Редактирование: Биологические базы данных

'''Биологические базы данных (ББД)''' − база данных, содержащие информацию, полученную в результате биологических экспериментов или клинических исследований. Зачастую включают данные по последовательностям или структурам биологических молекул.

== Крупные центры биологических БД ==
* США: [[NCBI]], 
* Европа: [[EMBL-EBI]]
* Япония: [[NBDC]]

==Типы баз данных==

===Библиографические и реферативные базы данных===
* [[Base]] [http://base-search.net] − Сервис поиска научных публикаций
* [[ELibrary]] [http://elibrary.ru] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке
* [[Embase]] [http://elsevier.com/solutions/embase-biomedical-research] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе
* [[Google_Scholar]] [http://scholar.google.com] − Поисковик по научным статьям
* [[Lens]] [http://lens.org/lens/biological_search] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей
* [[OATD]] [http://oatd.org] − Поисковик по диссертациям
* [[OpenDOAR]] [http://v2.sherpa.ac.uk/opendoar/search.html] − База данных репозиториев научных работ
* [[ProQuest]] [http://proquest.com] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными
* [[PubMed]] [http://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах
* [[Scopus]] [http://scopus.com] − База данных абстрактов статей и рефератов
* [[Web_of_Science]] [http://sclarivate.com/webofsciencegroup/solutions/web-of-science] − База данных абстрактов статей

===Базы данных последовательностей ДНК===
* [[DDBJ]] [http://ddbj.nig.ac.jp] − Коллекция последовательностей нуклеотидов
* [[ENA]] [http://ebi.ac.uk/ena/browser] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей
* [[GenBank]] [http://ncbi.nlm.nih.gov] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов
* [[RefSeq]] [http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей

===Базы данных последовательности белков===
* [[PIR]] [http://proteininformationresource.org] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка
* [[UniProtKB]] [http://uniprot.org] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков

===Базы данных 3D структур===
* [[CCDC]] [http://ccdc.cam.ac.uk] − База данных кристаллических структур малых молекул
* [[EMDB]] [http://ebi.ac.uk/pdbe/emdb] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур
* [[PDB]] [http://rcsb.org] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот

===Базы данных химических соединений===
* [[CAS]] [http://cas.org] − База данных химических веществ
* [[CSDB]] [http://csdb.glycoscience.ru/database] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными
* [[PubChem]] [http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov] − База данных структуры и активности химических структур
* [[Reaxys]] − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе

===Базы данных геномов и аннотаций===
* [[Ensembl]] [http://ensembl.org] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов
* [[NCBI_Genome]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/genome] − Геномная база данных
* [[UCSC_Genome_Browser]] [http://genome.ucsc.edu] − Браузер человеческого генома

===Базы данных вариаций генома===
* [[ClinVar]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/clinvar] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека
* [[DbSNP]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/snp] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов ([[SNP]])
* [[DbVar]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/dbvar] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций
* [[OMIM]] [http://omim.org] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств

===Базы данных геном-фенотип===
* [[DbGaP]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/gap] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей
* [[ICGC]] [http://dcc.icgc.org] − Наборы данных по онкогеномике

===Базы данных взаимодействий===
* [[DrugBank]] [http://go.drugbank.com] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях
* [[Kalium]] [http://kaliumdb.org] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов
* [[MINT]] [http://mint.bio.uniroma2.it] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой
* [[STRING]] [http://string-db.org] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий

===Базы данных сигнальных путей===
* [[KEGG]] [http://kegg.jp] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ
* [[Reactome]] [http://reactome.org] − База данных биологических путей
* [[WikiPathways]] [http://wikipathways.org] − Вики, посвященная биологическим путям

===Базы данных секвенирования===
* [[SRA]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/sra] − База данных высокопроизводительного секвенирования

===Базы данных заболеваний и меицинской информации===
* [[ClinicalTrials]] [http://clinicaltrials.gov] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях
* [[Pharma_Intelligence]] − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии

===Базы данных по экспрессии генов/гистологии===
* [[Expression_Atlas]] [http://ebi.ac.uk/gxa/home] − База данных генов и белковой экспресии
* [[Human_Protein_Atlas]] [http://proteinatlas.org] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам

===Базы данных по таксономии===
* [[NCBI_Taxonomy_Browser]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi] − База данных по таксономиям

===Поисковые движки по биологическим базам данных===
* [[Expasy]] [http://expasy.org] − Портал для биологических баз данных и инструментов
<br>
* '''[[Список биологических баз данных|Полный список биологических баз данных]]'''

== Журналы, публикующие обзоры по ББД ==
* [[Database]]
* [[Nucleic Acid Research]]

== Ссылки ==
* [https://youtube.com/watch?v=a1Cyu7xwiVg Лекция про ББД в курсе "Введение в биоинформатику", МГУ]

[[Список биологических баз данных|Полный список биологических баз данных]]