Текущая версия |
Ваш текст |
Строка 1: |
Строка 1: |
| == Полный дамп пабмеда ==
| |
| * ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/baseline − фтп архив для свободного скачивания по анонимному логину. В архиве около 50 Гб сжатых файлов вида <code>pubmed<year_when_dumped>n<index>xml.gz</code> содержат около 31 миллиона [[MEDLINE (формат данных)|medline]] записей.
| |
|
| |
| Файлы большие, могут биться при закачке. Поэтому рекомендуется после загрузки проверить контрольные суммы, скачав с сервера файлы .md5. В линуксе проверку по всему массиву файлов можно сделать например так:
| |
| <syntaxhighlight lang="Bash">md5sum -c pubmed21n*.xml.gz.md5</syntaxhighlight>
| |
| показать количество побитых файлов:
| |
| <syntaxhighlight lang="Bash">md5sum -c pubmed21n*.xml.gz.md5 2>/dev/null | grep FAILED | wc -l</syntaxhighlight>
| |
|
| |
| ==Страница публикации с конкретным pmid==
| |
| <nowiki>https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/[pmid]</nowiki>
| |
|
| |
| ==Получение [[medline]] записи по pmid==
| |
| <nowiki>https://api.ncbi.nlm.nih.gov/lit/ctxp/v1/pubmed/?format=medline&id=[pmid]</nowiki>
| |
|
| |
| ==Получение pmid статей по запросу==
| |
|
| |
| Для получения списка айдишников статей по ключевому слову можно использовать get-запрос: | | Для получения списка айдишников статей по ключевому слову можно использовать get-запрос: |
|
| |
|
| <!-- конкретный пример: https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=longevity&tool=just_a_browser_address_string&email=my_mail@example.com&format=json&retmax=100 -->
| | <pre><nowiki>https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pmc&tool=[название вашего скрипта]&email=[контактный email]&format=json&term=[ключевое слово]</nowiki></pre> |
| <pre><nowiki>https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&tool=[название вашего скрипта]&email=[контактный email]&format=json&term=[ключевое слово]</nowiki></pre> | |
|
| |
|
| Результат будет примерно такой: | | Результат будет примерно такой: |
Строка 36: |
Строка 19: |
| "translationstack":[ | | "translationstack":[ |
| { | | { |
| "term":"\"aging\"[MeSH Terms]", | | "term":"\"eye\"[MeSH Terms]", |
| "field":"MeSH Terms", | | "field":"MeSH Terms", |
| "count":"49929", | | "count":"49929", |
Строка 52: |
Строка 35: |
|
| |
|
| Соответственно, список id статей: <code><res>.esearchresult.idlist</code> | | Соответственно, список id статей: <code><res>.esearchresult.idlist</code> |
|
| |
| ===Параметры запроса===
| |
| * '''db''' − какую базу данных запрашиваем. Возможные значения: <code>pmc, pubmed</code>. Разница между PMC и PubMed в том, что на PMC статьи с полнотекстовым доступом, а на PubMed не всегда. Зато на PubMed больший охват статей по абстрактам. Учитывая то, что полный текст интересующей статьи достать [https://sci-hub.do не так уж и трудно], установка ''db'' в значение ''pubmed'' выглядит более предпочтительной.
| |
| * '''tool''' − PubMed просит указывать название инструментария или программы, которая работает с API. (Я указываю ''"odysseus"'' - по названию своей библиотеки, расширяющей Racket. -- [[Участник:Denis.s|Denis.s]] ([[Обсуждение участника:Denis.s|обсуждение]]))
| |
| * '''email''' − реальный почтовый ящик, тоже по просьбе PubMeda. Неизвестно насколько страшно указывать в этом параметре значение типа foobar@example.com и какие кары за это могут последовать
| |
| * '''format''' − в каком формате выводить результат. По умолчанию выводится XML. (Я ставлю значение ''json'', потому что мне кажется, что json чуть легче парсить и "читать вручную". -- [[Участник:Denis.s|Denis.s]] ([[Обсуждение участника:Denis.s|обсуждение]]))
| |
| * '''retmax''' − максимальное число выводимых id
| |
| * '''term''' − собственно ключевое слово, по которому происходит отбор статей. Либо комбинация ключевых слов и частей записи, в которых они должны встретиться. Например <code>(aging[Abstract] AND aging[MeSH Terms]) OR (longevity[Abstract] AND longevity[MeSH Terms])</code>
| |
|
| |
| ===Тьюториалы===
| |
| * [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/ ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499 − Подробная статья про параметры GET запросов]
| |