитии на несколько веков назад, чтобы никому не удалось захватить власть над миром. Гелиос хочет интегрироваться с Джей-Си вместо Пейджа и начать идеальное, абсолютно разумное правление миром. Игрок может выбрать любой из этих способов. После каждого выбора идёт свой финальный ролик и цитата после него:
* Новые Тёмные Века
:* «''Вчера мы подчинялись королям и преклонялись перед императорами. Завтра мы встанем на колени только перед Истиной''». (Халиль Джебран)
* Победа Иллюминатов
:* «''Лучше господствовать в Аду, чем прислуживать в Раю''». (Джон Мильтон, Потерянный рай)
* Концовка Гелиоса
:* «''Если бы Бога не было, его надо было бы выдумать''». (Вольтер)
Описание	Что вы вводите	Что вы получаете
Курсив	''Курсивное начертание''	Курсивное начертание
Полужирный	'''Полужирное начертание'''	Полужирное начертание
Полужирный курсив	'''''Полужирный курсив'''''	Полужирный курсив