Редактирование:
Список биологических баз данных
Перейти к навигации
Перейти к поиску
Внимание:
Вы не вошли в систему. Ваш IP-адрес будет общедоступен, если вы запишете какие-либо изменения. Если вы
войдёте
или
создадите учётную запись
, её имя будет использоваться вместо IP-адреса, наряду с другими преимуществами.
Анти-спам проверка.
Не
заполняйте это!
==Список биологических баз данных== * [[AAindex]] [http://genome.jp/aaindex] − База данных индексов, мутационных матриц и парных контактных потенциалов аминокислот * [[AgeLine]] − База данных с подробными описаниями публикаций о пожилых людях и старении * [[ArrayExpress]] [http://ebi.ac.uk/arrayexpress/browse.html] − Данные высокопродуктивных экспериментов функциональной геномики * [[Base]] [http://base-search.net] − Сервис поиска научных публикаций * [[Bgee]] [http://bgee.org] − База данных для получения и сравнения паттернов генной экспрессии у многих видов животных * [[BioGRID]] [http://thebiogrid.org] − База данных белок-белковых, генетических и химический взаимодействий * [[Biomodels]] [http://ebi.ac.uk/biomodels] − Ресурс с опубликованными математическими моделями, описывающими биологические процессы * [[BioStudies]] [http://ebi.ac.uk/biostudies/studies] − Описания биологических исследований, ссылки на данные эти исследований в других базах данных EMBL-EBI * [[BOLD]] [http://barcodinglife.org] − Платформа, посвященная баркодам ДНК * [[BRENDA]] [http://brenda-enzymes.org] − База данных с молекулярной и биохимической информацией об энзимах * [[CAS]] [http://cas.org] − База данных химических веществ * [[CATH]] [http://cathdb.info] − База данных белковых доменов * [[CCDC]] [http://ccdc.cam.ac.uk] − База данных кристаллических структур малых молекул * [[Cellosaurus]] [http://web.expasy.org/cellosaurus] − База знаний по линиям клеточного развития * [[ClinicalTrials]] [http://clinicaltrials.gov] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях * [[ClinVar]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/clinvar] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека * [[COG]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/research/cog] − База данных кластеров ортологичных генов * [[ConsensusPathDB]] [http://consensuspathdb.org] − База данных, бинарных и сложные белок-белковых, генетических, метаболических, сигнальных, генных регуляторных сетей взаимодействия, а также взаимодействий лекарство-мишень и биохимических путей * [[COSMIC]] [http://cancer.sanger.ac.uk] − База данных соматически приобретенных мутаций, обнаруженных в злокачественных опухолях человека * [[CSDB]] [http://csdb.glycoscience.ru/database] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными * [[CTD]] [http://ctdbase.org] − Сайт с научными данными, описывающими связи между химикалиями/лекарствами, генами/белками, болезнями, такоснами, фенотипами, GO-аннотациями, путями и модулями взаимодействия * [[Database_of_Macromolecular_Movements]] [http://molmovdb.org] − База данных движений, происходящих в белках и других макромолекулах * [[DbGaP]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/gap] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей * [[DbSNP]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/snp] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов ([[SNP]]) * [[DbVar]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/dbvar] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций * [[DDBJ]] [http://ddbj.nig.ac.jp] − Коллекция последовательностей нуклеотидов * [[DIP]] [http://dip.doe-mbi.ucla.edu] − Каталог экспериментально определенных взаимодействий между белками * [[DiProDB]] [http://diprodb.fli-leibniz.de] − База данных, собирающая и анализирующая термодинамические, структурные и другие свойства динуклеотидов * [[DisProt]] [http://disprot.org] − Коллекция внутренне неструктурированных белков * [[DrugBank]] [http://go.drugbank.com] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях * [[Dryad]] [http://datadryad.org] − Открытый репозиторий исследовательских данных * [[EGA]] [http://ega-archive.org/datasets] − Сервис для хранения и публикации всех типов персональных генетических и фенотипических данных, получаемых в биомедицинских исследовательских проектах * [[ELibrary]] [http://elibrary.ru] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке * [[EMAGE]] [http://emouseatlas.org/emage] − База данных экспрессии генов в мышином эмбрионе * [[Embase]] [http://elsevier.com/solutions/embase-biomedical-research] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе * [[EMBL-EBI]] [http://ebi.ac.uk] − Универсальный поисковик по названиям белков и другим терминам * [[EMDB]] [http://ebi.ac.uk/pdbe/emdb] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур * [[ENA]] [http://ebi.ac.uk/ena/browser] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей * [[ENCODE]] [http://encodeproject.org] − Геномные и транскриптомные аннотации * [[Ensembl]] [http://ensembl.org] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов * [[Entrez]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/search/] − База данных, предоставляющая доступ к нуклеотидным и аминокислотным последовательностям, геноцентричной и геномной информации, данным по трехмерным структурам и т.д. * [[EPD]] [http://epd.epfl.ch] − База данных по эукариотическим РНК-полимераза-II промотерам с экспериментально определенными точек старта транскрипции * [[Europe_PMC]] [http://europepmc.org] − Репозиторий, предоставляющий доступ к научным статьям, книгам, патентам и клиническим руководствам * [[ExoCarta]] [http://exocarta.org] − Вручную курируемая база данных об экзосомальных белках, РНК и липидах * [[Expasy]] [http://expasy.org] − Портал для биологических баз данных и инструментов * [[Expression_Atlas]] [http://ebi.ac.uk/gxa/home] − База данных генов и белковой экспресии * [[ExRNA_Atlas]] [http://exrna-atlas.org] − Репозиторий малых РНК последовательностей и полученных с помощью [[qPCR]] внеклеточных РНК профилей для жидкостей организма человека и мыши * [[FINDbase]] [http://findbase.org] − База данных частот генетических вариаций по всей человеческой популяции * [[GEO]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/geo] − Репозиторий функциональных данных геномики с профилями экспрессии * [[GenBank]] [http://ncbi.nlm.nih.gov] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов * [[GeneWiki]] [http://en.wikipedia.org/wiki/Gene_Wiki] − Подпроект в рамках Википедии, описывающий отношения и функции всех человеческих генов * [[GigaDB]] [http://gigadb.org] − Репозиторий долговременного доступа к массивным многоразмерным датасетам исследований из области life science и биомеда * [[Google_Scholar]] [http://scholar.google.com] − Поисковик по научным статьям * [[Harvard_PGP]] [http://my.pgp-hms.org/public_genetic_data] − Публикация полных геномов и связанных медицинских данных волонтеров * [[HGNC]] [http://genenames.org] − База данных стандартных имен человеческих генов * [[HMDP]] [http://hmdb.ca] − База данных мелких метаболитов человеческого организма * [[HOCOMOCO]] [http://hocomoco11.autosome.ru] − Коллекция моделей связывания с транскрипционными факторами для человека и мыши, полученная через крупномасштабный [[ChIP-Seq анализ]] * [[HRT_Atlas]] [http://housekeeping.unicamp.br] − Вею инструмент для поиска клеткоспецифичных генов/транскриптов, подходящих для экспериментальной qPCR нормализации * [[HCUP]] − Самая крупная коллекция больничных данных в США * [[HumanCyc]] [http://biocyc.org/HUMAN/organism-summary?object=HUMAN] − База данных по метаболическим путям в человеческом орагнизме, а также по энзимам, метаболитам и реакциям * [[Human_Protein_Atlas]] [http://proteinatlas.org] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам * [[H-Invitational]] [http://h-invitational.jp] − База данных аннотаций человеческих генов и транскриптов * [[ICGC]] [http://dcc.icgc.org] − Наборы данных по онкогеномике * [[IHEC]] [http://epigenomesportal.ca/ihec] − База данных референсных эпигеномов * [[IntAct]] [http://ebi.ac.uk/intact] − База данных взаимодействий молекул * [[InterPro]] [http://ebi.ac.uk/interpro] − Семейства, домены и сайты белков * [[IPI]] [http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/IPI] − Индекс-номера и референс-наборы белков * [[JASPAR]] [http://jaspar.genereg.net] − Коллекция сайтов посадки транскрипционных факторов * [[Jena_Library]] [http://jenalib.leibniz-fli.de] − Библиотека трехмерных структур биополимеров * [[Kalium]] [http://kaliumdb.org] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов * [[KEGG]] [http://kegg.jp] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ * [[Lens]] [http://lens.org/lens/biological_search] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей * [[LipidBank]] [http://lipidbank.jp] − База данных по липидам * [[MANET]] [http://manet.illinois.edu] − База данных, которая картирует эволюционные отношения протеиновых структур на биологические сети * [[Medline]] [http://nlm.nih.gov/medline] − Библиографическая база данных по life science и биомедицине * [[MetaCore]] [http://portal.genego.com] − База данных биологических путей * [[MetaCyc]] [http://metacyc.org] − База данных экспериментально выявленных метаболических путях всех доменов живого мира * [[MethBase]] [http://smithlabresearch.org/software/methbase] − База данных метилирования ДНК * [[MetOSite]] [http://metosite.uma.es] − База данных, посвященная сайтам сульфоксидирования метионина и их функциональным ролям в белках * [[Minimotif_Miner]] − Программа и база данных для идентификации минимотивов в аминокислотных последовательностях белков * [[MINT]] [http://mint.bio.uniroma2.it] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой * [[MirBase]] [http://mirbase.org] − Архив последовательностей микроРНК с аннотациями * [[MMDB]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/Structure/MMDB/docs/mmdb_search.html] − База данных по экспериментально обнаруженным структурам белков, РНК и ДНК, происходящих из каталога [[PDB]] * [[MobiDB]] [http://mobidb.bio.unipd.it] − База данных аннотаций патологий и мобильности белков * [[ModBase]] [http://modbase.compbio.ucsf.edu/modbase-cgi/index.cgi] − База данных по аннотированным сравнительным моделям белков * [[NCBI_GeneBank]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide] − База данных по фрагментам ДНК * [[NCBI_Genome]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/genome] − Геномная база данных * [[NCBI_Protein]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/protein] − Белковая база данных * [[NCBI_Taxonomy_Browser]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi] − База данных по таксономиям * [[NCG]] [http://ncg.kcl.ac.uk] − База данных по раковым генам и по связанным с ними свойствам * [[NDEx]] [http://ndexbio.org] − Открытый фреймворк по биологическим сетям взаимодействий * [[Netpath]] [http://netpath.org/browse] − База данных по сигнальным путям * [[NeXtProt]] [http://nextprot.org] − Платформа знаний по человеческим белкам * [[NIF]] [http://neuinfo.org] − Репозиторий нейробиологических веб ресурсов, включающий в себя экспериментальные, клинические и трансляционные базы данных, атласы и генетические ресурсы * [[NITRC]] [http://nitrc.org] − Каталог нейроснимков * [[OATD]] [http://oatd.org] − Поисковик по диссертациям * [[OMIM]] [http://omim.org] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств * [[OpenDOAR]] [http://v2.sherpa.ac.uk/opendoar/search.html] − База данных репозиториев научных работ * [[Open_Genes]] [http://open-genes.com] − База данных генов, с возможным влиянием на процессы старения * [[OPM]] [http://opm.phar.umich.edu/ppm_server] − Инструмент для вычисления положений белков, встроенных в мембраны * [[Orphadata]] [http://orphadata.org] − Датасеты, относящиеся к редким заболеваниям и орфанным препаратам * [[PANTHER]] [http://pantherdb.org] − База данных с семействами, эволюционными деревьями, подсемействами и функциями белков * [[Pass2]] [http://caps.ncbs.res.in/pass2] − База данных по выравниваниям суперсемейств белков * [[PathwayStudio]] [http://pathwaystudio.com] − Приложение для анализа и визуализации механизмов заболеваний, генной экспрессии, данных протеомики и метаболомики * [[PDB]] [http://rcsb.org] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот * [[PDBe]] [http://ebi.ac.uk/pdbe] − Платформа для работы с макромолекулярными структурами * [[PDBselect]] − Список репрезентативных аминокислотных последовательностей * [[PDBWiki]] − Открытая к добавлению база данных аннотаций белковых структур * [[Pharma_Intelligence]] − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии * [[PHI-Base]] [http://phi-base.org/searchFacet.htm] − Курируемая информация о генах с экспериментально подтвержденным влиянием на связь патоген-хозяин * [[Pfam]] [http://pfam.xfam.org] − Семейства белков с аннотациями и выравненными последовательностями * [[PGP_Canada]] [http://personalgenomes.ca/data] − Полные секвенированные геномы волонтеров и публикация медицинских записей, канадский сервер * [[PGP_UK]] [http://personalgenomes.org.uk/data] − Полные секвенированные геномы волонтеров и публикация медицинских записей, британский сервер * [[PID]] − База данных клеточных сигнальных путей человека * [[PIR]] [http://proteininformationresource.org] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка * [[PRIDE]] [http://ebi.ac.uk/pride/archive] − Репозиторий протеомных данных, полученных с помощью массовой спектрометрии * [[PRINTS]] [http://130.88.97.239/PRINTS] − База данных белковых [[фингерпринт]]ов * [[ProQuest]] [http://proquest.com] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными * [[Prosite]] [http://prosite.expasy.org] − Белковые домены, семейства и функциональные сайты * [[Proteopedia]] [http://proteopedia.org] − 3D энциклопедия белков * [[PubChem]] [http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov] − База данных структуры и активности химических структур * [[PubMed]] [http://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах * [[QIAGEN_IPA]] − База данных путей и инструменты их визуализации * [[RBPDB]] [http://rbpdb.ccbr.utoronto.ca] − База данных РНК-связанных белковых особенностей * [[RegulonDB]] [http://regulondb.ccg.unam.mx] − База данных регуляторных сетей экспрессии генов E.coli * [[Reactome]] [http://reactome.org] − База данных биологических путей * [[Reaxys]] − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе * [[RefSeq]] [http://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей * [[Rhea]] [http://rhea-db.org] − База знаний химических и транспортных реакций, относящихся к биологии * [[Riken_integrated_database_of_mammals]] [http://metadb.riken.jp/metadb/download/SciNetS_ria254i] − База данных исследований, проводимых институтом [[Рикен]] * [[Rfam]] [http://rfam.org/search] − База данных семейств некодирующих РНК * [[SABIO-RK]] [http://sabio.h-its.org] − База данных, хранящая информацию о биохимических реакциях и их кинетических свойствах * [[SCOP]] [http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk] − База данных, предоставляющая описания структурных и эволюционных взаимоотношений между белками известной структуры * [[Scopus]] [http://scopus.com] − База данных абстрактов статей и рефератов * [[Silva]] [http://arb-silva.de] − База данных по данным секвенирования рибосомальных РНК * [[SIMAP]] − База данных сходств белков * [[SNPedia]] [http://snpedia.com] − Вики, посвященная фенотипическим и другим эффектам вариаций генов ДНК (однонуклеотидных полиморфизмовj * [[SRA]] [http://ncbi.nlm.nih.gov/sra] − База данных высокопроизводительного секвенирования * [[STRING]] [http://string-db.org] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий * [[Superfamily]] [http://supfam.org] − Структурная и функциональная аннотация всех белков и геномов * [[SwissLipids]] [http://swisslipids.org] − База данных по липидам * [[SwissOrthology]] [http://swissorthology.ch/service/search] − База данных ортологичных генов * [[SWISS-MODEL]] [http://swissmodel.expasy.org] − Модели гомологов 3D белковых структур * [[TCGA]] [http://portal.gdc.cancer.gov] − Данные исследований раковых клеток, полученные через выcокопроизводительные биологические методы * [[TCIA]] [http://cancerimagingarchive.net/collections] − База данных медицинских изображений для онкологических исследований * [[Thesis.fr]] [http://thesis.fr] − Посиковый движок для поиска диссертаций на французском языке * [[TDR_Targets]] [http://tdrtargets.org] − Анализ различных геномных и химических датасетов с цель идентификации лекарств и лекарственных мишеней * [[TOPSAN]] − Вики, посвященная сбору и распространению информации о белковых трехмерных структурах * [[TRANSFAC]] − Ручная база факторов транскипции эукариотов, их геномных сайтов связывания и профили связывания с ДНК * [[UCSC_Genome_Browser]] [http://genome.ucsc.edu] − Браузер человеческого генома * [[UniProtKB]] [http://uniprot.org] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков * [[Web_of_Science]] [http://sclarivate.com/webofsciencegroup/solutions/web-of-science] − База данных абстрактов статей * [[WikiPathways]] [http://wikipathways.org] − Вики, посвященная биологическим путям * [[1000_Genomes_Project]] [http://internationalgenome.org/data] − Каталог 1092 человеческих генов анонимусов
Описание изменений:
Пожалуйста, учтите, что любой ваш вклад в проект «hpluswiki» может быть отредактирован или удалён другими участниками. Если вы не хотите, чтобы кто-либо изменял ваши тексты, не помещайте их сюда.
Вы также подтверждаете, что являетесь автором вносимых дополнений, или скопировали их из источника, допускающего свободное распространение и изменение своего содержимого (см.
Hpluswiki:Авторские права
).
НЕ РАЗМЕЩАЙТЕ БЕЗ РАЗРЕШЕНИЯ ОХРАНЯЕМЫЕ АВТОРСКИМ ПРАВОМ МАТЕРИАЛЫ!
Отменить
Справка по редактированию
(в новом окне)
Навигация
Персональные инструменты
Вы не представились системе
Обсуждение
Вклад
Создать учётную запись
Войти
Пространства имён
Статья
Обсуждение
русский
Просмотры
Читать
Править
История
Ещё
Навигация
Начало
Свежие правки
Случайная страница
Инструменты
Ссылки сюда
Связанные правки
Служебные страницы
Сведения о странице
Дополнительно
Как редактировать
Вики-разметка
Telegram
Вконтакте
backup