Открыть главное меню
Главная
Случайная
Войти
Настройки
О hpluswiki
Отказ от ответственности
hpluswiki
Найти
Редактирование:
Проект: парсинг UniProt
(раздел)
Внимание:
Вы не вошли в систему. Ваш IP-адрес будет общедоступен, если вы запишете какие-либо изменения. Если вы
войдёте
или
создадите учётную запись
, её имя будет использоваться вместо IP-адреса, наряду с другими преимуществами.
Анти-спам проверка.
Не
заполняйте это!
=== Пример экспорта в CSV === Tab-delimited. <syntaxhighlight lang="python" line> #!/usr/bin/env python3 """ Read and convert humchr01.txt items. """ import re import csv def main(): """ Load processed txt file with no header and license, scan, build CSV data, export. """ gene_filename = "humchr01_for_splitting.txt" with open(gene_filename, 'r') as gene_file: original_genes = gene_file.read().splitlines() new_genes = [] for gene in original_genes: new_gene = {} new_gene['gene_name'], remainder = re.split("\s+", gene, maxsplit=1) new_gene['chromosomal_position'], remainder = re.split("\s+", remainder, maxsplit=1) new_gene['swiss_prot_ac'], remainder = re.split("\s+", remainder, maxsplit=1) new_gene['swiss_prot_ename'], remainder = re.split("\s+", remainder, maxsplit=1) new_gene['mim_code'] = "" new_gene['description'] = "" if re.match(r'^\d+', remainder): new_gene['mim_code'], description = re.split("\s+", remainder, maxsplit=1) else: new_gene['description'] = remainder new_genes.append(new_gene) with open("humchr01.csv", 'wb') as csv_file: writer = csv.writer(csv_file, delimiter='\t', quotechar='\\', quoting=csv.QUOTE_MINIMAL) for gene in new_genes: writer.writerow([ gene['gene_name'], gene['chromosomal_position'], gene['swiss_prot_ac'], gene['swiss_prot_ename'], gene['mim_code'], gene['description'] ]) if __name__ == '__main__': main() </syntaxhighlight>
Описание изменений:
Пожалуйста, учтите, что любой ваш вклад в проект «hpluswiki» может быть отредактирован или удалён другими участниками. Если вы не хотите, чтобы кто-либо изменял ваши тексты, не помещайте их сюда.
Вы также подтверждаете, что являетесь автором вносимых дополнений, или скопировали их из источника, допускающего свободное распространение и изменение своего содержимого (см.
Hpluswiki:Авторские права
).
НЕ РАЗМЕЩАЙТЕ БЕЗ РАЗРЕШЕНИЯ ОХРАНЯЕМЫЕ АВТОРСКИМ ПРАВОМ МАТЕРИАЛЫ!
Отменить
Справка по редактированию
(в новом окне)