Список биологических баз данных

Материал из hpluswiki
Версия от 23:41, 5 марта 2021; Denis.s (обсуждение | вклад) (Новая страница: «==Список биологических баз данных== * AAindex [http://genome.jp/aaindex] − База данных индексов, мутаци...»)
(разн.) ← Предыдущая версия | Текущая версия (разн.) | Следующая версия → (разн.)
Перейти к навигации Перейти к поиску

Список биологических баз данных[править]

  • AAindex [1] − База данных индексов, мутационных матриц и парных контактных потенциалов аминокислот
  • AgeLine − База данных с подробными описаниями публикаций о пожилых людях и старении
  • ArrayExpress [2] − Данные высокопродуктивных экспериментов функциональной геномики
  • Base [3] − Сервис поиска научных публикаций
  • Bgee [4] − База данных для получения и сравнения паттернов генной экспрессии у многих видов животных
  • BioGRID [5] − База данных белок-белковых, генетических и химический взаимодействий
  • Biomodels [6] − Ресурс с опубликованными математическими моделями, описывающими биологические процессы
  • BioStudies [7] − Описания биологических исследований, ссылки на данные эти исследований в других базах данных EMBL-EBI
  • BOLD [8] − Платформа, посвященная баркодам ДНК
  • BRENDA [9] − База данных с молекулярной и биохимической информацией об энзимах
  • CAS [10] − База данных химических веществ
  • CATH [11] − База данных белковых доменов
  • CCDC [12] − База данных кристаллических структур малых молекул
  • Cellosaurus [13] − База знаний по линиям клеточного развития
  • ClinicalTrials [14] − База данных частно и публично финансируемых клинических исследованиях
  • ClinVar [15] − Агрегатор информации о генетических вариациях и их влияниях на здоровье человека
  • COG [16] − База данных кластеров ортологичных генов
  • ConsensusPathDB [17] − База данных, бинарных и сложные белок-белковых, генетических, метаболических, сигнальных, генных регуляторных сетей взаимодействия, а также взаимодействий лекарство-мишень и биохимических путей
  • COSMIC [18] − База данных соматически приобретенных мутаций, обнаруженных в злокачественных опухолях человека
  • CSDB [19] − База данных углеводных структур, таксономий,библиографии, ЯМР данными
  • CTD [20] − Сайт с научными данными, описывающими связи между химикалиями/лекарствами, генами/белками, болезнями, такоснами, фенотипами, GO-аннотациями, путями и модулями взаимодействия
  • Database_of_Macromolecular_Movements [21] − База данных движений, происходящих в белках и других макромолекулах
  • DbGaP [22] − Данные из исследований взаимосвязей генотипов и фенотипов у людей
  • DbSNP [23] − База данных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP)
  • DbVar [24] − База данных геномных вариаций человека - вставок, делеций, инверсий, мобильных элементов и транслокаций
  • DDBJ [25] − Коллекция последовательностей нуклеотидов
  • DIP [26] − Каталог экспериментально определенных взаимодействий между белками
  • DiProDB [27] − База данных, собирающая и анализирующая термодинамические, структурные и другие свойства динуклеотидов
  • DisProt [28] − Коллекция внутренне неструктурированных белков
  • DrugBank [29] − База данных, содержащая информацию о лекарствах и лекарственных мишенях
  • Dryad [30] − Открытый репозиторий исследовательских данных
  • EGA [31] − Сервис для хранения и публикации всех типов персональных генетических и фенотипических данных, получаемых в биомедицинских исследовательских проектах
  • ELibrary [32] − Библиотека научных статей, докладов и диссертаций на русском языке
  • EMAGE [33] − База данных экспрессии генов в мышином эмбрионе
  • Embase [34] − Библиографическая база данных по биомедицинской и фармакологической литературе
  • EMBL-EBI [35] − Универсальный поисковик по названиям белков и другим терминам
  • EMDB [36] − Репозиторий электронномикроскопических изображений макромолекулярных комплексов и субклеточных структур
  • ENA [37] − Репозиторий аннотированных ДНК и РНК последовательностей
  • ENCODE [38] − Геномные и транскриптомные аннотации
  • Ensembl [39] − Автоматически аннотируемые базы данных для генома человека и геномов других видов
  • Entrez [40] − База данных, предоставляющая доступ к нуклеотидным и аминокислотным последовательностям, геноцентричной и геномной информации, данным по трехмерным структурам и т.д.
  • EPD [41] − База данных по эукариотическим РНК-полимераза-II промотерам с экспериментально определенными точек старта транскрипции
  • Europe_PMC [42] − Репозиторий, предоставляющий доступ к научным статьям, книгам, патентам и клиническим руководствам
  • ExoCarta [43] − Вручную курируемая база данных об экзосомальных белках, РНК и липидах
  • Expasy [44] − Портал для биологических баз данных и инструментов
  • Expression_Atlas [45] − База данных генов и белковой экспресии
  • ExRNA_Atlas [46] − Репозиторий малых РНК последовательностей и полученных с помощью qPCR внеклеточных РНК профилей для жидкостей организма человека и мыши
  • FINDbase [47] − База данных частот генетических вариаций по всей человеческой популяции
  • GEO [48] − Репозиторий функциональных данных геномики с профилями экспрессии
  • GenBank [49] − Аннотированные коллекции всех публично доступных нуклеотидных последовательностей и их протеиновых транскриптов
  • GeneWiki [50] − Подпроект в рамках Википедии, описывающий отношения и функции всех человеческих генов
  • GigaDB [51] − Репозиторий долговременного доступа к массивным многоразмерным датасетам исследований из области life science и биомеда
  • Google_Scholar [52] − Поисковик по научным статьям
  • Harvard_PGP [53] − Публикация полных геномов и связанных медицинских данных волонтеров
  • HGNC [54] − База данных стандартных имен человеческих генов
  • HMDP [55] − База данных мелких метаболитов человеческого организма
  • HOCOMOCO [56] − Коллекция моделей связывания с транскрипционными факторами для человека и мыши, полученная через крупномасштабный ChIP-Seq анализ
  • HRT_Atlas [57] − Вею инструмент для поиска клеткоспецифичных генов/транскриптов, подходящих для экспериментальной qPCR нормализации
  • HCUP − Самая крупная коллекция больничных данных в США
  • HumanCyc [58] − База данных по метаболическим путям в человеческом орагнизме, а также по энзимам, метаболитам и реакциям
  • Human_Protein_Atlas [59] − Шведская база данных максимального числа известных белков человеческого организма с распределением по клеткам, тканям и органам
  • H-Invitational [60] − База данных аннотаций человеческих генов и транскриптов
  • ICGC [61] − Наборы данных по онкогеномике
  • IHEC [62] − База данных референсных эпигеномов
  • IntAct [63] − База данных взаимодействий молекул
  • InterPro [64] − Семейства, домены и сайты белков
  • IPI [65] − Индекс-номера и референс-наборы белков
  • JASPAR [66] − Коллекция сайтов посадки транскрипционных факторов
  • Jena_Library [67] − Библиотека трехмерных структур биополимеров
  • Kalium [68] − База данных по полипептидным лигандам калиевых каналов
  • KEGG [69] − Коллекция баз данных о геномах, биологических путей, болезней, лекарств и химических веществ
  • Lens [70] − Поиск патентов, поиск патентованных ДНК последовательностей
  • LipidBank [71] − База данных по липидам
  • MANET [72] − База данных, которая картирует эволюционные отношения протеиновых структур на биологические сети
  • Medline [73] − Библиографическая база данных по life science и биомедицине
  • MetaCore [74] − База данных биологических путей
  • MetaCyc [75] − База данных экспериментально выявленных метаболических путях всех доменов живого мира
  • MethBase [76] − База данных метилирования ДНК
  • MetOSite [77] − База данных, посвященная сайтам сульфоксидирования метионина и их функциональным ролям в белках
  • Minimotif_Miner − Программа и база данных для идентификации минимотивов в аминокислотных последовательностях белков
  • MINT [78] − Данные о функциональных взаимодействиях белков между собой
  • MirBase [79] − Архив последовательностей микроРНК с аннотациями
  • MMDB [80] − База данных по экспериментально обнаруженным структурам белков, РНК и ДНК, происходящих из каталога PDB
  • MobiDB [81] − База данных аннотаций патологий и мобильности белков
  • ModBase [82] − База данных по аннотированным сравнительным моделям белков
  • NCBI_GeneBank [83] − База данных по фрагментам ДНК
  • NCBI_Genome [84] − Геномная база данных
  • NCBI_Protein [85] − Белковая база данных
  • NCBI_Taxonomy_Browser [86] − База данных по таксономиям
  • NCG [87] − База данных по раковым генам и по связанным с ними свойствам
  • NDEx [88] − Открытый фреймворк по биологическим сетям взаимодействий
  • Netpath [89] − База данных по сигнальным путям
  • NeXtProt [90] − Платформа знаний по человеческим белкам
  • NIF [91] − Репозиторий нейробиологических веб ресурсов, включающий в себя экспериментальные, клинические и трансляционные базы данных, атласы и генетические ресурсы
  • NITRC [92] − Каталог нейроснимков
  • OATD [93] − Поисковик по диссертациям
  • OMIM [94] − Каталог человеческих генов и генетических расстройств
  • OpenDOAR [95] − База данных репозиториев научных работ
  • Open_Genes [96] − База данных генов, с возможным влиянием на процессы старения
  • OPM [97] − Инструмент для вычисления положений белков, встроенных в мембраны
  • Orphadata [98] − Датасеты, относящиеся к редким заболеваниям и орфанным препаратам
  • PANTHER [99] − База данных с семействами, эволюционными деревьями, подсемействами и функциями белков
  • Pass2 [100] − База данных по выравниваниям суперсемейств белков
  • PathwayStudio [101] − Приложение для анализа и визуализации механизмов заболеваний, генной экспрессии, данных протеомики и метаболомики
  • PDB [102] − База трехмерных структурных данных белков и нуклеиновых кислот
  • PDBe [103] − Платформа для работы с макромолекулярными структурами
  • PDBselect − Список репрезентативных аминокислотных последовательностей
  • PDBWiki − Открытая к добавлению база данных аннотаций белковых структур
  • Pharma_Intelligence − Данные о мировых исследованиях и разработках (R&D) в области фармакологии
  • PHI-Base [104] − Курируемая информация о генах с экспериментально подтвержденным влиянием на связь патоген-хозяин
  • Pfam [105] − Семейства белков с аннотациями и выравненными последовательностями
  • PGP_Canada [106] − Полные секвенированные геномы волонтеров и публикация медицинских записей, канадский сервер
  • PGP_UK [107] − Полные секвенированные геномы волонтеров и публикация медицинских записей, британский сервер
  • PID − База данных клеточных сигнальных путей человека
  • PIR [108] − Ресурсы для помощи в интеграции протеомных и геномных данных, а также для стандартизации аннотаций белка
  • PRIDE [109] − Репозиторий протеомных данных, полученных с помощью массовой спектрометрии
  • PRINTS [110] − База данных белковых фингерпринтов
  • ProQuest [111] − Поисковый движок по диссертациям, начиная с 1743 года и заканчивая современными
  • Prosite [112] − Белковые домены, семейства и функциональные сайты
  • Proteopedia [113] − 3D энциклопедия белков
  • PubChem [114] − База данных структуры и активности химических структур
  • PubMed [115] − Поисковый портал по публикациям в биомедицинских журналах
  • QIAGEN_IPA − База данных путей и инструменты их визуализации
  • RBPDB [116] − База данных РНК-связанных белковых особенностей
  • RegulonDB [117] − База данных регуляторных сетей экспрессии генов E.coli
  • Reactome [118] − База данных биологических путей
  • Reaxys − Химический каталог выделенных соединений, фактов о них, информации о реакциях и синтезе
  • RefSeq [119] − Датасет геномные, транскрипторных и аминокислотных последовательностей
  • Rhea [120] − База знаний химических и транспортных реакций, относящихся к биологии
  • Riken_integrated_database_of_mammals [121] − База данных исследований, проводимых институтом Рикен
  • Rfam [122] − База данных семейств некодирующих РНК
  • SABIO-RK [123] − База данных, хранящая информацию о биохимических реакциях и их кинетических свойствах
  • SCOP [124] − База данных, предоставляющая описания структурных и эволюционных взаимоотношений между белками известной структуры
  • Scopus [125] − База данных абстрактов статей и рефератов
  • Silva [126] − База данных по данным секвенирования рибосомальных РНК
  • SIMAP − База данных сходств белков
  • SNPedia [127] − Вики, посвященная фенотипическим и другим эффектам вариаций генов ДНК (однонуклеотидных полиморфизмовj
  • SRA [128] − База данных высокопроизводительного секвенирования
  • STRING [129] − База данных для известных и предсказываемых белок-белковых взаимодействий
  • Superfamily [130] − Структурная и функциональная аннотация всех белков и геномов
  • SwissLipids [131] − База данных по липидам
  • SwissOrthology [132] − База данных ортологичных генов
  • SWISS-MODEL [133] − Модели гомологов 3D белковых структур
  • TCGA [134] − Данные исследований раковых клеток, полученные через выcокопроизводительные биологические методы
  • TCIA [135] − База данных медицинских изображений для онкологических исследований
  • Thesis.fr [136] − Посиковый движок для поиска диссертаций на французском языке
  • TDR_Targets [137] − Анализ различных геномных и химических датасетов с цель идентификации лекарств и лекарственных мишеней
  • TOPSAN − Вики, посвященная сбору и распространению информации о белковых трехмерных структурах
  • TRANSFAC − Ручная база факторов транскипции эукариотов, их геномных сайтов связывания и профили связывания с ДНК
  • UCSC_Genome_Browser [138] − Браузер человеческого генома
  • UniProtKB [139] − База данных по аминокислотным последовательностям и функционалу белков
  • Web_of_Science [140] − База данных абстрактов статей
  • WikiPathways [141] − Вики, посвященная биологическим путям
  • 1000_Genomes_Project [142] − Каталог 1092 человеческих генов анонимусов