1636
правок
Работа с базой данных PubMed: различия между версиями
→Страница публикации с конкретным pmid
Denis.s (обсуждение | вклад) |
Denis.s (обсуждение | вклад) |
||
| (не показано 13 промежуточных версий этого же участника) | |||
| Строка 1: | Строка 1: | ||
== Полный дамп пабмеда == | |||
* ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/baseline − фтп архив для свободного скачивания по анонимному логину. В архиве около 50 Гб сжатых файлов вида <code>pubmed<year_when_dumped>n<index>xml.gz</code> содержат около 31 миллиона [[MEDLINE (формат данных)|medline]] записей. | |||
Файлы большие, могут биться при закачке. Поэтому рекомендуется после загрузки проверить контрольные суммы, скачав с сервера файлы .md5. В линуксе проверку по всему массиву файлов можно сделать например так: | |||
<syntaxhighlight lang="Bash">md5sum -c pubmed21n*.xml.gz.md5</syntaxhighlight> | |||
показать количество побитых файлов: | |||
<syntaxhighlight lang="Bash">md5sum -c pubmed21n*.xml.gz.md5 2>/dev/null | grep FAILED | wc -l</syntaxhighlight> | |||
==Страница публикации с конкретным pmid== | |||
<nowiki>https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/[pmid]</nowiki> | |||
==Получение [[medline]] записи по pmid== | |||
<nowiki>https://api.ncbi.nlm.nih.gov/lit/ctxp/v1/pubmed/?format=medline&id=[pmid]</nowiki> | |||
==Получение pmid статей по запросу== | |||
Для получения списка айдишников статей по ключевому слову можно использовать get-запрос: | Для получения списка айдишников статей по ключевому слову можно использовать get-запрос: | ||
<!-- конкретный пример: https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=longevity&tool=just_a_browser_address_string&email=my_mail@example.com&format=json&retmax=100 --> | |||
<pre><nowiki>https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&tool=[название вашего скрипта]&email=[контактный email]&format=json&term=[ключевое слово]</nowiki></pre> | <pre><nowiki>https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&tool=[название вашего скрипта]&email=[контактный email]&format=json&term=[ключевое слово]</nowiki></pre> | ||
| Строка 36: | Строка 53: | ||
Соответственно, список id статей: <code><res>.esearchresult.idlist</code> | Соответственно, список id статей: <code><res>.esearchresult.idlist</code> | ||
==Параметры запроса== | ===Параметры запроса=== | ||
* '''db''' − какую базу данных запрашиваем. Возможные значения: <code>pmc, pubmed</code>. Разница между PMC и PubMed в том, что на PMC статьи с полнотекстовым доступом, а на PubMed не всегда. Зато на PubMed больший охват статей по абстрактам. Учитывая то, что полный текст интересующей статьи достать [https://sci-hub.do не так уж и трудно], установка ''db'' в значение ''pubmed'' выглядит более предпочтительной. | * '''db''' − какую базу данных запрашиваем. Возможные значения: <code>pmc, pubmed</code>. Разница между PMC и PubMed в том, что на PMC статьи с полнотекстовым доступом, а на PubMed не всегда. Зато на PubMed больший охват статей по абстрактам. Учитывая то, что полный текст интересующей статьи достать [https://sci-hub.do не так уж и трудно], установка ''db'' в значение ''pubmed'' выглядит более предпочтительной. | ||
* '''tool''' − PubMed просит указывать название инструментария или программы, которая работает с API. (Я указываю ''"odysseus"'' - по названию своей библиотеки, расширяющей Racket. -- [[Участник:Denis.s|Denis.s]] ([[Обсуждение участника:Denis.s|обсуждение]])) | * '''tool''' − PubMed просит указывать название инструментария или программы, которая работает с API. (Я указываю ''"odysseus"'' - по названию своей библиотеки, расширяющей Racket. -- [[Участник:Denis.s|Denis.s]] ([[Обсуждение участника:Denis.s|обсуждение]])) | ||
* '''email''' − реальный почтовый ящик, тоже по просьбе PubMeda. Неизвестно насколько страшно указывать в этом параметре значение типа foobar@example.com и какие кары за это могут последовать | * '''email''' − реальный почтовый ящик, тоже по просьбе PubMeda. Неизвестно насколько страшно указывать в этом параметре значение типа foobar@example.com и какие кары за это могут последовать | ||
* '''format''' − в каком формате выводить результат. По умолчанию выводится XML. (Я ставлю значение ''json'', потому что мне кажется, что json чуть легче парсить и "читать вручную". -- [[Участник:Denis.s|Denis.s]] ([[Обсуждение участника:Denis.s|обсуждение]])) | * '''format''' − в каком формате выводить результат. По умолчанию выводится XML. (Я ставлю значение ''json'', потому что мне кажется, что json чуть легче парсить и "читать вручную". -- [[Участник:Denis.s|Denis.s]] ([[Обсуждение участника:Denis.s|обсуждение]])) | ||
* '''term''' − собственно ключевое слово, по которому происходит отбор статей. | * '''retmax''' − максимальное число выводимых id | ||
* '''term''' − собственно ключевое слово, по которому происходит отбор статей. Либо комбинация ключевых слов и частей записи, в которых они должны встретиться. Например <code>(aging[Abstract] AND aging[MeSH Terms]) OR (longevity[Abstract] AND longevity[MeSH Terms])</code> | |||
===Тьюториалы=== | |||
* [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/ ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499 − Подробная статья про параметры GET запросов] | |||